Обретение Московским государством окончательной самостоятельности при Иване III означало, что цель стратегии Александра Невского была достигнута. Великокняжеская власть Московской Руси навязала всем землям и князьям Восточных русских земель свою волю, подчинила всех соперников династии московских князей из других Великих княжеств своим централизованным, опирающимся на русскую церковь и чиновное боярство государственным отношениям. Этому способствовало и то обстоятельство, что Москва со времени княжения Ивана Калиты превращалась в центр сбора дани для ордынских ханов, получила от ханов права взимания всевозможных податей и пошлин во всех восточных княжествах, и в ней оказалось средоточие постепенного возрождения городской хозяйственной и торговой деятельности, направляемой великокняжескими чиновниками. Через Новгород и Москву стала налаживаться торговля западноевропейских соседей и стран северной Европы с ханствами Поволжья и с Персией, и московские купцы вместе с новгородскими купцами начали обогащаться на соответствующих посреднических сделках. В Московской Руси возрождалось на новом витке исторического развития то же двуединое государство новгородской республики и великокняжеской власти, каким оно было во времена Киевской Руси. Это предопределило сложные и противоречивые отношения между Московскими князьями и Новгородскими учреждениями общественной власти. Сглаживать острые противоречия между двумя главными и самыми крупными городами Московской Руси удавалось порой только церкви.
Женившись в 1472 году на племяннице последнего Византийского императора Софье Палеолог, Иван III поставил новую историческую цель перед московской государственной властью. Согласно взглядам Ивана III, после его брака на представительнице династии Византийских императоров Московская Русь получала законные права взяться за собственное восстановление православного имперского пространства. Такую цель поддержала и русская православная церковь. Однако для осуществления данной цели у Московской великокняжеской власти не было необходимой опоры на народные сословные отношения государствообразующего этноса. В Московском великокняжеском государстве удельные феодальные противоречия были задавлены, загнаны внутрь церковью, возглавляемыми боярами учреждениями чиновников и войсковыми силами, которые управлялись назначаемыми Великим князем воеводами. Московская государственная власть насильно создавала великорусскую народность, как воссоздаваемую часть древнерусской народности, и эта народность сама зависела от способности великокняжеской государственной власти сдерживать местные, опирающиеся на древние языческие традиции родоплеменных общественных отношений, а так же на традиции собственной великокняжеской власти стремления к учреждению самостоятельной государственной власти. Натянутыми оказывались отношения Московской великокняжеской власти с населением Рязанского и Тверского княжеств, но особенно сложными они были с общественно-государственной вечевой властью Новгорода Великого, которая признавала свою зависимость от Великих князей Москвы, но с оговорками, явно ограничивала её определёнными пределами.
С середины XV века, как раз в правление Ивана III, в Новгороде стало набирать влияние движение священников, которые пересматривали православное христианское вероучение с точки зрения его полисной реформации, осуществляемой в классовых интересах имущественных слоёв семейных собственников. Подобно всем городским реформаторским движениям, которые имели место в византийском эллинистическом и в католическом мире, в реформаторском движении новгородцев отразилось стремление средних слоёв городских семейных собственников упростить и удешевить средневековую христианскую церковь. Его участники призывали отказаться от почитания икон, лишить церковь земельной собственности, чтобы церковные иерархи больше не были непосредственно заинтересованными в удельно-крепостнических землевладельческих отношениях, в наращивании церковных богатств, искушающих духовенство желаниями вести светский потребительский образ жизни, торговать всем, что давало денежный доход. Новгородская ересь была подхвачена и подправлена в Москве, но только в Москве, что не было случайностью. Причина появления новгородско-московской ереси заключалась в том, что прекращение выплат огромной дани татарским ханам, деятельное налаживание Московскими князьями торговли между Европой и Поволжьем, быстро обогащало именно Новгород и Москву, порождая в них представления о денежном богатстве, о роскоши. Обогащались и приучались к роскоши не одни князья, бояре и купцы, но и руководство православной церкви, которое всё с меньшей охотой отстаивало христианскую этику и мораль, общественные и производственные нравы. Поскольку православная церковь являлась важнейшей опорой Московской великокняжеской власти в её борьбе с местным самоволием, а особенно в отношениях с Новгородом, постольку новгородско-московская ересь расшатывала великокняжескую власть Москвы, ставила под сомнение её средневековое право подчинять себе Новгород и другие подобные города, вроде тесно связанного с Новгородом Пскова. При деятельной поддержке со стороны великокняжеской власти церковные соборы 1488, 1490 и 1504 года осудили новгородско-московскую ересь, её участники были преданы анафеме, и многие из них казнены. Однако коренные противоречия между Московской великокняжеской властью и общественно-государственной властью Новгорода от этого не исчезли. Их предельное обострение пришлось на время правления Ивана IV Грозного, следствием чего стали военные столкновения двух видов государственной власти, а затем окончательное уничтожение Новгородской республики и большинства новгородцев, переселение оставленных в живых в Московское княжество.
Венчание Иваном IV Грозным самого себя первым православным царём в духе византийского самодержавия, византийского цезарианства, подтолкнуло его к проведению целенаправленной политики: как непрерывной военной и чиновно-бюрократической имперской экспансии, так и необходимого для такой экспансии полного искоренения остатков самостоятельности удельных князей и бояр и Новгородской республики. В начале Средних веков возвышение Константинополя, быстрое наращивание в нём богатств и рост его влияния, были обусловлены превращением столицы Восточной Римской империи в военно-управленческий центр налаживания сухопутной и морской торговли между Европой и Азией. Под воздействием цели превращения Москвы в столицу православной империи, прямой наследницы Византийской империи, Иван Грозный начал свою имперскую политику с завоеваний, призванных превратить уже Москву в военно-управленческий центр налаживания торговли между Европой и Азией. В 1548-1552 годах он сокрушил господствующее в Среднем Поволжье казанское татарское ханство, а в 1556 году захватил астраханское ханство, которое находилось в Нижнем Поволжье, у впадения Волги в Хвалынское (Каспийское) море. Тем самым он полностью подчинил Москве главный и самый протяжённый речной торговый путь Восточной Европы того времени, избавил русских и иноземных купцов от необходимости отдавать Казанским и Астраханским ханам значительную долю своих прибылей. Путь этот начинался на Москве-реке, которая у Коломны впадала в Оку. Продолжался в исконных Владимирских землях до впадения Оки в Волгу возле Нижнего Новгорода. И уже по Волге, мимо всевозможных городов, городков и посёлков шёл до её устья в Хвалынском море, чтобы по морю приводить торговцев из русских земель и Европы к городам на побережье Персии. Завоевания Поволжских ханств закрепили за Москвой права являться ключевым городом в посреднической торговле во всей Восточной Европе, способствовали росту денежных богатств и влияния московских купцов, безусловной поддержки ими царской власти. Именно купцов Иван Грозный, стремясь к выстраиванию имперской, самодержавной централизации государственной власти, стал рассматривать, как основной противовес родовой боярской знати, недовольной потерей прежних почестей и вольностей, прежнего самовольного влияния на власть.
