Уже давно, с Кембриджа, вокруг Ньютона стал складываться кружок его религиозных единомышленников, в число которых вошёл и Бентли. В Лондоне этот кружок обогатился двумя молодыми учениками — Уистоном и Кларком. Фактического их наставника, Ньютона, мало кто знал, хотя Уистон в своих лекциях и книгах не раз намекал на то, что его мысли поддерживает «величайший человек». Интересно, что, несмотря на явное заимствование Уистоном идей Ньютона, он никогда не говорил, что это Ньютон склонил его к ереси. Честолюбие распирало его, и он при каждом удобном случае утверждал своё первородство. Ньютон не препятствовал — такой поворот дела его вполне устраивал.
Сближение Ньютона и Хоптона Хайнса, молодого служащего Монетного двора, тоже имело под собой религиозную основу. Хайнс был ревностным унитарианцем. Более того, он убеждал Ньютона стать во главе новой Реформации, пойти по пути Кальвина и Лютера и критиковал его за то, что он мешкает. Эти идеи Хайнса, какими бы абсурдными они ни казались сейчас, вполне согласуются с собственными мыслями Ньютона и его писаниями. Он пользовался большим религиозным авторитетом и свободно обменивался довольно еретическими взглядами с Локком, Фацио, Галлеем и Бентли. (Бентли, когда его избирали на кафедру богословия, прочёл весьма неортодоксальную лекцию об искажениях в текстах Священного Писания — тех же самых, о которых писал и Ньютон.) Эта группа, возможно, была одним из немногих очагов религиозного инакомыслия в Англии того времени. Группировалась она вокруг Ньютона. Глашатаем группы был, конечно, Уистон. Он обладал достаточной смелостью, чтобы читать лекции и открыто распространять в Кембридже свои взгляды, заботился о том, чтобы идеи кружка пускали корни и вне университета. В сборнике своих проповедей он опубликовал молитву, в которой возносится хвала Христу, отцу его и святому духу — «трём персонам, но одному богу». Книга вызвала страшный скандал. Ортодоксальные священники обрушились на Уистона, обвиняя его в богохульстве и атеизме. Осенью 1710 года Уистона вызвали к вице-канцлеру университета, и тот предъявил ему обвинение в нарушении университетского статуса. Уистон не покорился и стал открыто защищать свои взгляды. Не получив поддержки, он был уволен с кафедры и изгнан из университета.
Всё это сильно тревожило Ньютона. Он видел, что церковники ищут совсем неподалёку от него самого. Ньютон боялся, что слухи о безбожии могут сильно ему навредить, и поэтому стремился держаться подальше также от своего бывшего друга Фацио Дюийе.
В 1720 году Уистон выдал Ньютона — назвал его во всеуслышание арианцем. Ньютон вознегодовал и отказал Уистону в приёме в Королевское общество. Серьёзных последствий заявление Уистона, впрочем, не имело — возможно, потому, что Ньютон был уже стар.
Множество сект протестантизма — тринитарианцы, социнианцы, арианцы, гуманитарианцы, антитринитарианцы — опирались впоследствии на имя Ньютона. Он всё-таки стал знаменем новой Реформации, хотя и неширокой.
Ньютон тем не менее был злейшим врагом папства, католицизма, римской церкви. Это особенно заметно в его работе «Толкование к Пророчествам Даниила и Апокалипсису». Говоря об этом сочинении, Вольтер заметил, что Ньютон «хотел им утешить род человеческий в том превосходстве, которым он, Ньютон, обладал, или же доказать, что это превосходство было не так уж велико». В то же время нельзя отрицать, что это сочинение обнаруживает громадную эрудицию Ньютона и подтверждает его исключительное остроумие, приложенное, правда, к неблагодарному предмету.
Для Ньютона характерна вера в изначальный ясный смысл Библии, но не в её текст, искажённый переводчиками. В первичном же тексте, особенно в пророчествах, Ньютону слышится метафорическая речь самого бога. Образный язык пророчеств он переводит на язык географии и истории.
Ньютон считал, что язык пророков взят из аналогий между материальным миром и миром политико-историческим. Так, небо представляет царей и династии, а земля — народ. Небесные явления соответствуют различным действиям животного и человека. Рождается схема словаря, посредством которого можно толковать пророчества.
Так, если у «истукана» в первом видении Даниила голова из чистого золота — это Вавилон: грудь и руки из серебра — это Персия; чрево и бёдра медные — это Греция; голени железные, а ноги частью железные, а частью глиняные — это Рим.
Если зверь третьего видения Даниила «как лев, но у него крылья орлиные», — это Вавилон; если он «похож на медведя… и три клыка у него, между зубами его» — это Персия; если он «как барс, а на спине у него четыре птичьих крыла и четыре головы» — это Греция. А четвёртый зверь — «страшный и ужасный, и весьма сильный; у него большие железные зубы; он пожирает и сокрушает, остатки же попирает ногами; он отличен был от всех прежних зверей, и десять рогов было у него и… вышел между ними ещё небольшой рог, и три из прежних рогов с корнем исторгнуты были… и… в этом роге были глаза, как глаза человеческие, и уста, говорящие высокомерно». И жить ему положено было «время, два времени и полвремени».
Десять рогов Ньютон опознаёт как королевство Вандалов и Аланов в Испании и Африке; королевство Свевов в Испании; Вестготское королевство; королевство Аланов в Галлии; королевство Бургундов; Французское королевство; Британское королевство; королевство Гуннов; королевство Ломбардов; королевство Равенны. Кульминация исследования Ньютона — это идентификация «одиннадцатого рога четвёртого зверя Даниила»:
«И был рог у четвёртого зверя, и коренился он над тремя его первыми рогами, а потому мы должны искать его между народами Латинской империи, после начала десяти рогов. Но это было королевство иного рода, нежели другие десять королевств, оно имело свою особенную жизнь или душу с глазами и ртом. Своими глазами это был провидец, а своим ртом, говорящим великие вещи и изменяющим времена и законы, — пророк так же, как и король. И такой провидец, пророк и король — это римская церковь».
Доказав предварительную из весьма непростых посылок, что «время» — это триста шестьдесят солнечных лет, Ньютон предсказывает дату падения папизма: 2060 год. Это дата Страшного суда, отодвигаемая им на далёкие времена.
Ньютон многим рассказывал о своих открытиях в Библии, и принцесса Каролина пожелала, чтобы Ньютон показал ей рукопись. Ньютон перепугался. Он оказался в ужасном положении, ибо боялся, что его еретические взгляды могут стать причиной увольнения из Монетного двора.
— Но она ещё абсолютно не готова и несовершенна…
Улыбка медленно сошла с губ принцессы Уэльской, и Ньютон понял, что не уступить нельзя. Выполняя приказ, он сделал как бы краткий обзор своих взглядов, более мягкий по выражениям и идеям. Он назвал его «Краткой хронологией». Через несколько дней «причёсанный» экземпляр её был передан принцессе. Ньютон схитрил: вместо опасной теологии он подбросил ей безобидную хронологию.
