3 августа 1916 г. подполковник Самарин был назначен исполняющим должность начальника штаба Уссурийской конной дивизии, которой с декабря 1915 г. командовал генерал Александр Михайлович Крымов, ближайший единомышленник генерала Корнилова в 1917 г.
Первым Нерчинским казачьим полком этой дивизии командовал тогда полковник барон Петр Николаевич Врангель, оставивший в своих «Записках» несколько упоминаний о подполковнике Самарине.
Произведенный в генерал-майоры 13 января 1917 г. и назначенный командиром 1-й бригады Уссурийской конной дивизии, генерал Врангель сразу после Февральской революции генералом Крымовым был командирован в Петроград с письмом к новому военному министру А.И. Гучкову. Не застав Гучкова, генерал Врангель передал письмо Крымова взявшемуся передать его по адресу П.Н. Милюкову, а сам, получив вызов, вернулся в штаб дивизии. «...15 марта, — пишет он, — я прибыл в Кишинев. Генерал Крымов, не дождавшись меня, накануне выехал, с ним уехал и начальник штаба дивизии полковник Самарин. Полковник Самарин, по приезде в Петербург, был назначен начальником кабинета военного министра»{~1~}.
Согласно послужному списку, подполковник Самарин был назначен 22 марта 1917 г. «в распоряжение военного министра», однако, благодаря рекомендации генерала Крымова, он стал и. д. начальника кабинета военного министра. На этой должности его и застал генерал П.Н. Врангель, когда он, сдав временное командование Уссурийской дивизией, прибыл в Петроград в ожидании назначения на новую должность.
Во время антиправительственных выступлений в конце апреля 1917 г., сопровождаемых стрельбой на Невском проспекте, генерал П.Н. Врангель пришел в дом военного министра, «...дабы повидать полковника Самарина, начальника кабинета А.И. Гучкова. «...Я поделился с ним только виденным, — вспоминает Врангель, — и выразил недоумение по поводу бездеятельности военных властей. "Правительство не может допустить пролития русской крови, — ответил мне Самарин. — Если бы по приказанию правительства была бы пролита русская кровь, то вся моральная сила правительства была бы утрачена в глазах народа". Я понял, что нам больше говорить не о чем»{~2~}.
С уходом А.И. Гучкова с поста военного министра 2-3 мая 1917 г. подполковник С.Н. Самарин оставался на той же должности при А.Ф. Керенском. Лишь с назначением полковника В.Л. Барановского (брата жены Керенского) он с 6 июня стал именоваться «помощником начальника кабинета военного министра, исполняющего должность начальника кабинета военного министра». 15 августа 1917 г. он был произведен в полковники.
В дни выступления генерала Корнилова полковник Самарин был послан Керенским в окрестности Луги, где находился генерал Крымов со штабом 3-го конного корпуса. «Мы, — пишет А.Ф. Керенский, — послали к нему в Лугу офицера, который когда-то у него служил, для того чтобы разъяснить ему обстановку... Миссия эта удалась. С этим офицером (ген. Самариным) генерал Крымов сюда приехал»{~3~}.
30 августа, на заре, полковник Самарин на автомобиле выехал в Лугу. Как пишет генерал А.И. Деникин, к нему «..Крымов издавна питал большое расположение... Есть основания думать, что Самарин... от имени Керенского заверил, что последний желает принять все меры, чтобы потушить возникшее столкновение и представить его стране в примирительном духе. Ни одному слову Керенского Крымов не верил, а Самарину поверил»{~4~}.
После бурного объяснения генерала Крымова с Керенским в Зимнем дворце 31 августа 1917 г., Керенский в присутствии самого Крымова передал его дело в следственную комиссию прокурора Шидловского. Генерал Крымов должен был явиться на следствие в тот же день в 5 часов дня, как свидетельствует сам прокурор Шидловский. До этого он поехал на квартиру друга своей семьи ротмистра Журавского, написал письмо генералу Корнилову и застрелился.
«4 сентября (по другим данным, в тот же роковой день, 31 августа. — Н.Р.), — заканчивает свою главу о выступлении генерала Корнилова генерал Деникин, — полковник Самарин за отличия по службе был произведен в генерал-майоры и назначен командующим Иркутского военного округа»{~5~}.
В 1936 г. Деникин, получив письменные объяснения о событиях 31 августа от генерала С.Н. Самарина, опубликовал в парижской газете «Последние Новости» статью под названием «Об исправлении истории». Согласно свидетельствам генерала Самарина, которого цитирует в своей статье генерал Деникин, он действительно уговорил генерала Крымова и его начальника штаба генерала Дидерихса прибыть на переговоры в Петроград, передав «честное слово Временного правительства». После выхода генералов Крымова и Дидерихса из кабинета Керенского в Зимнем дворце Крымов на вопрос Самарина об итогах переговоров сказал ему: «Меня предают суду. Сегодня я должен явиться в адмиралтейство на допрос к прокурору. А пока я арестован».
Далее Самарин утверждал, что сразу после этого «...потребовал, чтобы Керенский выдал бумагу о полной свободе Крымова и Дидерихса. Минут через двадцать бумага была у меня в руках...»
Однако никто, в том числе Керенский, никогда не упоминал об этой «бумаге». Как подчеркивает генерал Деникин, Керенский еще в своем кабинете объявил, согласно свидетельству прокурора Шидловского: «Генерал! Вы поступаете в распоряжение председателя следственной комиссии». Формально генерал Крымов был не арестован, а задержан{~6~}.
Новые объяснения генерала Самарина, как отмечает генерал Деникин, никак не повлияли на точный и исчерпывающий рассказ прокурора Шидловского о ходе дела. Не мог он и отрицать своего производства в генералы и назначения командующим в Иркутск.
После большевистского переворота генерал-майор С.Н. Самарин оказался в Вологде. Согласно приказу Наркома по военным делам № 324 от 7 мая 1918 г., генерал Самарин зарегистрирован 26 июля 1918 г. при Вологодском губернском комиссариате по адресу: Вологда, Дмитриевская набережная, дом 2. В регистрационной анкете указано: «Командующий войсками Иркутского военного округа в отставке, беспартийный...»{~7~}
Вскоре после захвата Архангельска в ночь с 1 на 2 августа 1918 г. офицерами капитана 2-го ранга Г.Е. Чаплина генерал Самарин вошел в состав военного управления Северной области при Верховном управлении Северной области, возглавляемом народным социалистом Н.В.Чайковским. Возможно, что он выехал из Вологды в Архангельск при содействии французской военной миссии, будучи известен как помощник начальника кабинета военного министра при А.Ф. Керенском.
Французская военная миссия во главе с послом Ж. Ну-ленсом (ЛозерЬ 1Чои1епз) прибыла из Вологды в Архангельск 27 июля 1918 г. накануне захвата власти капитаном Чаплиным. Приказом по военному отделу Верховного управления Северной области № 18 от 30 августа 1918 г. генерал-майор С.Н. Самарин был назначен помощником управляющего отделом Маслова.