11 апреля 1906 г. назначен командующим флотилией рек Амурского бассейна. Приказом по морскому ведомству №. 134 переведен в Балтийский флот в марте 1904 г., где последовательно был назначен командиром минного крейсера «Абрек», миноносца «Ретивый» и эсминца «Амурец».
26 ноября 1910 г. за отличие по службе Высочайшим приказом по морскому ведомству был произведен в капитаны 1-го ранга и принял командование 5-м дивизионом миноносцев. А 22 ноября 1911 г. был назначен командиром флагманского корабля Балтийского флота — новейшим броненосным крейсером «Рюрик». В декабре 1913 г. награжден орденом Св. Владимира 3-й степени.
«Бахирев был добродушен... умный, простой и добрый человек», — вспоминает контр-адмирал Пилкин{~3~}.
Говоря о его отношениях с командой, адмирал Пилкин пишет: «Михаилу Коронатовичу случалось давать тумака. Но это были не жестокие тумаки, и команда зла Бахиреву не помнила. Во время революции был на "Рюрике", которым прежде командовал Бахирев, митинг. Обсуждался вопрос — послать ли бывшему командиру приветствие по случаю годовщины боя, который имел адмирал Бахирев с немецкими крейсерами (бой бригады русских крейсеров 18-19 июня 1915 г. на высоте острова Готланда с немецким отрядом в составе крейсеров «Роон», «Бремен», «Аугсбург» и заградителя «Альбатрос», которого огонь русских крейсеров заставил выброситься на берег, а остальных скрыться в тумане. — Н.Р.). Команда собралась на шканцах, а маш[инный] унт[ер]-оф[и-цер] Пастухов, лидер команды, левый соц[иал]-революционер ...стоя в кругу команды держал горячую речь: "Кулаки товарища Бахирева, говорил Пастухов, не раз по моей спине гуляли, но я вотирую послать приветствие". Приветствие, при общем одобрении, было послано»{~4~}.
Высочайшим приказом № 1340 от 24 декабря 1914 г. М.К. Бахирев был произведен в контр-адмиралы «За отличия против неприятеля» и тогда же назначен командующим 1-й бригадой крейсеров Балтийского флота. Бригада успешно ставила мины в южной части Балтийского моря, на которых подорвалось немало германских кораблей.
Во время одного из таких походов флагманский крейсер «Рюрик» перескочил через гряду подводных камней у острова Готланд и оказался в опасном положении, набрав много воды. Команда, мало знавшая недавно назначенного командира, как пишет адмирал Пилкин, «...в опасную минуту кинулась к своему бывшему командиру Бахиреву и на руках вынесла его на мостик»{~5~}. Благодаря знаниям и хладнокровию адмирала крейсер был спасен.
За время командования 1-й бригадой крейсеров М.К. Бахирев был награжден мечами к ордену Св. Владимира 3-й степени (за отличия в делах против неприятеля 24 декабря 1914 г.), орденом Св. Станислава 1-й степени с мечами (10 августа 1915 г.) и орденом Св. Анны 1-й степени с мечами (11 января 1916 г.) «За отличия в делах против неприятеля».
Высочайшим приказом от 19 декабря 1915 г. контр-адмирал Бахирев был назначен начальником 1-й бригады линейных кораблей Балтийского флота, в которую вошли новейшие дредноуты — «Петропавловск», «Гангут», «Севастополь» и «Полтава». Он держал свой флаг на «Петропавловске», которым командовал капитан 1-го ранга В.К. Пилкин. Высочайшим приказом по морскому ведомству № 1660 от 6 декабря 1916 г. М.К. Бахирев был произведен в вице-адмиралы.
Как вспоминает контр-адмирал С.Н. Тимирев, «Бахирев, один из лучших боевых начальников старшего поколения, всегда был образцом личной храбрости, служебной честности и исполнительности... О нем вспомнили лишь, когда нужно было спасти почти безнадежное положение, как это случилось в Моозунде в сентябре 1917 г.»{~6~}
Вскоре после Февральской революции Бахирев сдал бригаду линейных кораблей контр-адмиралу Д.Н. Вердеревско-му (23.5.1917) и перешел на «спокойную» должность начальника минной обороны. Только после прорыва германского флота в Рижский залив он был назначен в сентябре 1917 г. Начальником Морских сил Рижского залива (приказ отдан был с опозданием 17 октября 1917 г.).
Несмотря на разложение на флоте, адмирал Бахирев организовал оборону Моозунда. 4 октября 1917 г. он лично прибыл на крейсер «Баян» и вместе с линейными кораблями 2-й бригады «Слава» и «Гражданин» (б. «Цесаревич») принял бой в Рижском заливе с превосходящими силами немецкой эскадры. Во время отступления русских кораблей к Моозун-ду их прикрывал флагманский крейсер «Баян». Его командир, тогда капитан 1-го ранга С.Н. Тимирев, находясь под огнем тридцати немецких 12-дюймовых орудий, спасал корабль непрерывным маневрированием. «Меня поддерживала, — пишет он, — лишь непоколебимая выдержка героя М.К. Бахире-ва: с полным наружным спокойствием он расхаживал по мостику, совершенно не вмешиваясь в мои распоряжения»{~7~}. Закрыв Моозундский фарватер подорванным броненосцем «Слава» и одним транспортом, адмирал Бахирев отвел корабли своего отряда в Ревель.
В начале декабря 1917 г., во время ареста Раскольнико-вым командующего флотом контр-адмирала Развозова, у Ба-хирева, державшего свой флаг на корабле «Чайка», в Гельсингфорсе состоялось собрание флагманов флота, где Бахирев предложил оставить службу. К нему присоединился освобожденный матросами адмирал Развозов и некоторые другие. Приказом по флоту № 37 от 12 января 1918 г. адмирал Бахирев был уволен от службы без права на получение пенсии. Он вынужден был поступить служащим в Центральный народно-промышленный комитет. Жил на Моховой улице вместе с капитаном 1-го ранга П.Н. Пленом, который участвовал в тайной переброске офицеров из Петрограда в Добровольческую армию. «М.К. Бахирев, — пишет В.К.Пилкин, — кажется, имел какие-то сношения с казачеством Добровольческой армии... Нам удавалось, через одного из морских офицеров, находившегося на свободе в Петербурге в Промышленном Комитете, переводить деньги в голодное время»{~8~}.
В ночь с 5 на 6 августа 1918 г. М.К. Бахирев был арестован вместе с П.Н. Пленом на его квартире (Моховая д. 5, кв. З){~9~}. В ЧК П.Н. Плен был расстрелян. Бахирев был освобожден 13 марта 1919 г. Возможно, сыграли роль передачи продуктов от матросов, служивших под его командой на кораблях Балтийского флота. Эти передачи продолжались и после. По освобождении он стал сотрудником оперативного отдела Морской Исторической Комиссии (Морискома). «Там он написал в двух экземплярах подробное изложение Рижских боев до эвакуации», — сообщает видевший его в это время бывший его старший флаг-офицер, капитан 2-го ранга Н.Н. Крыжановский{~10~}. Это описание, «датированное 11 июля 1919 г. и написанное четким, уверенным почерком, в настоящее время, — сообщает М.Е. Малевинская, — хранится в РГА ВМФ в фонде Р 1579: "Исторический Отдел Морского Штаба"»{~11~}.
Летом 1919 г., как сообщает адмирал В.К. Пилкин, Бахирев «...отказался от попытки бегства в Финляндию, которую ему предлагали. Многие обращались к нему за советом, что дальше делать. "Оставаться на местах и быть готовыми, — говорил он, — ожидая и, может быть, подготовляя восстание"»{~12~}.
