В качестве командира Преображенского полка Ромодановский активно участвует во всех «потешных» походах Петра, руководит строительством на Переяславском озере первого русского военного корабля и назначается царем адмиралом. Заведуя как глава Преображенского приказа материальным обеспечением маневров, вносит немалый вклад в военно-техническое снаряжение первой настоящей боевой операции Петра I. На все время отсутствия царя в Москве в период Азовских походов 1695–1696 гг. власть в стране и столице фактически передается в руки князя-кесаря. Подобная ситуация повторяется во время пребывания Петра за границей в составе Великого посольства. В конце 1696 г. царь превращает возглавляемый Ромодановским Преображенский приказ в единственный орган политического сыска, наделив его исключительным правом следствия и суда по государственным преступлениям. Текст соответствующего документа не сохранился, но его суть восстанавливается по именному царскому указу от 25 сентября 1702 г., подтверждавшему исключительные права князя-кесаря в этой сфере: «Буде впредь на Москве и в Московский судный приказ учнут приходить каких чинов нибудь люди или из городов воеводы и приказные люди, а из монастырей власти присылать, а помещики и вотчинники приводить людей своих и крестьян; а те люди и крестьяне учнут за собой сказывать Государево слово и дело, – и тех людей в Московском судном приказе не расспрашивая, присылать в Преображенский приказ к стольнику ко князю Федору Юрьевичу Ромодановскому». Одновременно царь освобождает Преображенский приказ от рассмотрения обычных уголовных дел. Историк XIX в. Д.Н. Бантыш-Каменский писал: «Князь Федор Юрьевич Ромодановский был человек нрава жестокого, не знал, как милуют. Вид его, взор, голос вселял в других ужас. Воров Ромодановский вешал за ребра». Бьющая через край жестокость сподвижника подчас возмущала даже Петра, отнюдь не склонного к излишней гуманности.
Уезжая инкогнито в составе Великого посольства в 1697–1698 гг. и надолго оставляя страну, Петр I не колеблясь вверяет охрану престола на время своего отсутствия князю-кесарю. Формально для этого была образована комиссия из боярина Л.К. Нарышкина, князей П.И. Прозоровского, Б.А. Голицына, Т.Н. Стрешнева и ближнего стольника Ф.Ю. Ромодановского, который назначался главой совета и наместником Москвы. Находясь за границей, Петр получает известие о разразившемся в июне 1698 г. Стрелецком мятеже и ответных действиях властей. Почувствовав смертельную угрозу своей власти, в которой он по старой привычке подозревал царевну Софью и «семя Милославских», Петр, оставив инструкции для Великого посольства, с немногочисленной свитой в пяти колясках мчится из Вены в Россию. В Кракове он получает письмо из Москвы, где говорится, что бунтовщики разбиты, мятеж подавлен, зачинщики восстания казнены, остальные взяты под стражу.
Следует сказать, что в обстановке реального, а не вымышленного бунта фактический правитель страны на время отсутствия царя, Ромодановский, оказался не на высоте положения. Вершивший следствие и расправу боярин А.С. Шеин, по мнению царя, провел дело излишне мягко – из более чем 2 тысяч мятежных стрельцов казнено было всего 130, остальные сосланы в отдаленные места. В сентябре 1698 г. под личным руководством Петра начался страшный стрелецкий розыск. Для допросов и пыток такого большого числа обвиняемых было образовано 10 возглавлявшихся боярами следственных комиссий, подчиненных главе Преображенского приказа. Старавшийся загладить вину Ромодановский свирепостью розыска превзошел всех и под пытками быстро вырвал у стрельцов сведения об их замыслах и связях с заточенной Софьей. Цели своей он достиг – Петр вернул свое доверие главному палачу страны. В 1705–1706 гг. глава Преображенского приказа провел крупномасштабный розыск о «ворах» в Астрахани и на Дону, также сопровождавшийся жестокими пытками, в 1706 г. – дело об украинском изменнике Мазепе. Во время последнего князь-кесарь опять оказался не на высоте положения. Произошло следующее. В сентябре 1707 г. в Преображенский приказ явился иеромонах Никанор, посланный генеральным судьей Левобережной Украины В.Л. Кочубеем предупредить царя о замыслах украинского гетмана Мазепы изменить Москве и переметнуться на сторону шведского короля Карла XII. Однако князь-кесарь, посчитав это известие надуманным, не придал ему значения. Тем не менее понимавший реальную опасность заговора Мазепы монах Никанор еще раз явился к Ромодановскому. Назойливого посетителя вновь допросили, заковали в цепи и отправили в ссылку, а верного России Кочубея выдали Мазепе. В июле 1708 г. гетман отрубил генеральному судье голову, а в октябре перешел на сторону шведского короля, вторгшегося в пределы русского государства.
Помимо заведования политическим сыском Ромодановский исполнял целый ряд других обязанностей. Поскольку исход Северной войны во многом определялся количеством и качеством артиллерии, Петр поручил ему снабжение этого рода войск, рассчитывая на свойственные ему крутые меры. Как главный начальник старой столицы, князь-кесарь заботился и о ее благоустройстве: в 1703 г. ведал Аптекарским и Сибирским приказами. Но постепенно из-за преклонного возраста и с выдвижением плеяды более молодых и энергичных сподвижников Петра отходит на второй план, оставив в своих руках лишь одно детище – Преображенский приказ, которым руководил до самой своей смерти. Данный факт красноречиво свидетельствует об искренней и нелицемерной приверженности князя-кесаря к делу политического сыска.
Тайная канцелярия была образована в феврале 1718 г. в Москве как временный следственный орган по делу царевича Алексея, однако после переезда в Петербург, где она разместилась в Петропавловской крепости, 20 марта этого же года была преобразована в постоянное ведомство. Поскольку следствие по делу царского сына было поручено П.А. Толстому, выманившему царевича из-за границы, костяк сотрудников нового учреждения составил небольшой штат помощников этого дипломата. Однако круг подозреваемых по делу царевича оказался достаточно широк, поэтому Петр укрепил руководство Тайной канцелярии своими доверенными лицами. Помимо Г.Г. Скорнякова-Писарева, ведшего следствие по делу матери Алексея, в него вошли гвардии майор А.И. Ушаков, приданный в помощь Толстому, и находившийся в Петербурге генерал И.И. Бутурлин, принявший в марте 1718 г. присланные из Москвы все бумаги по делу царевича. Эти четверо и составили руководство нового органа государственной безопасности.
В 1718–1720 гг. руководители Тайной канцелярии назывались «министрами», в начале 1720-х гг. – «судьями», иногда их именовали «инквизиторами». Формально все четверо «министров» были равны, однако главным среди них, безусловно, являлся П.А. Толстой. Помогавший им штат был весьма немногочислен: секретарь, 6 канцелярских служащих и необходимое количество заплечных дел мастеров. Тайная канцелярия стала первым в отечественной истории узкоспециализированным органом, целиком сосредоточившимся на вопросах политического сыска и ни на какие другие посторонние дела не отвлекавшимся.
