Он был вхож в тогдашние "звездные круги" — вращался среди писателей, артистов, художников, ученых, спортсменов, политиков. Гонорары он получал немалые — хватало и на модную тогда машину "Победа", и на двухэтажную дачу в Серебряном Бору, и на богатый гардероб. Образ жизни по тем временам вел довольно свободный, несмотря на то что был женат. Меж московских интеллектуалов после войны ходила стихотворная байка: "На берегах литературы пасутся мирно братья Туры и, с ними заводя амуры, Лев Шейнин из прокуратуры".
Тучи над его головой начали вдруг сгущаться в конце 1940-х годов. В 1949 году его освобождают от должности, не объясняя причин. Обещают поставить директором Института криминалистики, но назначение так и не состоялось. Шейнин выжидает, сидя дома, занимается литературой, но почву зондирует постоянно. Наверняка он знал, что ему грозит, — на одной из вечеринок подвыпивший сотрудник органов сболтнул: "Эх, Лева, Лева, старый уголовник, умная у тебя башка, но все же мы за тебя взялись". Незадолго до ареста то же самое он услышал от знакомого драматурга — один из сотрудников госбезопасности посоветовал тому держаться подальше от Шейнина, так как его скоро посадят.
В это время, особенно после гибели Михоэлса, власти усиленно будировали так называемый еврейский вопрос. Для того чтобы его раскрутить, следовало найти "заговорщиков". Шейнин тут был как нельзя кстати — прокурор, писатель, он имел такие обширные связи в еврейской среде, что на роль заговорщика подходил как нельзя лучше. К тому же все знали, что хитрый и осторожный Шейнин был изрядно труслив.
Не было секретом, что этот "любитель ночных бдений" сам панически боялся допросов с пристрастием. По свидетельству знакомых, человеком он был нестойким по характеру, ненадежным, способным изменить в любой момент.
Его арестовали 19 октября 1951 года. В постановлении на арест указывалось: "Шейнин изобличается в том, что, будучи антисоветски настроен, проводил подрывную работу против ВКП(б) и Советского государства. Как установлено показаниями разоблаченных особо опасных государственных преступников, Шейнин находился с ними во вражеской связи и как сообщник совершил преступления, направленные против партии и Советского правительства". Арест санкционировал Генеральный прокурор Союза ССР Г. Н. Сафонов. В дальнейшем прокуратура чисто символически принимала участие в этом деле — ежемесячное продление срока действия и один-два допроса, учиненные помощником военного прокурора. Можно сказать, что Прокуратура СССР бросила на произвол судьбы своего сотрудника, отдавшего следственной работе двадцать семь лет жизни. Сам Шейнин связывал все происшедшее с происками Абакумова, хоть тот и сам уже находился в тюрьме. В конце 1949 года Шейнин со своей командой занимался расследованием причин пожара на даче Ворошилова и установил халатность органов безопасности, отдав виновных под суд. После этого Абакумов отпускал в адрес Шейнина невнятные угрозы и намеки.
Странно и непонятно, почему дело Шейнина тянулось два года — другие, даже гораздо более сложные, заканчивались гораздо быстрее. Допросы перемежались с очными ставками, дело пухло и к концу насчитывало уже семь солидных томов.
Семь старших следователей МГБ по особо важным делам принимали в нем участие. Шейнину пришлось выдержать около двухсот пятидесяти допросов, в основном ночных, во время которых его шантажировали, оскорбляли, грозили побоями. "За провинности" лишали прогулок, книг, передач. Больше года ему пришлось пробыть в одиночке, шесть дней его продержали закованным в наручники. К концу следствия, по его словам, запас "нравственных и физических сил был исчерпан".
В первый год ведения дела усиленно раскручивался так называемый еврейский заговор. Шейнин охотно и подробно выдавал всех и вся. Эренбург, братья Тур, Штейн, Крон, Ромм, Б. Ефимов, Н. Рыбак — все они якобы вели с ним "националистические" беседы. Вот типичный образчик стиля его показаний: "Эренбург — это человек, который повлиял, может быть в решающей степени, на формирование у меня националистических взглядов". Он обвинял Эренбурга в разговорах о том, что "в СССР миазмы антисемитизма дают обильные всходы и что партийные и советские органы не только не ведут с этим должную борьбу, но, напротив, в ряде случаев сами насаждают антисемитизм", что советская пресса замалчивает храброе поведение евреев во время Отечественной войны, что к евреям отношение настороженное.
Задачей следователей было расширить круг подозреваемых "еврейских националистов", поэтому от Шейнина требовали показаний даже на Утесова, Блантера, Дунаевского, Шостаковича. В своем письме министру безопасности С. Игнатьеву Шейнин писал: "Следователь пошел по линии тенденциозного подбора всяческих, зачастую просто нелепых данных, большая часть которых была состряпана в период ежовщины, когда на меня враги народа… завели разработку, стремясь меня посадить, как наиболее близкого человека А. Я. Вышинского, за которым они охотились". Другое письмо он отправил на имя Берии: "Вымогали также от меня показания на А. Я. Вышинского".
Впрочем, Шейнин и сам "топил" многих своих сослуживцев. Когда следователь спросил, все ли он рассказал о своей вражеской работе против Советского государства, он заявил: "Нет, не все. Мне нужно еще дополнить свои показания в отношении преступной связи с работниками Прокуратуры СССР Альтшуллером и Рогинским". Называл он и многих других лиц, например, прокурора Дорона, профессоров Швейцера, Шифмана, Трайнина.
Безусловно, прессинг он испытывал сильный — и физический и психологический. Но даже запрещенными приемами следствия нельзя объяснить изощренное смакование им подробностей личной жизни своих знакомых, приведенные в многостраничных протоколах, — вплоть до предметов женского туалета, оставленных в кабинете начальника после визита некоей дамы. Жизнь своих соавторов братьев Тур он тоже "живописал" весьма подробно. Конечно, следователей очень занимала вся эта "клубничка", но все же они больше интересовались наличием предполагаемого "подполья" в еврейской среде. Через год "еврейский вопрос", видимо, перестал волновать следователей, и они взялись за шпионскую версию. В протоколах появились вопросы о его связи с "загранкой", но здесь Шейнин был непоколебим — свою вину в шпионаже и измене родине отрицал начисто. Протоколы допросов превратились в жиденькие листочки, хотя каждый допрос по-прежнему длился четыре-пять часов. Вот отрывок из одного февральского протокола 1953 года.
"Вопрос. Материалами дела установлено, что вы проводили враждебную работу против советского народа по заданию представителя иностранного государства. Признаете это?