Совершенно очевидно, что серьезное влияние на формирование интересов Морозова оказало тесное общение с экономистами – профессорами Московского университета А. И. Чупровым и Н. А. Карышевым, как и Сергей Тимофеевич, в 1888 году они были избраны в состав Комиссии Московского губернского земства по разработке плана систематической деятельности по содействию кустарным промыслам. Будучи членом этой Комиссии, Морозов предпочел праздным разговорам о судьбах кустарной промышленности реальное дело – создание Кустарного музея.
Подобные музеи стали в России конца XIX века своеобразным вариантом европейского художественно-промышленного музея. Объектами внимания этих музеев были крестьянские промыслы, по отношению к которым музеи не просто выполняли собирательские функции, но прежде всего были призваны играть активную роль в развитии и совершенствовании кустарного производства. Повсеместное возникновение кустарных музеев в России явилось следствием реформ 1860 – 1870-х годов, направленных на подъем уровня жизни крестьян, в том числе и с помощью кустарных промыслов. Первоначально идея создания такого музея в России возникла в Санкт-Петербурге в 1870-х годах, но Москва опередила столицу. Московское губернское земство в 1885 году открыло Торгово-промышленный музей кустарных изделий. Его организация завершила определенный этап в исследовании промыслов Московской губернии, предпринятый еще в связи с подготовкой к Всероссийской художественно-промышленной выставке 1882 года в Москве. На этой выставке российские кустари впервые выступили как самостоятельные предприниматели, а их изделия широко представили традиционную художественную культуру.
Коллекции кустарных изделий по окончании выставки были переданы для создания земского музея, основными целями которого были: ознакомление широкой публики с кустарными промыслами, содействие сбыту, улучшение техники промыслов и совершенствование образцов изделий. Первоначально музей расположился в доме Лепешкиной на Знаменке. Почти одновременно с открытием при этом музее был создан склад, который принимал продукцию кустарей с целью комиссионной продажи.
Однако через несколько лет, в 1888 году, земство, рассматривая вопрос о деятельности музея, пришло к выводу, что его работа в основном свелась к торговле, в то время как другие задачи оказались в забвении. Вот тогда-то и было решено создать вышеупомянутую кустарную Комиссию при земской управе, в которую вошел С. Т. Морозов. Он сразу постарался вникнуть в проблемы музея, разработал основы реформирования его деятельности. Согласно проекту Сергея Тимофеевича изменялась сама суть музейного учреждения – оно становилось учебным. Предполагалось осуществлять обучение кустарей через систему мастерских – филиалов музея, которые вначале планировались передвижными, но в итоге стали создаваться как стационарные земские учебные пункты в местах наиболее развитых промыслов. Морозов предложил ряд мер по развитию технической помощи кустарям и расширению сбыта на основе приема заказов (в том числе и из других губерний), доказал необходимость кредитования кустарей и снабжения их через музей сырьем и материалами.
Земство согласилось с новым направлением в работе музея, и в 1890 году С. Т. Морозов вступил в должность заведующего Кустарным музеем. В том же году он переводит музей в более удобное место на Большой Никитской (ныне здание Кинотеатра повторного фильма), а в 1903 году строит на свои средства по проекту архитектора С. У. Соловьева новое здание в Леонтьевском переулке. В 1911 году к трехэтажному зданию пристраивается еще зал для размещения магазина. В должности заведующего Кустарным музеем Морозов остается до 1897 года. Затем он был избран почетным попечителем музея и продолжал руководить им и совершенствовать его деятельность.
Московский Кустарный музей – учреждение чрезвычайно интересное. В нем отразились такие разные тенденции рубежа XIX – XX веков, что просто невозможно разграничить позитивные и негативные результаты его деятельности. Здесь европейская структура художественно-промышленного музея соединилась с благотворительностью, предпринимательство – с искренней любовью к стране и русской истории, художественные проекты «русского стиля» – с новациями модерна.
В 1880 – 1890 годах формируется новое отношение к народному искусству, нашедшее свое выражение в творческих взглядах и деятельности художников, принадлежавших к Абрамцевскому художественному кружку, а также группировавшихся вокруг Московского училища живописи, ваяния и зодчества. С. Т. Морозов был близок к этим художникам и многих из них привлек к работе в Кустарном музее – это были такие мастера как В. М. и А. М. Васнецовы, С. С. Глаголь, Н. Я. Давыдова, М. В. Якунчикова, А. Я. Головин, В. Д. Поленов. Для оформления нового здания музея Морозов приглашает выдающегося русского живописца К. А. Коровина, уже не раз оформлявшего кустарные павильоны на художественно-промышленных выставках. Финансовая поддержка Сергея Тимофеевича была чрезвычайно важна и для художника В. И. Соколова, талантливого ученика Поленова, обучавшегося в Московском училище живописи, ваяния и зодчества, а впоследствии, по рекомендации Морозова, работавшего в мастерской Сергиева Посада.
Взгляды Сергея Тимофеевича Морозова на кустарные промыслы и его принципы содействия им формировались на протяжении двадцати пяти лет, претерпевая определенные изменения. Морозов всем сердцем воспринял убежденность художников Абрамцевского кружка в огромном значении народного искусства в современном мире. Самобытные формы и образы народного творчества представлялись художникам того времени идеальным воплощением национальных основ в искусстве. По их представлениям, на изучении и использовании этих форм должна была создаваться новая предметная среда, при этом одновременно подразумевалось возрождение художественных традиций и самого народного искусства. Морозов во многом следует этой программе: именно в связи с нею, а также со старообрядческими традициями собственной семьи возникает его интерес к искусству древней Руси. Но он пошел гораздо дальше в осмыслении заинтересовавшего его явления, сумев охватить его в целом, как насущную проблему русской жизни. От общественного интереса и частных мероприятий в отношении кустарных промыслов Сергей Тимофеевич переходит к системе содействия их развитию. Он пытается выявить закономерности развития промыслов и направить помощь именно в узловые точки, так, чтобы более эффективно действовал сам промысел.
Содействие кустарным промыслам осуществлялось не столько на ограниченные средства земского бюджета, сколько на частные пожертвования, и первым среди жертвователей был сам Сергей Тимофеевич Морозов. В обороте музея числился также капитал, пожертвованный Варварой Алексеевной Морозовой. С первых шагов в музейном деле Сергей Тимофеевич постоянно вкладывал свои деньги туда, где это требовалось для реализации его планов. Так на его личные средства были устроены первые земские учебные мастерские: корзиночная близ станции Голицино в 1891 году и игрушечная в Сергиевом Посаде в 1892 году. Для этих и других мастерских Морозов построил здания и даже за свой счет командировал за границу специалиста для изучения техник лозоплетения. Необходимо отметить, что он был принципиальным противником благотворительности в этом деле – просто у него были большие планы, и он понимал, что система помощи промыслам не реализуется без его личного участия.