Последовали многочисленные отклики, большей частью отрицательные. Декарт не встретил поддержки ни у теологов, ни у тех, кто, как и он, боролся против схоластики. Первые обвиняли философа в склонности к атеизму, вторые выступали против идеалистического начала в его учении.
Книга вышла в 1641 году под названием «Размышления о первой философии, в которых доказывается существование Бога и души». Он включил в нее замечания критиков и свои ответы на эти замечания. Дискуссия заставила Декарта взяться за написание нового труда, в котором его учение излагалось бы полностью.
В то время когда Декарт работал над «Рассуждением о методе» и «Размышлениями о первой философии», в его личной жизни произошли важные перемены. Известно, что спустя пять-шесть лет после переселения в Голландию в его жизнь вошла женщина по имени Елена. Сведений о ней почти не сохранилось, неизвестны даже ее фамилия и возраст. Уроженка Девентера, она находилась в услужении у одного из амстердамских знакомых Декарта. Ее социальное положение было, следовательно, намного ниже положения Декарта. По вероисповеданию она была протестанткой. Этим, вероятнее всего, и объясняется факт, что их близкие отношения, длившиеся около шести лет, так и не были узаконены. Декарт, видимо, старался держать их в тайне. Известно, однако, что Елена владела грамотой, так как некоторое время переписывалась с Декартом.
19 июля 1635 года у Елены родилась дочь Франсина. Некоторые биографы считают, что в имени, которое отец дал ребенку, отразилась его тоска по родине.
Девочка заняла в жизни Декарта важное место, внесла в нее радость. Вероятно, в период между 1637 и 1640 годами Франсина и ее мать жили у Декарта. Постепенно он начал думать об образовании дочери, намеревался отправить ее во Францию и даже наметил, у кого она будет воспитываться. Однако этим планам не суждено было осуществиться: 7 сентября 1640 года девочка умерла от скарлатины. Вскоре Декарта ожидало новое несчастье – смерть отца, последовавшая 17 октября 1640 года. В одном из писем он говорит об утрате двух очень близких ему людей и о своей скорби в связи с этим.
Примерно в то же время скончалась и сестра Декарта, Жанна. Из его жизни навсегда исчезла Елена – во всяком случае он нигде больше о ней не упоминал. Таким образом, в течение очень короткого времени Декарт потерял несколько их близких людей, однако внешне эти события не отразились на его жизни – как всегда, он старался быть спокойным и следовал своему тезису о том, что хорошая жизнь – это скрытая жизнь. Ученый продолжал работать над своим самым большим сочинением – трактатом «Начала философии».
Летом 1644 года Декарт отправился на родину. Он собирался ознакомить парижских ученых с «Началами философии», готовившимися тогда к печати. Декарт надеялся, что этот труд откроет его учению доступ в университетские аудитории. Книга вышла в июле 1644 года в Амстердаме на латинском языке.
Декарт пробыл во Франции пять месяцев. В это время он познакомился с известным философом Клодом Клерселье, ставшим ревностным последователем картезианства (после смерти ученого именно Клерселье опубликовал его переписку и часть неизданных сочинений). Он же представил Декарта своему родственнику П. Шаню, посланнику Франции в Швеции, с которым тот подружился.
Об этом периоде жизни Декарта известно немало. Жизнь его была предельно размеренной. Он следовал своей привычке по утрам долго не подниматься с постели, отводя это время на размышления. Однако «снисходительность, которую он проявлял к потребности своего тела, никогда не доходила до лени». Декарт работал много и подолгу. После полудня отдыхал в саду или выходил на прогулку, беседовал с друзьями, а после шестнадцати часов начинал работу, которая длилась до ночи.
Хилый в юности, Декарт в зрелые годы почти никогда не болел, что объясняется, по всей видимости, ровным и размеренным образом жизни. Он любил физические упражнения и охотно занимался ими во время отдыха. Рассматривая здоровье тела как основное после истины благо жизни, Декарт придавал большое значение его сохранению. Но врачам и «химическим» лекарствам он не доверял и лечил себя самостоятельно. Главные его лекарства – это диета и ограничение деятельности. К пище Декарт был нетребователен и предпочитал фрукты и овощи, считая их более полезными для здоровья, чем мясо. В то же время он чрезвычайно ценил жизненные удобства и поэтому внимательно подбирал прислугу. Посещавшие его друзья отмечали искусство его кухарки.
Внешность Декарта, видимо, лучше всего запечатлена на знаменитом портрете работы Франса Хальса, находящемся в Лувре. Этот портрет соответствует описанию, которое основано на свидетельствах людей, встречавшихся с Декартом. Рост у него был немного ниже среднего, фигура стройная, голова – несколько великовата в соотношении с туловищем. Лицо Декарта – с крупным носом, несколько выступающей нижней губой и пронзительным взглядом темно-серых глаз – чрезвычайно выразительно.
По характеру великий философ был человеком горячим, но умел сохранять самообладание даже во время споров. Декарта отличала доброжелательность к простым людям, особенно талантливым. Много времени он отдавал образованию своих слуг. Так, Гуттовен впоследствии стал профессором Лувенского университета, Шлютер занимал видный пост при шведском королевском дворе, Жильо был директором инженерной школы в Лейдене. Этого молодого человека, очень способного к математике, Декарт назвал в одном из писем к К. Гюйгенсу «своим первым и почти единственным учеником».
Рассказывают, что живший в одной из близких деревень юноша Дирк Рембрандч, по профессии не то сапожник, не то лоцман, наслышавшись о Декарте, решил с ним встретиться. Однако его приняли за нищего и не допустили к ученому. Парень пришел во второй раз, и Декарт, узнав об этом, послал ему денег. Рембрандч вернул их вместе с письмом, в котором заметил, что, видимо, время для встречи еще не пришло. Такой необычный ответ вызвал столь большое любопытство Декарта, что он принял Дирка сразу, когда тот пришел в третий раз. В разговоре ученый быстро открыл в странном посетителе необыкновенный математический талант, занялся его обучением и сделал участником своих экспериментов и астрономических наблюдений. Рембрандч впоследствии успешно занимался наукой и написал несколько трактатов по навигации и астрономии.
Живя во Франции и Голландии, Декарт увлеченно занимался анатомическими исследованиями на животных. Известен случай, когда один из посетителей попросил философа показать книги. Тот, открыв дверь в соседнюю комнату, указал на тушу теленка и ответил: «Вот моя библиотека». Занятия анатомией дали Декарту материал для одного из последних его трудов «Описание человеческого тела. Об образовании животного», над которым он работал на протяжении 1645–1648 годов. В то же время был написан и трактат «Страсти души», где затронуты проблемы этики и психологии.