Опричнина существенно ограничила компетенцию думы, прежде всего в сфере внутреннего управления. В годы реформ дума постоянно выделяла боярскую комиссию, ведавшую столицей и всем государством в отсутствие царя. При Адашеве руководство этой комиссией осуществляла титулованная знать. После введения опричнины царь изгнал княжат из московской боярской комиссии и заменил их нетитулованными боярами. Под конец опричнины бояре вовсе были удалены из московской комиссии.
Отныне столицу «ведали» одни приказные люди. С упразднением семибоярщины была ликвидирована одна из самых важных привилегий Боярской думы. По традиции члены думы непосредственно возглавляли важнейшие приказы. Глава Конюшенного приказа — конюший — считался старшим боярином думы. После казни Челяднина-Федорова должность конюшего была фактически упразднена, а управление приказом перешло к ясельничим из дворян. В годы опричнины царь почти никогда не созывал думу в полном составе и перестал регулярно пополнять ее новыми членами. Боярская дума лишилась почти всех своих авторитетнейших вождей. Ее численный состав резко сократился, влияние ослабло.
Полагают, что в конце опричнины на Руси сложился новый тип служилой знати, и «в этих условиях уже не было необходимости в целенаправленном подавлении знати». Так ли это? Аристократия была ослаблена опричным террором, но все равно осталась аристократией. Знать сохранила в своих руках крупные земельные богатства и отнюдь не отказалась от своих претензий на власть. Парадокс состоял в том, что самодержец жаждал неограниченной власти, но не мог управлять царством без непосредственного участия могущественной знати. Поместная система давала большие выгоды аристократам, чем рядовым детям боярским, и они должны были примириться с принципом обязательной службы с земли. Но сам по себе этот принцип не мог уничтожить аристократию.
Задолго до опричнины Иван Пересветов настоятельно советовал царю создать охрану наподобие янычарского войска и обрушить грозу на голову непокорных вельмож. Многое из того, о чем писал Пересветов, сбылось через полтора десятилетия. Пророчества публициста столь удивительны, что некоторые исследователи склонны были отнести его сочинения к послеопричному периоду и увидели в них литературное выражение опричной трагедии. В действительности Пересветову удалось предвосхитить будущее. Непосредственного влияния на опричную политику его проекты, по-видимому, не оказали. Дворянский радикализм и рационалистические элементы воззрений Пересветова были чужды царю Ивану и его ближайшему окружению. Опричная политика, хотя и имела точки соприкосновения с идеологией дворянских публицистов, на практике оказалась весьма далекой от идеальных замыслов. Террор опричнины обернулся не только против «вельмож», «ленивых и богатых», но и против «простых воинников». Пожелания Пересветова относительно «царской щедрости до воинников» и идеи дворянского равенства получили уродливое воплощение в опричных привилегиях. Мечты дворянства о сильном монархе, правящем «с грозою», стоящем за «великую правду», воплотились в кровавом деспотизме и злоупотреблениях опричнины. В борьбе с непокорной боярской знатью монархия неизбежно должна была опираться на дворянство. Но этой цели она достигла не корпоративной организацией мелкого и среднего дворянства в целом, а путем организации привилегированной опричной гвардии, укомплектованной служилыми людьми нескольких «избранных» уездов и противостоящей всей остальной массе земского дворянства.
Опричнина обнаружила тот факт, что в XVI в. среднее и мелкое дворянство еще не обладало ни моральными и политическими потенциями, ни достаточным образованием и влиянием, чтобы оттеснить боярскую аристократию от кормила управления и занять ее место. Свое выступление на исторической арене «худородные» дворяне-преторианцы ознаменовали лишь кровавыми бесчинствами, бессовестным грабежом и всякого рода злоупотреблениями.
В опричнине окончательно сложился институт думных дворян. В связи с развитием приказной системы внутри Боярской думы образовалась курия думных дьяков. После опричнины политический вес приказной служилой бюрократии, несомненно, возрос. Высшие ее представители, занявшие место в думе, стали играть наряду с думным дворянством роль своеобразного противовеса боярской знати внутри думы. С появлением двух новых курий дума из чисто аристократического по своему составу учреждения постепенно стала превращаться в более представительный орган. Но развитию сословно-представительного начала в наибольшей мере способствовали земские соборы. Непременной частью любого собора XVI в. были Боярская дума и Священный собор, то есть князья церкви. Лишь в некоторых исключительных случаях власти приглашали для участия в работе собора представителей дворянства. Самым представительным собором середины XVI в. явился Земский собор 1566 г., созыв которого был связан с короткой полосой компромисса в истории опричнины.
Опричное правительство неизменно покровительствовало крупному купеческому капиталу. Царь Иван заявил однажды английскому купцу Дженкинсону: «Мы знаем, что нужно выслушивать речи о купеческих делах, так как они опора нашей государственной казны…» Царь пожаловал из опричнины громадные земельные владения купцам Строгановым и предоставил обширные привилегии английской купеческой компании. Он заботился о внешней торговле и старательно поддерживал «нарвское мореплавание». Именно в опричнине появились первые в русской истории концессии, предоставленные иностранному промышленному капиталу. Монархия поддерживала купеческий капитал в той мере, в какой это ей было выгодно. Случалось, что опричные власти подвергали купцов прямому грабежу.
Опричные погромы деморализовали жизнь общества, но не могли изменить основных тенденций общественного развития, отчетливо обнаружившихся в период реформ. Развитие приказной системы управления вело к усилению централизации. Возросло значение служилой дворянской бюрократии. Возникли более представительные соборы, органы будущей сословно-представительной монархии. Проведенные в начале опричнины земельные конфискации привели к известному ослаблению боярской аристократии и укреплению самодержавия. Террор оставил глубокий след в жизни русского общества. Кровавые призраки опричнины еще долгое время тяготели над умами вождей господствовавшего сословия. Но опричнина не изменила общей политической структуры монархии, не уничтожила значения думы как высшего органа государства, не поколебала местнических порядков, ограждавших привилегии знати.
