В Могилёв Михаил Васильевич прибыл с тремя офицерами, которым предстояло стать его ближайшими сотрудниками. Дольше всех Алексеев знал генерал-майора (с декабря 1915 года генерал-лейтенанта) Вячеслава Евстафьевича Борисова — с ним они вместе служили в 1882—1887 годах в 64-м пехотном Казанском полку, вместе окончили Академию Генштаба, а затем встретились в его Главном управлении. Там же Алексеев познакомился с полковником Александром Александровичем Носковым. С началом Первой мировой Алексеев забрал обоих к себе в штаб Юго-Западного фронта, соответственно генералом для поручений и начальником разведывательного отделения штаба. А генерал-майор Михаил Саввич Пустовойтенко с 1914 года был генерал-квартирмейстером штаба сначала Юго-Западного, а затем Северо-Западного фронта. Всем троим Алексеев доверял и на первом же докладе императору заявил, что может работать только с помощниками, которых уже хорошо знает. И хотя алексеевская «команда» никакого восторга у старожилов Ставки не вызвала, император занял сторону Михаила Васильевича. В итоге Пустовойтенко стал генерал-квартирмейстером штаба Ставки, Борисов — генералом для поручений при Алексееве, а Носков — штаб-офицером для делопроизводства и поручений.
Комплекс зданий, которые заняла Ставка, разместился на Губернаторской площади Могилёва (ныне Советская площадь). 25 августа 1915 года Николай II поселился на втором этаже дворца губернатора, а Алексеев занял две комнаты на втором этаже дома, где размещалось управление генерал-квартирмейстера (эти здания разделяли буквально сто шагов). На том же этаже жили Пустовойтенко и Борисов.
Полковник Генерального штаба В.М. Пронин так описывал императорскую Ставку: «На южной окраине Могилёва, на высоком и крутом берегу Днепра, откуда открывался прекрасный вид на заднепровские дали, стоял небольшой двухэтажный губернаторский дом. Здесь имел пребывание Государь Император во время своих приездов в Могилёв. Почти вплотную к этому дому, или как мы его называли — “дворцу”, примыкало длинное двухэтажное здание Губернского правления; в нем находилось Управление генерал-квартирмейстера, этого “святая святых” всей русской армии. Перед “дворцом” и Управлением была довольно большая площадка, обнесенная со стороны прилегавшего к ней городского сада и улицы железной решеткой… В ближайших аллеях сада и на прилегающей к площадке улице несли дежурство чины дворцовой полиции и секретные агенты, которых мы называли “ботаниками”. Дабы не обращать на себя внимание, они, внешне сохраняя непринужденный вид, словно прогуливались, останавливались у дерева или цветочной клумбы и как бы внимательно их рассматривали, в то же время зорко следя за всеми прохожими и проезжими. Невдалеке, напротив Управления генерал-квартирмейстера, за садом, в большом здании Окружного суда, помещалось Управление дежурного генерала Ставки, во главе которого стоял генерал Кондзеровский».
К сожалению, в современном Могилёве сохранилось не так много зданий, связанных с деятельностью Ставки. В первую очередь это здание бывшего окружного суда, в котором размещались дежурный генерал, картографическая служба, охрана и фельдъегерская служба (сейчас — областной музей), отель «Метрополь», в котором жили чины штаба, а в начале сентября 1917 года временно содержался под арестом Л.Г. Корнилов (сейчас — ресторан «Империя»), отель «Бристоль», где жили представители союзников и находилось Офицерское собрание штаба (сейчас — Государственное училище культуры, на здании — мемориальная доска), здание городского правления (сейчас — Дворец бракосочетания). Сохранились здания Дворянского собрания, железнодорожный вокзал, городской театр. В 2008 году «с нуля» была восстановлена городская ратуша. Остальные здания погибли в 1943 году во время бомбардировки оккупированного Могилёва советской авиацией. Остатки руин были снесены уже в послевоенное время.
С переездом Ставки в Могилёв город был превращен в укрепленный лагерь. Императорскую Ставку обороняли отдельный авиационный отряд, отдельная артиллерийская батарея, батарея воздушной артиллерийской обороны и другие конные и пешие отдельные воинские подразделения. 1 февраля 1916 года был сформирован Батальон охраны Ставки Верховного главнокомандующего, 8 июня 1916 года переименованный в Георгиевский батальон для охраны Ставки. Все офицеры этого батальона были награждены орденами Святого Георгия, а унтер-офицеры и рядовые — георгиевскими крестами и медалями.
Рабочий день в Ставке был единообразным. Вставал Алексеев ежедневно в 8 часов утра. Уже через час все донесения, поступившие с фронта за ночь, наносились сотрудниками на карты, и генерал-квартирмейстер докладывал Алексееву обстановку. К 11.00 в кабинет Алексеева приходил император и заслушивал оперативный доклад начальника штаба. В первый раз Верховного вздумали было сопровождать министр императорского двора и уделов граф В.Б. Фредерике и дворцовый комендант В.Н. Воейков, но Алексеев захлопнул дверь перед самым их носом, и впредь на докладе, кроме императора и начальника штаба, присутствовали только генерал-квартирмейстер М.С. Пустовойтенко и иногда дежурный штаб-офицер Генерального штаба.
Во время доклада Николай II сидел, Алексеев и Пустовойтенко стояли. Если требовалось разобраться в обстановке более предметно, Алексеев зачитывал текст оперативной сводки императору, а Пустовойтенко обозначал на карте местность и воинские соединения, о которых шла речь. Во время совещания в кабинете висел густой табачный чад — император курил одну сигарету за другой.
Работа в таком режиме продолжалась около часа. Затем Алексеев глазами показывал Пустовойтенко на дверь. Вторая часть доклада продолжалась примерно до половины первого и посвящалась новым приказам по армии, которые составлялись Алексеевым и подавались на утверждение Верховному.
Если император отсутствовал в Ставке, что случалось нередко, Михаил Васильевич ежедневно посылал ему отпечатанный на машинке доклад на больших листах специальной «царской бумаги». Доклад состоял из сводки данных истекшего дня и административной части.
В половине второго дня Алексеев отправлялся завтракать. Сначала его ежедневно приглашали к царскому столу, но этот официальный завтрак длился обычно долго, и Михаил Васильевич, ссылаясь на занятость, упросил императора разрешить ему выходить к высочайшему завтраку только два раза в неделю — по вторникам и воскресеньям. Николай II согласился, но место справа от него за столом всегда пустовало на случай, если Алексеев решит присоединиться к трапезе. После короткого завтрака в компании генералов и офицеров Ставки Михаил Васильевич отправлялся на прогулку с Пустовойтенко, а к 16 часам снова возвращался к работе — принимал многочисленных посетителей. М.К. Лемке так описывал типичный день начальника штаба Верховного: «Вчера у Алексеева был очень долго, больше часу, майор французской службы Ланглуа, привезший пакет от Жоффра; после него был начальник штаба Корпуса жандармов Владимир Павлович Никольский; потом Алексеев имел продолжительный разговор по прямому проводу из своего кабинета с Эвертом; позже был заведующий беженцами сенатор Зубчанинов. Прибавьте к этому еще человек двадцать генералов, офицеров и чиновников разного ранга — и вы получите самый обыкновенный день человека, который должен всех принять, со всеми побеседовать, всем дать определенные ответы на их часто весьма неопределенные вопросы и вести все дело самого управления армией». В 18.00 следовал обед, после чего — снова штабная работа: подготовка текущих распоряжений, редактирование сообщений для прессы, общение по прямому проводу со штабами фронтов, составление шифрованных телеграмм. Вечерний доклад Верховному главнокомандующему, бывший обязательным в Ставке в 1914—1915 годах, был отменен. Спать Алексеев ложился, как правило, около часу ночи.
