С нападения на Югославию стран Оси 6 апреля 1941 г. началось расчленение Югославского государства. В августе 1941 г. в соответствии с королевским декретом, подписанным итальянским регентом в Тиране Франческо Джакомони, албанские территории в итальянской оккупационной зоне в Черногории, Македонии и наибольшей части Космета были переданы оккупированной Албании. В результате было создано формально то, о чем мечтали албанские националисты — Великая Албания (ВА). Однако власть в этом новообразовании не принадлежала албанцам — как независимое государство Албания перестала существовать 7 апреля 1939 г., когда правительство, созданное в Тиране, предложило корону Албании итальянскому королю Витторио Эммануилу III.
Другая часть КиМ, включая Митровицу и Подуево, осталась под немецкой оккупацией, в то время как небольшая его часть была отдана Болгарии. После выхода Болгарии из состава гитлеровской коалиции в сентябре 1944 г. границы ВА были расширены до Скопье и оттуда вдоль линии Куманово-Прешево-Буяновац. Именно тогда впервые был официально употреблен термин «Великая Албания». При этом, как пишет уже цитируемый выше П. Милё, «многие албанцы считали объединение при фашистском режиме меньшим злом по сравнению с владычеством сербов».
Возможно, это было связано с тем, что во время Второй мировой войны на территории Косова, Метохии и Македонии работала албанская администрация, была возрождена албанская символика, все делопроизводство и обучение велось только на албанском, населению активно раздавались земли, оставленные сербами.
Фашистский режим способствовал созданию этнически чистого — албанского — Косова. Албанцы принимали самое активное участие в жестоких акциях физического уничтожения и изгнания сербов из края. В конце 1942 г. была создана националистическая антикоммунистическая организация «Бали Комбетар» («Народный фронт»), ставившая задачу борьбы за Великую Албанию, объединяющую территории Греции, Македонии, Сербии и Черногории, населенные албанцами. Мустафа Кроя, премьер-министр албанского марионеточного правительства, в июне 1942 г. открыто заявил, что «необходимо приложить усилия к тому, чтобы всех сербов-старожилов из Косова выгнать…, сослать в концентрационные лагеря в Албанию. А сербов-переселенцев надо убить». По данным американских спецслужб, на которые ссылается в своих работах С. Терзич, с апреля 1941 г. по август 1942 г. албанцы убили около 10 тыс. сербов. К этому следует добавить, что во время Второй мировой войны итальянцы активно переселяли в Космет преимущественно молодых албанцев из Албании. Все они и их многочисленные потомки остались здесь после войны. Таким образом, в изменении этнического состава населения этих сербских территорий были заинтересованы не только сами албанцы, но и их союзники — Италия и Германия.
Когда 8 сентября 1943 г. было объявлено о капитуляции Италии, «Бали Комбетар» (БК) остался союзником Германии в борьбе против антифашистской коалиции с единственной целью — сохранить Великую Албанию. Не случайно именно в сентябре 1943 г. в присутствии представителей албанцев из Космета, Черногории, западной части Македонии и Новопазарского санджака под патронатом фашистской Германии была возрождена Вторая Призренская лига. В своем воззвании Лига ставила задачу объединения всех балканских территорий с большинством албанского населения. Устав Лиги предполагал формирование комитетов во всех округах, вооруженных отрядов (косовский полк), а также молодежного Комитета обороны Косова. Надо сказать, что работа «Бали Комбетар» была четко организована. Центральный комитет БК находился в Тиране, в округах, крупных городах, селах работали комитеты и подкомитеты в зависимости от численности населения. Была также налажена подготовка военизированных молодежных групп.
В конце 1944 — начале 1945 г. БК развернула в Космете широкомасштабную партизанскую войну, которую удалось подавить силами пяти армейских дивизий Народно-освободительной армии Югославии (!). В военных донесениях сообщалось: «По всему краю действовали албанские контрреволюционные комитеты, которые ширили дух неповиновения, проводили пропаганду «Великой Албании», организовывали сопротивление народной власти, призывали не вступать в армию Тито».
Албанские отряды сопротивления, или балисты насчитывали, по разным данным, от 10 до 20 тыс. человек. Центр сопротивления находился в Дренице. Кстати, в 1998 г. центром активного сопротивления режиму также стала Дреница, здесь ныне действующим премьер-министром РК Хашимом Тачи была создана самая мощная мафиозная структура — «Дреницкая группа». Это дает многим сербам основание называть БК «дедушкой» Освободительной армии Косова. Как сообщают югославские источники, в ходе боевых действий в 1944–1945 гг. было убито около трех тыс. албанцев. Сопротивление пошло на спад лишь после уничтожения в 1945 г. лидеров балистов — Шабана Полужа и Мехмеда Градица. Тогда восстание удалось подавить, хотя часть балистов перебралась в Грецию, часть осталась в горах и продолжила оказывать сопротивление новой власти. Ситуация в крае была настолько сложная, что в начале февраля 1945 г. гражданская администрация в Косове была заменена военным управлением. На должности политического комиссара, командующего, коменданта, а также глав партийных комитетов были назначены сербы.
Не менее известна своей жестокостью 21 горная ваффен-дивизия СС «Скандербег», сформированная 1 мая 1944 года. Почти 11 тыс. солдат были набраны из Косова, Метохии и самой Албании: в основном, это были мусульмане-сунниты. Офицерский корпус — около 500 человек — полностью состоял из немцев. Первой же акцией дивизии стала депортация 300 евреев Приштины для уничтожения в Берген-Бельзен.
Историк Г. Уильямсон в своей книге «СС — инструмент террора» отмечает: «Мусульмане этой дивизии были заинтересованы лишь в сведении счетов со своими старыми врагами — сербами, результатом чего явились многочисленные зверства». Албанские эсэсовцы вырезали более 40 тыс. сербов КиМ и Македонии, включая сотни православных священников. Бедри Педжани, мусульманский лидер Албанского национального комитета, вошел в историю тем, что открыто призывал убивать православных сербов во имя создания Великой Албании — исламского государства от Боснии до Греции.
Правда, уже в январе 1945 г. в связи с массовым дезертирством албанцев, дивизия была расформирована. Оставшиеся албанцы-скандеберги были включены в состав Седьмой добровольческой горной дивизии СС «Принц Ойген», которая в мае 1945 г. полностью капитулировал. Эмблемой дивизии был традиционный албанский черный двуглавый орел на красном фоне. Через 50 лет он вновь стал символом косовских албанских экстремистов, когда, как писал Ш. Бриман, «объединенная Европа решила в точности повторить гитлеровский ход — ставку на албанских и боснийских мусульман в борьбе против сербов».
