Но на деле эти ожидания не оправдались. Крутой, самолюбивый и самовластный Никон менее всего способен был кому-либо подчиняться. Сознавая за собою сильную поддержку царя, он мечтал сам начать и вести дело церковных исправлений. К тому же в нем зародилось и сомнение насчет справедливости тех взглядов, которые он еще недавно разделял с московскими протопопами. Беседы с приезжими в Москву греческими иерархами и собственное знакомство с русскими церковными древностями убедили его, что некоторые московские обычаи сами представляют новшество в церковной жизни, противное и русской старине, и современной вселенской практике, а отсюда невольно уже появлялось сомнение, действительно ли эта последняя заражена такими ересями, как это думали на Руси, и не представляет ли она скорее источника, к которому следует обратиться ради восстановления истинного правоверия. Для непосредственной и страстной натуры Никона этого сомнения оказалось достаточно, чтобы решительно толкнуть его на другой путь. Сделавшись патриархом, он уже не с полным доверием смотрел на деятельность лиц, окружавших Неронова и Вонифатьева. Он стал прислушиваться и к другим голосам, раздававшимся из кружка малороссов, ближе сошелся с Епифанием Славинецким и скоро окончательно перешел на сторону киевских ученых, решив привлечь к делу церковного исправления опыт иных церквей. С этой минуты в его руках само дело исправления церковных обрядов приблизилось к их реформе. Это изменение программы повлекло за собою и соответственное изменение способа действий патриарха: начатое при Иосифе дело исправления церковных книг было поставлено на новых основаниях, иосифовские справщики книг, набранные из русского духовенства, были удалены от должности, а на их место назначен начальником печатного двора Славинецкий, вокруг которого собрана была комиссия из ученых киевских монахов.
В таких действиях патриарха протопопы должны были увидеть личную измену прежнего приятеля, но вместе с тем, эта измена приобретала для них особенное значение благодаря той почве, на которой она совершилась. Патриарх предпочел чуждую науку русскому правоверию, сошелся с еретиками, которых сам прежде хулил; очевидно, он готовится внести ересь в русскую церковь. Такое впечатление породили действия Никона в его бывших приятелях и единомышленниках, и они с враждебной подозрительностью смотрели на патриарха, готовясь увидеть в его дальнейших распоряжениях признаки еретической новизны. Ожидания не замедлили оправдаться.
Великим постом 1653 года Никон разослал по церквам указ не творить земных поклонов в четыредесятницу, исключая лишь четырех больших при чтении молитвы Ефрема Сирина, и креститься тремя перстами, а не двумя. Для подозрительно и враждебно настроенного кружка Неронова этот указ явился началом ожидавшейся “еретической зимы”. “Мы же задумалися, сошедшеся между собою, – рассказывал впоследствии Аввакум, – видим, яко зима хощет быти: сердце озябло и ноги задрожали. Неронов мне приказал церковь, а сам един сокрылся в Чудов, – седмицу в палатке молился. И там ему от образа глас бысть во время молитвы: время приспе страдания! Подобает вам неослабно страдати!” Сильный ропот поднялся среди всего кружка Неронова. Аввакум и Даниил задумали выступить с протестом и, составив “выписку” о поклонах и о крестном знамении, подали ее Алексею Михайловичу. Этот шаг не имел последствий, но и протопопы решили не подчиняться распоряжениям патриарха и, не стесняясь, громко осуждали их. Между двумя партиями завязывалась решительная борьба, и как характеры лиц, принявших в ней участие, так и глубокое различие борющихся сторон должны были сделать ее упорной и ожесточенной.
Никон был не таким человеком, чтобы оставить без ответа брошенный ему вызов на борьбу и смиренно проглотить оскорбление. Решив показать противникам свою власть, он выжидал для этого только удобного случая, который скоро ему и представился. В июне того же года пришел от муромского воеводы донос на тамошнего протопопа Лонгина, будто он хулит иконы и лик Спасов. Обвинение было вздорное, но оно пригодилось Никону, и он, распорядившись отдать Лонгина за “жестокого пристава”, созвал для суда над ним собор из низших духовных властей – архимандритов, игуменов и протопопов. На этом соборе разразилось уже открытое столкновение между патриархом и Нероновым с товарищами. Последние горячо вступились за Лонгина, доказывая, что Никон не имел права подвергать его такому тяжелому наказанию, особенно до полного расследования дела. Всех ревностнее выступил на защиту муромского протопопа сам Неронов, который попутно подверг резкой критике все действия патриарха. “Прежде сего, – говорил он Никону, – ты имел совет с протопопом Стефаном (Вонифатьевым), и на дом ты к протопопу Стефану часто приезжал, и о всяком деле советовал, когда ты был в игуменах, в архимандритах и в митрополитах, и которые боголюбцы посланы государем блаженныя памяти к патриарху Иосифу, чтобы ему поставити по его государеву совету оных в митрополиты и в архиепископы и епископы, иных в архимандриты, игумены и протопопы, а с государевым духовником Стефаном ты тогда был в советех, и не прекословил нигде, и на поставлении их не говорил: анаксиос, а ныне у тебя те же люди недостойны стали, и протопоп Стефан за что тебе враг стал? Везде ты его поносишь и укоряешь, а друзей его раззоряешь, протопопов и попов с женами и детьми разлучаешь: доселе ты друг нам был, а ныне на нас восстал”. По словам раздраженного протопопа, Никон всему верил, в чем бы ни обвиняли их друзей, повторяя, “так-де они делают, такие-де нечестивые, а Стефан-де протопоп и Иоанн им ворам потакают”... При всем преобладании в этой критике личных мотивов, за ними слышался и более общий протест, направленный не против каких-либо отдельных действий Никона, а против всей принятой им системы, против замены благоверных московских людей “иностранными иноками, ересей вводителями”, и такой протест не мог быть удовлетворен частичными уступками.
Но Никон, в свою очередь, и не думал об уступках. Раз решив смирить непокорных силою своей власти, он уже не отступал от избранного плана, и по мере того, как протест разгорался и в нем принимали участие новые лица, на их головы обрушивались жестокие кары, направляемые рукой патриарха. Неронов первый поплатился за свою смелость: сперва он лишен был скуфьи и заточен в Симонов монастырь, а затем, 4 августа 1653 года, отправлен в Вологду, в Спасокаменный монастырь. Его приверженцы решились попытать еще средство отстоять своего вождя и вместе спасти от гибели свое дело и с этой целью подали царю челобитную о возвращении Неронова из ссылки, написанную протопопом Аввакумом. Последний в этот момент вообще выдвигается вперед и даже пытается после удаления Неронова руководить деятельностью всего кружка: его пламенная энергия, горячее убеждение в правоте защищаемого дела и способность умелой пропаганды вместе с готовностью идти до последней крайности в значительной степени оправдывали такие притязания, выделяя его из среды товарищей по кружку.