В июле 1941 года капитана 2-го ранга А.П. Дьяконова назначили командиром Онежской военно-морской базы. Первоначально ему удалось вооружить лишь 4 буксира. 7 августа по предложению моряков командование Северо-Западного направления приняло решение о формировании флотилии. В тот же день приказом заместителя наркома Военно-морского флота И.С. Исакова флотилия была создана. Сначала в Онежской военной флотилии состояли 5 канлодок из озерных буксиров и несколько тральщиков. Осенью 1941 года эта небольшая флотилия под командованием Дьяконова поддерживала огнем войска 7-й армии [907] .
18 сентября неприятель занял село Остречины на правом берегу Свири, но 19 сентября неожиданный обстрел канонерской лодки № 12 заставил неприятеля оставить деревню. Бой стал боевым крещением флотилии. 20 сентября десант (100 человек) выбил неприятеля из села Гак-Ручей при поддержке канонерских лодок № 13 и 14. Еще неделю флотилия из Свирской губы продолжала боевые действия в районе Вознесенья, не позволяя противнику форсировать Свирь.
28 сентября превосходящие силы противника заняли Петрозаводск. Главной базой флотилии стало село Вознесенье. Но 7 октября противник занял и Вознесенье [908] .
В начале октября противнику удалось прорвать советские позиции за пределами огня корабельной артиллерии, и советские войска укрепились южнее Вознесенья на реке Ошта. Флотилия была вынуждена базироваться на Вытегру в устье одноименной реки. Моряки поддерживали сухопутные войска, не позволяя врагу переправиться. А 24 октября флотилия ушла на зимовку в Пермь [909] .
Поздней осенью боевые корабли перебазировали на Волгу. Дьяконов командовал флотилией с августа по ноябрь. 28 ноября 1941 года флотилию расформировали, ее корабли вошли в состав Волжской военной флотилии. Дьяконов был командиром 6-й бригады речных кораблей (ноябрь 1941 – февраль 1942 года), командиром Отряда вновь строящихся кораблей в Астрахани (февраль – май 1942 года) [910] . Однако опыт показал, что боевые корабли на Онежском озере необходимы. 30 апреля 1942 года нарком ВМФ приказал создать Онежский отряд кораблей из состава Волжской военной флотилии. В состав отряда включили управление отряда (штабной корабль «Московский комсомолец»), 6 канонерских лодок, 8 бронекатеров, 7 сторожевых катеров и катеров-тральщиков, 4 глиссера охраны водного района, 31-й отдельный батальон морской пехоты, службу наблюдения и связи, отделы тыла, складов и производственных предприятий. В качестве базы вновь избрали город Вытегра. В мае под командованием капитана 2-го ранга А.П. Дьяконова отряд с Волги направился на Онежское озеро. Переход проходил с 19 мая по 7 июня. В последний день корабли, кроме бронекатеров, прибыли в Вытегру и начали боевые действия. Отряд был непосредственно подчинен наркому ВМФ, а оперативно – командующему 7-й Отдельной армией. Восточный берег Онежского озера охраняли части 32-й армии севернее реки Водла и части 7-й отдельной армии (южнее реки). Главной базой Онежского отряда кораблей служила река Вытегра, но суда базировались также в Обводном канале, на реке Андома и реке Водла. База Вытегра, канал и шлюзы Мариинской системы были слабо защищены от ударов с воздуха. С появлением кораблей положение на Онежском озере улучшилось, так как и южная и северная (Шальская) группы кораблей своими активными действиями с июня до октября связали флотилию противника и помешали его перевозкам [911] .
16 июня на флотилию прибыл дивизион бронекатеров. После трех дней подготовки катера перешли в устье реки Вытегра. Уже в ночь на 27 июня катера произвели первый обстрел берегов. В ночь на 9 августа бронекатера вели разведку боем в районе Вознесенья.
В состав Онежского отряда входили дивизион канонерских лодок (7 единиц), дивизион бронекатеров (8 единиц), дивизион катерных тральщиков и сторожевых катеров (9 единиц) и 31-й батальон морской пехоты. Моряки взаимодействовали с войсками 7-й Отдельной армии. Они несли дозорную службу, высаживали разведчиков, обстреливали береговые позиции. В летнюю кампанию Онежский отряд кораблей успешно выполнял указания сухопутного командования. Были установлены тесные связи со штабами армии, а также 4-го стрелкового корпуса, 272-й и 368-й дивизий [912] .
Финны от города Повенец до села Вознесенье оборудовали опорные пункты с береговыми батареями; дополнением к ним служила озерная флотилия из нескольких канонерских лодок (вооруженных буксиров), самоходных барж и вооруженных катеров. Однако, прибыв в Вытегру, моряки не только выставили дозоры вблизи своей базы, но и высылали разведку в район Вознесенье. Благодаря активным действиям дозоров движение неприятельских судов было прервано, а линия сообщения Вытегра – Андома, по которой перевозили лес, была защищена от нападений врага. Канонерские лодки Шальской группы обеспечивали переход судов на линии Петрозаводск– Медвежьегорск. Канонерские лодки за кампанию 1942 года провели несколько десятков буксиров и 37 транспортов с 8 тысячами тонн грузов. Корабли и катера обстреливали населенные пункты, занятые противником, заставляя его держать часть сил на побережье. Были прерваны неприятельские коммуникации. Более 40 высаженных на берег разведгрупп собрали сведения о положении неприятеля у побережья и в глубине [913] .
С июня по октябрь северная группа совершила более 70 боевых выходов, в том числе 27 в дозор, и 5 раз проводила артобстрелы. Кроме дозоров, охраны коммуникаций, 15 раз высаживала разведгруппы, общим числом 126 человек, и снимала ранее высаженные группы. За тот же срок южная группа поддерживала фланг 368-й стрелковой дивизии. Было совершено 130 боевых выходов. 30 раз корабли и катера вели огонь по береговым объектам противника, 107 раз выходили в дозор, 3 раза – в поиск. Всего отряд выполнил 231 действие для обеспечения задания командования [914] .
Сухопутное командование высоко оценило помощь моряков. Командир 4-го стрелкового корпуса генерал-майор П.А. Зайцев в отзыве писал: «Отряд кораблей за период своих действий оказал значительную поддержку и помощь в деле активной обороны частями корпуса. Своими решительными, дерзкими и смелыми налетами на тыл противника отряд оказал немалую услугу войскам, ослабляя врага и причиняя ему большие потери» [915] .
Онежским отрядом кораблей Дьяконов командовал с мая 1942 по январь 1943 года [916] .
В середине ноября 1942 года Онежский отряд, оставив на месте 31-й батальон морской пехоты, направился в Рыбинск на зимовку. Ранее были отправлены катера, часть тыла и оперативная часть для подготовки базирования. За зиму, несмотря на авиационные налеты противника, корабли прошли ремонт, а весной 1943 года на базе отряда была воссоздана Онежская военная флотилия. Первым эшелоном на озеро были отправлены канонерские лодки, бронекатера с походным штабом, тогда как начальник штаба капитан 2-го ранга Н.В. Антонов с группой офицеров оставался, чтобы ликвидировать последствия налета авиации противника и дождаться прибытия дивизиона торпедных катеров; именно эти катера, вооруженные «катюшами», значительно усилили огневую мощь флотилии.
