Одновременно опричники обезглавили дьяков в ближайших к Изборску ливонских замках. Дьяки якобы были в заговоре с жителями Изборска и готовились сдать полякам Мариенбург, Тарваст и Феллин.
Казнь Федорова-Челяднина и низложение митрополита углубили политический кризис в стране. Опричное руководство с тревогой наблюдало за множившимися признаками смуты. 11 января 1569 г. гарнизон Изборска сдал неприступную крепость литовцам, а 21 января царь принял экстренные меры по укреплению опричнины. В государеву светлость были зачислены сразу два центральных уезда. Опричное войско должно было получить самые крупные за всю историю опричнины пополнения и по численности сравняться с новгородско-псковской «кованой ратью».
В молодости царь, по словам Курбского, излишне любил «писарей». После изборской измены самодержец, казалось бы, утратил всякое доверие к приказной бюрократии. Изборск был пригородом Пскова, а потому под подозрением оказалась приказная администрация, а заодно и все население Пскова.
Исследователи обходят вниманием тот факт, что государев разгром Новгорода начался задолго до карательного похода опричников на этот город. Главным следствием розыска о сдаче Изборска было решение выселить всех неблагонадежных лиц из Пскова и Новгорода. Репрессии достигли неслыханного размаха. Согласно летописи, власти выселили 500 семей из Пскова и 150 семей из Новгорода. В изгнание отправились примерно 2000 или более горожан, считая женщин и детей. По численности населения Псков далеко уступал Новгороду. Но из Пскова было выселено втрое больше людей, чем из Новгорода. Это значит, что поначалу главным гнездом измены царь считал не Новгород, а Псков.
В чем обвинялись псковичи? Согласно черновику Описи архива Посольского приказа 1626 г., в царском архиве хранился «извет про пскович, всяких чинов людей, что они ссылались с литовским королем Жигимонтом». Изменники, по убеждению Грозного, хотели сдать Псков королю, как они сдали Изборск.
Иван нимало не сомневался, что литовцы сносились со Псковом, используя связи с Курбским. На вопрос, с кем боярин поддерживал дружбу, ответить было нетрудно. Царь имел возможность ознакомиться с письмом Курбского к старцу Васьяну из Псково-Печерского монастыря, написанным еще в бытность его в России. Боярин обращался к монахам как к единомышленникам. Среди общей лести самодержцу впервые пришлось услышать страшные обвинения. Князь Андрей писал, что Державный превратился в кровожадного зверя: «Свирепее зверей кровоядцов обретаются». Царь не мог расправиться с иноками в 1564 г., но несколько лет спустя он припомнил им дружбу с Курбским. Изменное дело, затронувшее первоначально исключительно приказных людей, стало обращаться острием против духовного чина.
Не позднее лета 1569 г. царь замыслил карательный поход на Псков и Новгород. Об этом решении знали несколько доверенных советников. Один из них (видимо, Вяземский) выдал секрет Пимену. В новгородской церковной летописи появилась подробная запись от 9 июня 1569 г. с росписью «корму царю и государю великому князю… коли с Москвы поедет в Великий Новгород, в свою отчину». Корм включал 10 коров, 100 баранов, 600 телег сена. Новгородцы готовили «корма» для царской свиты. Власти Новгорода, конечно же, знали о расследовании псковской измены. Но они надеялись, что гроза минует их самих.
Иван IV не смог осуществить планы карательного похода на Псков в 1569 г. по той причине, что в пределы России вторглись многочисленное войско турок-османов и Крымская орда.
Проведение первых репрессий против крамольных городов было возложено на земских воевод. После бегства Курбского и учреждения опричнины царь пожаловал боярский чин князю Петру Пронскому и назначил его наместником Ливонии, что свидетельствовало о полном доверии к нему опричной думы. Не позднее июня 1569 г. Пронский стал наместником Новгорода. Он подписывал грамоты вместе с дьяком Кузьмой Румянцевым. Вторым дьяком служил Андрей Безносов-Монастырев. Их руками были осуществлены выселения из Новгорода. В Пскове аналогичное поручение выполнили князь Юрий Токмаков и дьяк Юрий Сидоров. Малюта Скуратов оставался при особе государя в Москве, дело было поручено земской администрации.
На розыск об изборской измене повлияли сведения, полученные царем от послов, ездивших в Швецию. В 1569 г. там произошел переворот, в результате которого Эрик XIV был свергнут с престола. Шведские события усилили собственные страхи царя. Сходство ситуаций было разительным. Эрик XIV, по словам царских послов, казнил многих знатных дворян, после чего стал бояться «от своих бояр убивства». Опасаясь мятежа, он тайно просил царских послов взять его на Русь. Произошло это в то самое время, когда царь Иван втайне готовился бежать в Англию. Полученная в Вологде информация, по-видимому, повлияла на исход изборского следствия. Псковские впечатления причудливо сплелись со шведскими в единое целое. Послы уведомили царя, что накануне мятежа Эрик XIV просил-находившихся в Стокгольме русских послов «проведывати про стеколских людей про посадцких измену, что оне хотят королю изменити, а город хотят здати королевичем», то есть королевским братьям. В конце концов измена стокгольмского посада погубила шведского короля.
Руководители сыскного ведомства опричнины использовали дипломатические донесения, чтобы пустить в ход террор. Они всячески поддерживали подозрения царя насчет того, что посадские люди Пскова и Новгорода готовы последовать примеру Стокгольма и поддержать любой антиправительственный мятеж. Роль мятежных шведских герцогов мог взять на себя князь Владимир Андреевич.
Подозрения и страхи по поводу изборских событий и шведские известия предрешили судьбу князя Владимира Андреевича. Царь вознамерился покончить раз и навсегда с опасностью мятежа со стороны брата. Такое решение выдвинуло перед Иваном некоторые проблемы морального порядка. В незапамятные времена церковь канонизировала Бориса и Глеба ради того, чтобы положить конец взаимному кровопролитию в княжеских семьях. Братоубийство считалось худшим преступлением, и царь не без колебаний решился на него. Прежние провинности князя Владимира казались, однако, недостаточными, чтобы оправдать осуждение его на смерть. Нужны были веские улики. Вскоре они нашлись. Опричные судьи сфабриковали версию о покушении князя Владимира на жизнь царя. Версия нимало не соответствовала характерам действующих лиц и поражала своей нелепостью. Но современники, наблюдавшие процедуру собственными глазами, замечают, что к расследованию были привлечены в качестве свидетелей ближайшие льстецы, прихлебатели и палачи, что и обеспечило необходимый результат.
