Соглашение принимало форму межгосударственного документа и прорабатывалось в Верховном совете; по поручению Кравчука оно было подписано мною, от КГБ СССР — В. Бакатиным. Этот правовой акт оказался первым в практике деятельности КГБ СССР и создаваемых органов безопасности союзных республик, добивающихся независимости. Все происходящее в реформах органов госбезопасности не прибавляло личного энтузиазма, да и действие подписанного соглашения носило кратковременный характер. Дальнейшие события по разрушению Союза и его служб безопасности стремительно нарастали. В условиях самостоятельности СНБУ республиканское ведомство продолжало участвовать в работе союзного центра государственной безопасности. Мы получали оттуда приказы.
11 сентября 1991 года Горбачевым был образован Координационный совет КГБ СССР в составе председателя КГБ СССР Бакатина и руководителей органов безопасности всех союзных республик. В указе Президента подчеркивалось, что перед КГБ СССР в переходный период стоят задачи по кардинальной перестройке структуры органов государственной безопасности, обусловленные проходящими процессами суверенизации республик. Вместе с тем в указе как серьезное нарушение закона (не указано какого) отмечалось то обстоятельство, что руководители органов государственной безопасности союзных республик не были представлены в составе Коллегии КГБ СССР. Горбачев, вероятно, не был осведомлен, кто конкретно при Чебрикове и Крючкове входил в состав Коллегии КГБ СССР, и не знал, что из всех союзных республик такая честь исторически предоставлялась только Украинской ССР. Руководители государственной безопасности УССР входили в состав союзных коллегиальных органов во все годы советской власти, начиная с В. Балицкого, введенного в 1924 году в состав Коллегии Объединенного государственного политического управления (ОГПУ). Мое членство в Коллегии КГБ СССР завершилось с образованием упомянутого Координационного совета.
28 октября в Москве проводилось первое заседание Координационного совета КГБ СССР. Мною были получены соответствующие установки в отношении отстаивания самостоятельной позиции СНБУ при рассмотрении вопросов, вынесенных на обсуждение руководителей спецслужб союзных республик. В состоявшемся обмене мнениями руководители органов безопасности республик подчеркивали, что существование Союза возможно при условии внешней и внутренней безопасности всего сообщества, взаимодействия при осуществлении коллективной и индивидуальной национальной безопасности суверенных республик. Для этого вводился институт постоянных представителей органов безопасности республик в спецслужбах, который продолжает действовать до наших дней.
Прошедшее заседание Координационного совета оказалось единственным. Там я встретился с моими близкими коллегами: Булатом Байекеновым (Казахстан), Виктором Иваненко (Россия), Эдуардом Ширковским (Белоруссия), Анатолием Стройкиным (Таджикистан) и другими, которые продолжали возглавлять органы безопасности союзных республик.
В период исполнения обязанностей председателя СНБУ мне приходилось выезжать в Москву для решения вопросов финансового, материального и технического обеспечения. В командировки в Россию меня одного, без сопровождения, уже не отпускали. Ко мне прикрепили двух народных депутатов, Ю. Костенко и В. Лемеша, которые находились вместе со мной в коридорах Лубянки, присутствовали во время бесед с Бакатиным, другими должностными лицами. Такая форма депутатского контроля над главой спецслужбы может украсить, наверное, только украинский «демократический» парламент. Костенко и Лемеш были интеллигентными, порядочными и не хотели играть роль надзирателей. Я выдерживал такое унизительное надзорное положение, усмирял гордыню, чтобы без скандала, из-за позорного поведения новых украинских вождей, завершить исполнение служебных обязанностей в созданной СНБУ, до назначения преемника не бросить коллектив сотрудников, с которым прошло почти пять лет совместного труда.
До конца ноября оставалась нерешенной проблема: кто дальше будет возглавлять СНБУ, ведь я на сессии Верховного совета согласился на «временное исполнение обязанностей». Самой приемлемой кандидатурой СНБУ рассматривался Дурдинец. Но в последний момент он испугался критических нападок на него депутатов от оппозиции. Выбор остановился на депутате Александре Емце, молодом, умном, подающим надежды в политике, яркие способности которого заметил Ивашко. Емец — юрист по образованию, имел опыт работы в системе МВД. Я с ним был хорошо знаком и поддержал его кандидатуру на должность председателя службы безопасности, особенно после того, как он в беседе со мной дал обещание сохранять кадровый потенциал сотрудников КГБ Украины. Представление Кравчуком в парламенте кандидатуры Емца в качестве председателя СНБУ после депутатского голосования завершилось провалом.
22 октября 1991 года на заседании Государственного совета под председательством Горбачева с участием глав независимых государств рассматривался вопрос о реорганизации КГБ СССР. При отъезде в Москву Кравчук мне сказал, что будет отстаивать приоритет республики в решении задач обеспечения государственной безопасности. Создание СНБУ решено окончательно на высшем законодательном уровне, о чем он заявит на заседании Госсовета. Там же должна была решиться судьба военной контрразведки страны, которую намечалось передать в систему Министерства обороны, и Кравчука интересовало мое мнение по этому поводу. Я изложил свою позицию, что этого нельзя допускать, так как приведет к карманной военной контрразведке, равносильно тому, если бы подразделения МВД по борьбе с хищениями социалистической собственности (это называлось грозной аббревиатурой ОБХСС) передать в ведение министра торговли. Я тогда не знал, что непререкаемым советником в вопросах военной контрразведки являлся Сталин. В 1949 году он наставлял руководство Болгарии: «Считаем нужным дать совет о необходимости передачи военной контрразведки в Министерство внутренних дел, изъяв из Министерства обороны». Особые отделы должны обеспечить чекистскую работу в войсках и не могут успешно работать в отрыве от системы госбезопасности.
В ходе исполнения обязанностей председателя СНБУ я принял для себя решение не издавать приказов о новых назначениях на руководящие должности. Некоторые кадровые перемещения проводились, но были немногочисленными. Аналогичное отношение выработал к поступающим от сотрудников рапортам об увольнении в отставку. Мои резолюции гласили: «Доложить новому руководству СНБУ». Я считал своим служебным и моральным долгом сделать все зависящее от меня для сохранения кадрового потенциала. Но многие достойные офицеры свои увольнения мотивировали распространяемыми слухами о том, что при назначении пенсий сотрудникам советских органов безопасности не будет учитываться стаж работы в партийных, комсомольских и советских структурах.