Половину 1531 года ученый проводит в Санкт-Галлене, где спасает от тяжелого недуга местного бургомистра. За это время ему удается написать два трактата – «Парамирум» и «О невидимых болезнях».
Неизвестно, когда именно Теофраст взял себе звучный псевдоним Парацельс (в переводе – «равный Цельсу», основоположнику медицинской науки), однако это имя предельно точно выражает вызов, брошенный Теофрастом официальной медицине, которая на тот момент являлась косной наукой, практически не изменившейся со времен Галена и Авиценны, не терпящей никаких новаций и крепко связанной религиозными догмами.
К 32 годам умудренный знаниями и опытом Парацельс возвращается в Германию. Его неуживчивый характер мешает ему обзавестись постоянным пристанищем: в Зальцбурге он в пух и прах ссорится с уважаемым проповедником, затем возмущенный неблагодарностью спасенного им от смерти маркграфа Филиппа I со скандалом покидает Баден-Баден. Наконец, в 1526 году Парацельс оседает в Страсбурге, где успешно занимается врачебной практикой. В следующем году Парацельса по рекомендации известного книгоиздателя Иоганна Фробена, кстати, пациента доктора, приглашают на должность городского врача Базеля. При содействии еще одного его пациента, «князя гуманистов» Эразма Роттердамского, Парацельса назначают профессором физики, медицины и хирургии в Базельском университете. Лекции Парацельса собирают аншлаги и становятся кошмаром для некоторых его ученых коллег, считавших верхом неприличия, что этот бог весть откуда взявшийся выскочка вознамерился делиться знаниями с аудиторией не на традиционной латыни, а на обычном немецком языке!
Лекции Парацельса, настолько непохожие на принятые повсеместно бесконечные цитирования античных врачей, собирают аншлаги и становятся кошмаром для некоторых его ученых коллег
Но это, по их мнению, полбеды: Парацельс проповедует крамольные мысли о том, что «истинного врача делают не книги и не душные лектории, а лишь практический опыт». Оказывается, опыт травников и повитух он ставит выше заветов отцов медицины! В ночь св. Иоанна Парацельс в подтверждение своих слов кидает в праздничный костер медицинские учебники, заявляя, что его башмаки понимают в лечении больше, чем «древние мокротники» Гиппократ, Гален и Авиценна. К коллегам, приверженным античной медицине, Парацельс также относится без пиетета и в спорах, заводясь, часто именует их «лупоглазыми баранами». Завистники распускают слухи о том, что Парацельс – это никакой не врач, а самозванец и чернокнижник и его поразительные успехи в лечении болезней связаны с магией, что в рукояти старого родового меча, который он носит с собой, спрятаны философский камень и волшебный порошок из сушеной жабы. Злобный шепот за спиной мало заботит Парацельса, и, как городской врач, он решает взять под надзор аптечное дело.
В 1534 году Парацельс помог остановить вспышку средневековой чумы, применив меры, которые сейчас называются вакцинацией.
В то время не существовало общепринятых стандартов при изготовлении лекарств. Четкое понятие дозировки отсутствовало, а составные части препаратов отмерялись чуть ли не на глаз. Парацельс намерился инспектировать аптекарей и проверять продаваемые ими снадобья. Более того, он был полон решимости разорвать порочную схему обогащения, дабы «ни один аптекарь с докторами общения не имел, даров от них не получал и в дележ с ними не вступал». Такие реформы одиозного городского врача сулили колоссальные убытки аптекарскому сословию. Слава Парацельса, однако, среди пациентов и студенчества так велика, что не позволяет его врагам слишком легко расправиться с неудобным ученым. В попытке одолеть нечестивца они находят предателя в среде его учеников.
Он был полон решимости разорвать порочную схему обогащения, дабы «ни один аптекарь с докторами общения не имел, даров от них не получал и в дележ с ними не вступал»
Многие набивались к Парацельсу в обучение, движимые надеждой получить секрет создания философского камня. Большая часть из них через какое-то время теряла интерес к учению и разочарованная возвращалась к своим привычным занятиям. Иоганн Опорин, в будущем известный издатель и книготорговец, считался ближайшим последователем Парацельса и в течение трех лет был его ассистентом и секретарем. Так случилось, что один из самых ярых недоброжелателей Парацельса каноник Корнелиус сильно занемог и вынужден был обратиться к своему противнику, суля за излечение огромную сумму. Парацельсом никогда не владела жажда обогащения, но, когда выздоровевший каноник отсчитал ему жалкие шесть гульденов, врач впал в негодование и подал на пациента в суд, который в иске, впрочем, отказал. Тогда разъяренный Парацельс пишет в магистрат письмо, в котором последними словами поносит городскую власть. Немного остыв, он решает переписать послание в более спокойном тоне, но прежнее письмо находит Иоганн Опорин и, сопроводив его обвинениями учителя в ереси, тайно передает в магистрат. В результате, спасаясь от преследования оскорбленных властей, в июле 1528 года Парацельс спешно покидает Базель, взяв с собой только самое необходимое.
В конце 1528 года Парацельс добирается до города Кольмар. Но дольше полугода задержаться в нем в силу своей неуживчивости ученому не удается. Тогда он уезжает к родственникам в Эслинген. Слава мага, владеющего алхимическими секретами, возбуждает нездоровый интерес горожан, но, когда становится ясно, что целью экспериментатора является отнюдь не получение золота или эликсира бессмертия, его фактически выставляют из дома. В 1530 году Парацельс прибывает в Нюрнберг. Страшащиеся конкуренции местные медики тут же распускают о нем слухи как о мошеннике и проходимце. Тогда он во всеуслышание просит дать ему возможность без какого-либо вознаграждения излечить самых безнадежных больных в городе – и блестяще справляется с задачей. Цензорная коллегия выдает Парацельсу разрешение на печатание четырех трудов. Но, к несчастью, ученый вновь переходит дорогу влиятельным шарлатанам. В одной из публикуемых работ он в свойственной ему грубоватой манере развенчивает модный метод лечения сифилиса с помощью гваякового дерева. Узнав об этом, поставщики этого экзотического и дорогого растения заставляют власти приостановить печатание книг Парацельса. К протестам и жалобам автора цензоры остались глухи, чем вынудили его снова собираться в дорогу.
В 1536 году заканчивается действие запрета на публикации его трудов, в Аугсбурге выходит его «Большая хирургия».
