После того как потерпевшие поражение войска Крымского фронта отступили и начали эвакуацию в мае 1942 года, в распоряжение Керченской военно-морской базы передали все суда Азовского бассейна, а корабли флотилии прикрывали перевозки. Благодаря решительным действиям удалось перебросить на Таманский полуостров 120 тысяч человек, оставив технику. Флотилия действовала против вооруженных судов противника, сосредоточенных в Мариуполе. В соответствии с разработанным штабом флотилии планом минных постановок на путях движения противника катера в течение трех месяцев скрытно ставили минные банки, на которых неприятель нес потери.
После взятия Севастополя 3 июля гитлеровские войска развернули наступление в юго-западном направлении, к 24 июля вышли в нижнее течение Дона. Командующий Северо-Кавказским фронтом, образованным 20 мая из направления, поставил подчиненным Черноморскому флоту и Азовской флотилии задачу воспрепятствовать ожидавшейся высадке десанта через Керченский пролив. Корабли и авиация флотилии действовали против судов противника в портах и войск на побережье, отвлекая внимание и силы от Керченского пролива, поддерживали действия войск на Дону и переправу отходивших за реку частей.
24 июля немецкие войска взяли Ростов и на следующий день начали наступление на Северный Кавказ. Отдельному Донскому отряду командующий флотилией приказал поддерживать войска в районе Азов – Кагальник до последнего снаряда. Когда командир Отдельного Донского отряда под ударами авиации оставил флагманский корабль и было потеряно управление, Горшков направил в Азов флагманского артиллериста П.И. Чеснокова и офицера связи с рацией, которые обеспечили поддержку сухопутных войск [777] .
Особое место играла борьба на Таманском полуострове. Германское командование намеревалось окружить войска Северо-Кавказского фронта в районе Новороссийск– Краснодар – Туапсе наступлением с северо-запада и десантом из Крыма. 5 августа 1-я танковая армия была направлена на Армавир, Майкоп, Туапсе, чтобы отрезать пути отступления войскам фронта. Главные силы фронта были развернуты против наступающих. Оборону Таманского полуострова оставили частям Черноморского флота в районе Новороссийска. 9 августа командование силами флотилии, Керченской и Новороссийской военно-морских баз Военные советы Северо-Кавказского фронта и Черноморского флота поручили контр-адмиралу С.Г. Горшкову; 12 августа он переместил командный пункт из Темрюка в Су-Псех вблизи Анапы. Командование флотилии приняло решение всеми силами морской пехоты и артиллерии, кораблей и авиации содействовать действиям 47-й армии. Одновременно была организована противодесантная оборона. Используя различные средства, моряки наносили удары по скоплениям десантно-высадочных средств и войск противника, отбили несколько десантов, которые противник пытался высадить на косы Тузла и Чушка. Германские войска смогли занять Таманский полуостров лишь после того, как Азовское море оставил последний корабль флотилии, а войска отошли для обороны Новороссийска [778] .
17 августа Военный совет Азовской флотилии обращался к командующему Черноморским флотом:
«Противник вышел на непосредственные подступы к Новороссийску. Если НОР (Новороссийский оборонительный район) не будет создан немедленно с концентрацией всех сил флота и армии, обороняющих Темрюк, Таманский полуостров, обводы Новороссийска, возникает прямая угроза Новороссийску. Кроме этого, отсутствие единого твердого командования в Новороссийске не обеспечивает наиболее полного использования всех возможностей для усиления обороны, условий местности… Считаю необходимым:
1. Немедленно назначить единого командующего морской и сухопутной обороной Новороссийска с флагманским командным пунктом в Новороссийске.
2. Снять полевые части и подвинуть артиллерию с Таманского полуострова, эвакуировать Темрюк, что даст до двух бригад морской пехоты и до полка полевой артиллерии, перевести их для обороны Новороссийска.
3. Держать Таманский полуостров береговой артиллерией до полного расстрела артиллерии. Горшков, Прокофьев, Моргунов » [779] .
В тот же день приказом командующего Северо-Кавказским фронтом был создан Новороссийский оборонительный район (НОР). Вечером 18 августа это решение утвердила Ставка Верховного главнокомандования.
В боях под Азовом, Ейском и Темрюком, на Кубани и Таманском полуострове в августе 1942 года Азовская флотилия задержала наступающего противника на месяц и нанесла ему значительные потери. Флотилия лишилась большинства кораблей, однако часть их прорвалась через Керченский пролив. Удалось спасти и значительную часть скопившихся в портах Азовского моря плавсредств; до 13 августа через Керченский пролив под ударами авиации и артиллерии противника пробились 164 судна с ценными грузами. Несмотря на то что пролив простреливала немецкая артиллерия, суда проходили под конвоем боевых кораблей и прикрытием дымзавес, выставляемых катерами. Прорвавшиеся корабли были включены в состав Новороссийского оборонительного района (НОР) [780] .
По предложению командования Азовской флотилии и заместителя командующего Черноморским флотом по береговой обороне генерал-майора П.А. Моргунова 20 августа 1941 года Новороссийский оборонительный район (НОР) был образован в составе 47-й армии, Азовской флотилии, Темрюкской, Керченской, Новороссийской морских баз и сводной авиагруппы под командованием генерал-майора Т.П. Котова. Его заместителем назначили командующего флотилией С.Г. Горшкова, а штаб флотилии стал морской частью штаба НОР и руководил действиями кораблей флотилии и Черноморского флота в сфере района. На оборудование оборонительной линии, проходившей в 30–35 километрах от Новороссийска, времени почти не было. Часть укреплений создавали уже в ходе боев. Укрепляли и сам город [781] .
18 августа, узнав о захвате станиц Абинская и Крымская, Горшков приказал командованию военно-морской базы выслать на перевалы отряды из штабов, тыловых учреждений, усиленные подвижной артиллерией. От других баз силы были выдвинуты на фланги. Сам командующий основал командный пункт на 9-м километре от Новороссийска, вместе с КП 47-й армии и Новороссийской морской базы. Вся линия обороны была разбита на 7 секторов [782] . 25 августа была сформирована из моряков 1-я сводная бригада морской пехоты. А С.Г. Горшков в конце августа 1942 года стал членом ВКП(б) [783] .
К началу сентября неприятельские войска прорвались к морю в районе Анапы, охватили Новороссийск в тесное полукольцо. 1 сентября 1942 года Ставка преобразовала Северо-Кавказский фронт в Черноморскую группу войск Закавказского фронта, которому оперативно подчинялся Черноморский флот. Морские части под Новороссийском и Туапсе, включенные в состав Черноморской группы войск, должны были удержать Новороссийскую военно-морскую базу и не допустить использования порта для действий против Кавказа. 2 сентября Горшкова назначили руководителем непосредственной обороны города [784] . Контр-адмирал перенес командный пункт на берег бухты. Когда в ночь на 10 сентября с ним прервалась связь войск, отошедших из города, посланный отряд разведчиков нашел флагмана в подвале разрушенного дома и вывез на восточный берег [785] .
