Тем не менее Иван IV вовсе не считал войну окончательно и бесповоротно проигранной. Поражение армий короля Батория под Псковом и шведских войск под Орешком показало, что силы России в столкновении с соседями далеко не исчерпаны. Разъединение Речи Посполитой и Швеции, неизбежное из-за столкновения интересов в Ливонии, должно было изменить соотношение сил.
Готовясь к возобновлению борьбы, Иван IV стал настойчиво хлопотать о заключении военного союза с Англией. Такой союз, по мысли Грозного, должен был создать основу антипольской коалиции. В разгар наступления Батория на Россию, в 1581 г., на Северную Двину прибыло 13 английских кораблей, груженных свинцом, порохом и медью. Эскадра была направлена на Русь по просьбе царя.
В 1582 г. в Лондон прибыл посол Федор Писемский, предложивший англичанам заключить с Россией военный союз, чтобы «на всякого недруга стояти заодин». Переговоры, начавшиеся в Лондоне, продолжились в 1583–1584 гг. в Москве. Вели переговоры Богдан Бельский из «дворовых» чинов, Никита Романов и дьяк Андрей Щелкалов из «земских». Русские требовали, чтобы в текст союзного договора был включен пункт о совместных военных действиях против Батория («против литовского короля стояти заодин»). Позже было названо также имя Юхана III как другого царского недруга. Англия должна была помочь России отвоевать у Речи Посполитой и Швеции Ливонию.
Английский посол Боус предложил провести переговоры с Баторием, прежде чем начинать войну. Но русская сторона категорически отвергла такой путь: «Толко обсылатца с недругом и недруг в те поры изготовитца». Приведенные слова выдавали истинные намерения царя. Он помышлял о том, чтобы порвать перемирие с Речью Посполитой и нанести врагу внезапный удар.
В обмен на помощь войсками и снаряжением королева Елизавета требовала предоставления английской Московской компании права монопольной торговли с Россией через ее северные порты. Принятие этого требования грозило нанести русской торговле большие убытки, так как влекло за собой запрет заходить в русские порты голландским, французским и прочим судам.
Боярин Никита Романов и Андрей Щелкалов возражали против монополии англичан. Но царь отстранил их от переговоров и послал к Боусу Бельского с известием, что царь согласен со всеми требованиями королевы. «Дворовые» дипломаты подготовили новый проект союзного договора, предусматривавший обязательство Англии совместно с русскими войсками вести войну за Ливонию, чтобы «доставати Лифляндские земли». Проект удовлетворял нетерпение царя, но не соответствовал установкам лондонского двора и не имел шансов на ратификацию в Англии. Смерть Грозного помешала завершению переговоров.
Итогами Ливонской войны была недовольна не только Россия, но и Речь Посполитая. Канцлер Ян Замойский не скрывал своих планов разрыва перемирия с царем и возобновления военных действий на Востоке.
Свои взгляды на соотношение светской и церковной власти Грозный высказал после разрыва с наставником. В приписке к парадной летописи — Царственной книге — он обрушился на Сильвестра за то, что тот узурпировал всю власть в государстве: «Владяше обема властми, и святительским и царским, яко же царь и святитель, точию имени и образа и седалища не имеяше святителскаго и царьского, но поповское имеяше». Более всего Грозного возмущало то, что Сильвестр, имея «поповское седалище», подчинил себе «царствие».
Церковь в Древней Руси была основана византийским патриархом. На протяжении нескольких столетий ее возглавляли византийские иерархи. Характерной чертой византийского общества было подчинение церковной власти государству. Эта традиция просуществовала до времен Грозного и даже усилилась в связи со становлением самодержавия.
Московская военно-служилая система не могла существовать без постоянных завоевательных войн. Русская церковь стремилась придать этим войнам религиозную окраску. Войны против «неверных» агарян — казанских татар — стали своего рода крестовым походом на Восток.
Появление в составе России обширных территорий, населенных иноверцами и управляемых светской администрацией, расширило сферу вмешательства царя в церковные дела.
Грозный видел свою историческую миссию в расширении пределов православного царства и покорении извечных врагов христиан — «бесерменов». В то же время царь искал опору в среде казанской знати. Тех, кто соглашался сотрудничать с Москвой, охотно принимали на царскую службу.
Грозный ценил знатность в подданных и гордился тем, что ему служат высокородные татарские цари, потомки Чингисхана. Он многократно назначал служилых царей на самые высокие посты в своей армии, включая пост главнокомандующего. Но назначения такого рода были чисто номинальными.
Московское правительство стремилось оторвать татарских «царевичей» от их степных кочевий и переселить вместе с их войском и «двором» на Русь. Некоторые из переселенных «царей» и «царевичей» получили возможность сохранить религию предков. Их сажали «на царство» в Касимове, а также на «уделы» в Юрьеве и Романове. Крещеные «царевичи» держали земли в Звенигороде, Суражике и иных местах.
В Касимове и «уделах» татарские владыки имели собственную администрацию, творили суд и расправу, отправляли свои религиозные обряды. Как заявляли русские послы за рубежом, в переданных ханам городах «мусульманские веры люди по своему обычаю и мизгити и кишени держат, и государь их ничем от их веры не нудит и мольбищ их не рушит, всякой иноземец в своей вере живет». Во владениях мусульманских ханов жили не только татары, но и православное русское население. Права мусульманских ханов в отношении этих двух групп населения были неодинаковы. Касимовские ханы выступали как удельные владыки по отношению к татарскому населению и как кормленщики по отношению к русскому населению, отданному под их власть.
Золотая Орда в период своего господства над Русью не чинила притеснений православной церкви. Опыт мирных отношений с мусульманским миром не был отвергнут Россией. Русские власти никогда не предпринимали попыток к полному искоренению ислама в пределах православного царства.
Завоевание ливонских городов поставило царя лицом к лицу с проблемой управления протестантской провинцией. Многие крепости и замки в Ливонии открыли ворота перед царем, получив от него или его бояр обещание «не выводить» местное население в глубь России. Обязательство было грубо нарушено. Под предлогом «измены» бюргеры Дерпта и других замков были переселены во Владимир, Кострому, Нижний Новгород и Углич.
