В период болезни, в феврале 1727 года, Ньютон написал своё последнее письмо, адресованное преподобному Томасу Мазону, настоятелю церкви в Колстерворте. Ранее Ньютон пожертвовал церкви двенадцать фунтов на постройку хоров, а также 3 фунта на ремонт провалившегося пола. Оставшиеся деньги он предложил теперь употребить в пользу молодых людей прихода, обучающихся пению. За месяц до смерти Ньютон получил из Вулсторпа образцы руды — предположительно железной, сделал её анализ. В последнем письме к Мазону он с сожалением сообщает, что руда не содержит железа. Шахту строить бесполезно.
За несколько дней до смерти его посетил настоятель прихода святого Мартина-в-полях Захарий Пирс, явно с целью получить разрешение на причащение. Пирс застал Ньютона за работой — тот писал «Хронологию древних царств» без помощи очков в самом дальнем от окна и, стало быть, самом тёмном углу кабинета. Кипа книг на столе (сверху — открытая, сильно потёртая, с коробящимися и засаленными страницами, с дырявыми уголками кожаного переплёта Библия) ещё более затеняла свет, падающий на бумагу. Увидев это, преподобный Пирс сказал:
— Сэр, мне кажется, вы выбрали для письма не самое подходящее место. Там темновато.
Ответ Ньютона свидетельствовал то ли о его смирении, то ли о гордыне:
— И небольшой свет хорош для меня.
Затем на соответствующий вопрос Пирса Ньютон ответил, что готовит к печати свою «Хронологию» и что большая часть её уже написана. Он прочёл Пирсу, тщательно отобрав, две или три странички из середины. Затем коснулись некоторых иных тем. После этого принесли ужин. Ньютон не дал Пирсу возможности даже завести разговор о причастии.
Последнее, что Ньютон хотел довести до конца и что проводил с львиной неукротимостью, невзирая на всё ухудшающееся здоровье, слабеющую силу и тускнеющую память, была его отчаянная попытка противодействовать неправильному пониманию его религиозных взглядов, отражённому в выпущенном поистине по-пиратски — без его разрешения — французском издании «Хронологии». Он стал переписывать её и уже подготовил для печати. Работа была готова в начале 1727 года. Рукопись была отправлена Кондуитту для опубликования.
Крепкий организм Ньютона ещё раз выручил его, и лишь только — а это случилось во вторник 28 февраля 1727 года — Ньютон оправился от приступа подагры, он вновь поспешил в Город.
В поездке его сопровождал Джон Кондуитт. Ньютон без устали наносил визиты и принимал у себя. Он отправился даже председательствовать на заседание Королевского общества, оказавшееся для него последним. Оно состоялось 2 марта 1727 года и было весьма знаменательным. В общество пришло письмо из далёкого Санкт-Петербурга. Вновь образованная Санкт-Петербургская академия приветствовала Ньютона и членов Королевского общества. В письме приводилась краткая история основания академии и выражалась надежда, что между Королевским обществом и Санкт-Петербургской Академией наук установятся регулярные сношения. Далёкие санктпетербуржцы писали о том, что они хотели бы представлять свои доклады Королевскому обществу как «первому обществу такого рода, которое даёт рост всем остальным», и хотели бы получать в нём апробацию своих трудов. Королевское общество с энтузиазмом решило вступить в контакт с новым далёким собратом.
Заседание сильно истощило силы Ньютона. На ночь он решил остаться в Лондоне. На следующий день Кондуитт неожиданно нашёл его свежим и отдохнувшим.
— Вы прекрасно выглядите, — сказал ему Кондуитт, — я вас таким не видел уже много лет.
Ньютон ответил с улыбкой:
— Я это ощущаю и сам, впервые за много лет я проспал всю ночь с одиннадцати до восьми не просыпаясь!
К вечеру, однако, у Ньютона вновь появился неудержимый кашель, и он решил вернуться в Кенсингтон. Его стали преследовать боли, которые временами становились столь нестерпимыми, что кровать под ним и даже стены комнаты сотрясались от его мук. Но даже сейчас, в смертных муках, Ньютон отказался причаститься. Возможно, он откладывал это, как и написание завещания, на более поздний срок. Но скорее всего он не хотел изменять своей гонимой тайной вере.
Джон Кондуитт препроводил к нему доктора Мида и мистера Чезлдена, которые немедленно сообщили, что в мочевом пузыре остался ещё один камень, надежд на выздоровление нет, но состояние больного скорее всего улучшится.
Видимо, большое напряжение недели не прошло даром. Путешествие оказало самое пагубное влияние на состояние его здоровья. Время от времени Ньютон содрогался от страшных приступов боли, пот струился по его напряжённому лицу. Он не жаловался, не стонал и не плакал. Когда боль его отпускала, он даже улыбался и приветливо со всеми разговаривал. Иногда же просил оставить его одного, и в это время сжигал в камине свои бумаги. Те, которые могли бы бросить на него и его семью нежелательную тень после его смерти.
Выбор сожжённого представляется довольно странным. В огне скорчились письма всех родных. Но нетронутыми остались письма Флемстида, алхимические и теологические рукописи, за которые, как представляется, должен был бы опасаться больше всего. Всё, что осталось от личной переписки Ньютона, — это несколько строк от его матери, по нескольку строчек от его сводной сестры и брата и небольшая записочка от Кетрин.
Мануэль, как последовательный фрейдист, считает, что Ньютон скорее всего сжёг переписку со своей матерью. Это крайне маловероятно, принимая во внимание и нежные чувства Ньютона к матери, и её неграмотность. Это могли быть некоторые «особые» рукописи алхимического характера, и, как верно подметил Кондуитт, это могли быть протоколы допросов фальшивомонетчиков, мести которых он мог опасаться. А может быть, это был первый черновик «Начал», которого исследователи так и не смогли отыскать…
В среду 15 марта ему, казалось, стало немного лучше. Родственники и врачи решили, что появилась некоторая надежда на выздоровление. В субботу, 18-го числа, с утра он читал «Дейли Курант» и имел продолжительную беседу с доктором Мидом, будучи в полном сознании и всеоружии чувств. Но все видели, что он был иным. Он был торжественным и притихшим, почтительно скромным в преддверии встречи с ещё одной великой тайной Вселенной…
…Он стал забываться. Грезя, он мог проспать теперь целый день подряд. Ему виделось сбывшееся и несбывшееся. Он вновь переживал редкие моменты подлинного счастья, которое он узнал в своей жизни. Фонарики на змеях, реющих в линкольнширских небесах; бессонная ночь в Кембридже, когда его рано утром с пером в руке увидел Джон Викинс; полдень в Вулсторпском саду, когда рядом с ним шлёпнулось его яблоко; тайная лаборатория в Тринити; волнение при представлении Обществу его «Начал». Он вспоминал о моменте триумфа, когда королева Анна посвятила его в рыцари перед всем университетским народом. Моменты торжества в Королевском обществе… Последний раз он забылся за два дня до смерти. Он забылся и в своём воображении вновь вернулся к временам детства, грезил о несбывшемся. Он никогда не был вдалеке от родных мест, никогда не видел океана… И вдруг он ощутил себя не седым и больным стариком, а маленьким мальчиком, весело бегущим по песчаным косам громадного океана истины, расстилающегося перед ним. Время от времени он подбирал с песка то цветной камушек, то необычную раковину. Он бежал и бежал вперёд, к заходящему солнцу, к свету, стараясь успеть показать свои красивые находки людям…