Работы по снаряжению экспедиции оживились лишь в июле. Дрейк полагал, что корабли будут готовы к выходу в море к концу месяца. Сэр Томас Горгес привез ему новые инструкции, но в это время возникло еще одно препятствие — все юго-западные графства охватила тревога, вызванная неожиданным появлением испанцев. Четыре вражеские галеры и несколько пинасов между 23 и 25 июля высадили на побережье Корнуолла десант из шестисот солдат. Местные жители не смогли оказать им сопротивление, предпочитая спасаться бегством. Сэр Фрэнсис Годолфин с большим трудом собрал в Пензансе отряд из двухсот ополченцев, однако вскоре почти все они разбежались. Молва разнесла также слух о том, что около сорока вражеских судов появилось возле Фалмута. Губернатор Фалмутского форта Ганнибал Вивиан написал Дрейку и Хокинсу: «Прошу вас, если ваши корабли еще не готовы сражаться, прислать сюда кого-нибудь из их командиров, умеющих осуществлять военное руководство, поскольку они здесь крайне необходимы и могут понадобиться, если испанцы высадятся на сушу». В Корнуолл тут же отправили генерал-лейтенанта сэра Николаса Клиффорда и трех капитанов, а Дрейк вывел в море несколько сторожевых кораблей.
Тревога, однако, оказалась ложной, никаких крупных испанских сил у берегов Англии не было. Позже выяснилось, что испанцы, укрепившиеся в Блаве, выслали в море несколько галер под командованием капитана Карлоса де Амесолы, чтобы напасть на Нормандские острова. На побережье Бретани они захватили Пенмарк, потребовали с его жителей выкуп, а затем, не сумев из-за противных ветров пробиться к главной цели своей экспедиции — Нормандским островам, повернули на север, к островам Силли. Испытывая недостаток в питьевой воде, рейдеры высадились в Маусхоле, Ньюлине и Пензансе и разорили эти беззащитные деревни. Оттуда они планировали отправиться в Бристольский залив, но, услышав, что их разыскивает сам Дрейк, испугались и убрались восвояси.
Когда известие о высадке испанцев в Корнуолле достигло двора, Елизавета запаниковала. Дрейку и Хокинсу было приказано отправить Баскервиля на запад с инспекцией. Это ставило под угрозу срыва готовившуюся экспедицию. Адмиралы попросили Горгеса съездить в Лондон и успокоить королеву, однако добились противоположного эффекта. Правительство как раз получило из Испании информацию, что там собирают силы для вторжения в Ирландию. Горгес галопом помчался назад в Плимут, увозя из столицы новые инструкции для Дрейка и Хокинса. Вместо того чтобы идти сразу в Вест-Индию, адмиралы должны были навестить пролив Святого Георга и пройти вдоль южного побережья Ирландии, охраняя его от возможной высадки испанцев. В том случае, если испанцев в указанном районе не окажется, флоту надлежало идти к побережью Испании и там искать вероятного противника. При условии, что информация не подтвердится и испанские военные корабли не будут обнаружены, Дрейку и Хокинсу предписывалось в течение месяца крейсировать между Пиренейским полуостровом и Азорами в ожидании «серебряного флота».
Новые инструкции не понравились ни Дрейку, ни Хокинсу. Они готовы были взять курс на берега Испании и в случае обнаружения испанского флота атаковать его, но не желали идти в Ирландию. Охрану юго-западных графств и ирландского побережья, по их мнению, можно было поручить эскадре Ла-Манша.
Лорд-адмирал Хоуард готов был прислушаться к аргументам двух старых «морских псов». В своем письме Сесилу он писал, что не видит смысла в отправке флота в пролив Святого Георга. В то же время Хоуард полагал, что экспедиция не слишком отклонится от маршрута, если проследует сначала к южной оконечности Ирландии, а оттуда уже повернет на юг, в сторону Пиренейского полуострова.
В конце концов Елизавета согласилась с точкой зрения Дрейка и Хокинса и в своих новых инструкциях уже не требовала от них обязательного захода в ирландские воды. В то же время она настаивала, чтобы адмиралы наведались к берегам Испании и выяснили, не ведется ли там подготовка к экспедиции в Ирландию. Затем, прежде чем идти в Вест-Индию, им надлежало месяц провести в районе Азорских островов в ожидании «серебряного флота», который мог в это время возвращаться из колоний в метрополию. Домой они должны были прийти не позже апреля — мая 1596 года, когда, по прогнозам, Филипп II мог подготовить новую армаду для вторжения в Англию.
Дрейку и Хокинсу все эти указания королевы показались сплошным ребячеством. Их флот состоял преимущественно из транспортных судов, на которых размещались сухопутные части. Соответственно, он был не способен сражаться против военных флотов противника и охотиться за призами. Поэтому адмиралы ответили Елизавете, что готовы отдать за нее жизнь, но не могут выполнить то, что она требовала от них в своих последних инструкциях. Чтобы изменить первоначальные планы, нужно было радикально поменять состав экспедиции, а это неизбежно потребовало бы новых затрат.
Ответ Дрейка и Хокинса не понравился королеве. Тем более что они не дали ясного ответа по поводу окончания своего похода, ограничившись банальной репликой, что всё будет зависеть от воли Всевышнего. Елизавета с плохо скрытым раздражением написала им, что если они не могут гарантировать ей возвращение в Англию в мае, то она вообще отменит их экспедицию.
Была уже середина августа, и оттягивать выход кораблей в море не было никакой возможности. К счастью, адмиралы нашли для ее величества еще одну приманку. В своем письме королеве от 16 августа они сообщили, что, согласно показаниям пленных с одного из испанских призов, два месяца тому назад на Пуэрто-Рико после сильного шторма зашел для ремонта галеон «серебряного флота». На его борту находились сокровища, оценивающиеся в два с половиной миллиона песо. Поскольку корабль едва держался на плаву, его расснастили, а пушки свезли на берег. Ремонт должен был затянуться на неопределенное время. Уйти с острова без особого распоряжения короля галеон не мог. Следовательно, у англичан имелась прекрасная возможность напасть на него в порту Сан-Хуана и стать обладателями ценного приза.
Елизавета не могла не заглотнуть эту приманку и уже через два дня отправила адмиралам более мягкое письмо, разрешая им немедленно выйти в море.
Заметим, что информация об испанском галеоне соответствовала действительности. Согласно документам из севильских архивов, 973-тонный галеон «Нуэстра Сеньора де Бегония» — флагман флота Тьерра-Фирме — на пути из Гаваны в метрополию попал в ураган и 30 марта 1595 года вынужден был зайти на ремонт в Сан-Хуан-де-Пуэрто-Рико. Груз серебра, золота и драгоценностей стоимостью от двух до трех миллионов песо, хранившийся в трюмах галеона, генерал-капитан дон Санчо Пардо-и-Осорио велел перенести в кафедральный собор города и в крепость Сан-Фелипе-дель-Морро, а местный губернатор дон Педро Суарес позаботился о том, чтобы эти сокровища содержались под усиленной охраной. Одновременно в Испанию отправили авизо с просьбой прислать на Пуэрто-Рико эскадру вооруженных сабр, или фрегатов. Таким образом, если англичане хотели захватить сокровища раньше, чем в Сан-Хуан придет упомянутая эскадра, им следовало поторопиться с выходом в море.