С 10 июля флотилию оперативно подчинили командованию Юго-Западного фронта. К 11 июля основные силы флотилии были сведены в три отряда речных кораблей (Березинский, Припятский и Днепровский), которые действовали во взаимодействии с частями 4, 21, 26, 38-й армий и подчинялись командующим армиями. Они способствовали удержанию переправ через Днепр и позиций на левом берегу Днепра. Штаб флотилии Рогачев основал в Киеве [1034] .
С 10 июля по 20 августа Березинский и Припятский отряды речных кораблей взаимодействовали с 21-й армией Западного фронта. Березинский отряд, в частности, с 13 по 24 июля содействовал контрудару 21-й армии на Бобруйск. 26 июля моряки обстреляли неприятельскую переправу в районе Паричи. Припятский отряд способствовал обороне сухопутных войск на стыке фронтов артиллерийской поддержки, прикрытием переправ и набегами на приречные опорные пункты противника. С 20 августа они были подчинены Юго-Западному фронту и прикрывали отход войск его правого крыла.
Днепровский отряд 11 июля – 19 августа содействовал войскам Юго-Западного фронта в прикрытии переправ южнее Киева. Германские войска, остановленные в направлении Киева, направили свои усилия южнее города. С 1 августа корабли отряда, ранее отбивавшие только атаки авиации, вступили в бои с наступающим противником. К исходу 15 августа советские войска отошли на левый берег Днепра южнее Киева; флотилия помогла сорвать попытку гитлеровцев с ходу форсировать реку. Однако вышедшие к реке немецкие войска отрезали Днепровский отряд от Киева. 16 августа командование флотилии и Юго-Западного фронта решило отвести основные силы флотилии севернее Киева, на Припяти и Днепре, для прикрытия переправы отходивших войск севернее города. План прорыва был разработан оперативной группой штаба Пинской флотилии и согласован с сухопутными войсками. 17–19 августа моряки отряда без потерь от Канева прорвались мимо берегов, занятых противником. Командующий поздравил моряков с успехом [1035] .
В августе-сентябре 1941 года флотилия под командованием Рогачева участвовала в обороне Киева. С 20 августа по 12 сентября Пинская флотилия содействовала войскам Юго-Западного фронта, действовавшим в междуречье Припяти, Днепра и Десны. Штаб фронта 20 августа потребовал от флотилии обеспечить переправы через Припять и Днепр севернее Киева. 22 августа штаб флотилии распределил корабли для охранения переправ. Командование флотилии договорилось со штабом фронта, чтобы при отводе главных сил на левый берег для прикрытия переправ оставались боеспособные части. 22–23 августа большая часть переправ работала благополучно, и приходилось отбивать атаки с воздуха. Однако прорыв в районе Окуниново германских войск составил опасность для правого фланга фронта. Так как других сил для ликвидации прорыва не было, командующий фронтом вечером 23 августа приказал любой ценой, вплоть до потери кораблей, уничтожить окуниновскую переправу противника и не допустить переправу через Десну у Остера. Высланные Рогачевым 3 канонерские лодки в ночь на 24 августа заняли позиции и открыли огонь по Печкинскому мосту. Канлодка «Верный» разрушила мост, но была потоплена авиацией. Ее действия помогли провести переправу войск правого фланга фронта. Освободившиеся корабли по приказу Рогачева с разрешения командования фронта перевели под Киев, причем три корабля погибли. 26 августа они соединились с Днепровским отрядом. В ночь на 31 августа корабли с потерями пробились в Киев. Флотилия выполнила задачу. 2 сентября Военный совет Юго-Западного фронта писал командующему Пинской военной флотилией: «Задачи Вами выполнены в ходе традиций советских моряков» [1036] .
С 24 августа позицию под Остером на Десне по приказу командующего фронтом М.П. Кирпоноса занимал отряд моряков флотилии, который более суток задержал движение противника, пока не подошли свои войска. Флотилия со 2 по 12 сентября поддерживала обороняющихся и прикрывала отход сухопутных войск за Десну. Другие оставшиеся в строю корабли с 7 августа по 19 сентября содействовали обороне флангов Киевского укрепленного района, а с 17 по 19 сентября прикрывали отход войск из Киевского укрепленного района [1037] .
С отходом частей Красной Армии из города личный состав флотилии взорвал корабли и воевал в составе сухопутных частей окруженной группировки. Рогачев был тяжело ранен и направлен в госпиталь. В ночь на 19 сентября его на самолете вывезли в Полтаву [1038] .
После выздоровления Рогачева направили на Волгу. С ноября 1941 по январь 1942 года контр-адмирал командовал 5-й бригадой речных кораблей, которую еще предстояло создать. 1 января 1942 года его назначили командующим Волжской военной флотилией [1039] .
Флагману пришлось пройти с флотилией самые тяжелые дни борьбы за Волгу и Сталинград.
Волжская военная флотилия существовала с октября 1941 по июнь 1944 года. Командовали ею С.Г. Сапожников (28 октября – 6 ноября 1941), С.М. Воробьев (6 ноября 1941 – 16 февраля 1942 года). Рогачев был командующим с 16 февраля 1942 по 14 мая 1943 года [1040] .
К началу боевых действий летом 1942 года в состав Волжской военной флотилии входили канонерские лодки, бронекатера, плавучие батареи, катера-тральщики, тралбаржи и полуглиссеры; кроме того, при мобилизации флотилию пополнили невооруженные катера-тральщики и катера ПВО. Канонерские лодки и бронекатера составляли 1-ю и 2-ю бригады речных кораблей, а тральщики и несколько бронекатеров – отдельную бригаду траления. Отдельно действовал Северный отряд бронекатеров и тральщиков. Флотилию дополняли 68-я отдельная железнодорожная батарея и 2 батальона морской пехоты [1041] .
Летом 1942 года германские войска развернули наступление в сторону Сталинграда и к середине июля вышли на реку Чир. Германская авиация усилила постановку мин на Волге и удары с воздуха по пунктам базирования кораблей и по караванам судов на реке, чтобы прервать важную коммуникацию. С конца июля 1942 года флотилия проводила траление мин, поставленных неприятельской авиацией на Волге от Астрахани до Саратова. Корабли флотилии конвоировали караваны и отдельные суда. Только с 22 июля по 1 ноября корабли флотилии отконвоировали без потерь 113 транспортов, отбили 152 воздушные атаки и сбили 3 самолета. Пришлось выделить часть моряков, чтобы управлять вооружением, установленным на гражданские суда. Военные команды судов за 1942 год сбили 21 самолет [1042] .
Так как боеприпасов для морских орудий было немного, цели для обстрела согласовывали с командующим флотилией. Рогачев издал специальный приказ, который обобщал опыт действий артиллеристов флотилии и пропагандировал совершенствование их мастерства в стрельбе по невидимым целям с помощью корректировочных постов. Командующий требовал не бояться применения сложных видов стрельбы, проводить разбор стрельб, повышать выучку командиров и боевых расчетов, установить связь с армейскими артиллеристами [1043] .
