Гренадерский полк возвращается на постой в Гродно. Барклай-де-Толли жалуется в Георгиевские кавалеры, будучи награжден Военным орденом 4-й степени.
В том же году следует перевод в Эстляндский егерский корпус командиром его 1-го батальона. В 1797 году батальон разворачивается в 4-й егерский полк (с 1801 года – 3-й егерский полк). Барклай-де-Толли сперва был его командиром, а затем назначается шефом, «сколачивает» полк в полноценную боевую единицу и через год получает чин полковника. В 1799 году 41-летний полковой командир за отличиную подготовку своих егерей производится в генерал-майоры.
За девять лет успешного командования егерским полком пехотный генерал приобрел большой опыт и проявил незаурядные способности, которые не остались незамеченными.
…Когда началась Русско-австро-французская война 1805 года, Барклай-де-Толли командовал бригадой в армии генерала Л.Л. Беннигсена и не успел к сражению 20 ноября под Аустерлицем. Следует возвращение в пределы России.
Затем начинается Русско-прусско-французская война 1806–1807 годов. В первой ее кампании генерал-майор М.Б. Барклай-де-Толли командует отдельным передовым отрядом, защищавшим от французов берег Вислы, а затем возглавляет авангард русской действующей армии.
Противники в тех боях на земле Восточной Пруссии были у него знатные. Пришлось выдержать и яростную атаку прославленного победами наполеоновского маршала Жана Ланна. И вместе с подошедшими войсками генерала Сакена в ходе контратаки опрокинуть дивизию генерала Гюдена. И вести упорный двухдневный бой с авангардом корпуса маршала империи Пьера Ожеро на речной переправе через Вкру.
14 декабря командовал первой линией правого фланга русской армии в сражении под Пултуском. В ходе сражения французам так и не удалось выйти в тыл противнику и отрезать русскую армию от переправ через реку Нарев. Во многом это была заслуга егерской пехоты. Д.М. Бантыш-Каменский так описывает эту страницу биографии Барклая-де-Толли, который:
«…На кровопролитном Пултуском сражении находился впереди правого фланга нашего с тремя егерскими полками, Тенгинским мушкетерским и Конно-польским.
Тщетно маршал Ланн силился отрезать сообщение правого фланга с частью корпуса Графа Буксгевдена: Барклай-де-Толли мужественно выдержал стремительное нападение французских колонн, но, по мере усиления их, принужден был податься несколько назад; потом, поддерживаемый батареею, поставленною в кустарниках, ударил в штыки, опрокинул и отбил отнятыя пушки.
Французы возобновили нападение с большим ожесточением: Барклай-де-Толли снова отступил; но, подкрепленный мушкетерскими полками, Черниговским и Литовским, напал на неприятельские колонны с примкнутыми штыками, произвел в оных ужасное кровопролитие и много содействовал к одержанию победы…»
Наградой генерал-майору и шефу 3-го егерского полка за начальственную распорядительность и примерное мужество на поле брани стал второй по счету Военный орден Святого Георгия, но уже 3-й степени.
При отступлении армии от Пултуска Барклай-де-Толли командовал арьергардом в сражениях 21 января 1807 года при Ауштедте, 22 января под Янковым и 24 января при Гоффе (ныне Дворжно, Польша).
В последнем случае его отряд, заняв позицию на правом берегу реки Алле, начал жаркий бой с подошедшими французами. В дело вступили войска корпусов маршалов Даву и Сульта, а к Гоффе прибыл сам император Наполеон. Русский отряд, потеряв свыше половины своего состава, более суток стойко сражался на арьергардной позиции.
Когда по окончании Русско-прусско-французской войны 1806–1807 годов два императора – России и Франции встретятся для переговоров в пограничном городе Тильзите, стоящем на Немане, Наполеон спросит Александра I:
– Кто тот генерал, который целый день сдерживал моих солдат у польской деревушки Гофф?
– Генерал Барклай…
25-го числа арьергард выдержал сильный бой с напирающими на него французами, что позволило Главной армии сосредоточиться за Прейсиш-Эйлау и подготовиться к битве.
В сражении при Прейсиш-Эйлау Барклай-де-Толли был тяжело ранен «пулею в правую руку выше локтя с раздроблением кости». В бессознательном состоянии он был вынесен из боя под вражеским огнем унтер-офицером Изюмского гусарского полка Сергеем Дудниковым, который позднее за этот поступок был награжден Знаком отличия Военного ордена (Георгиевским крестом).
Генералу пришлось покинуть театр военных действий. Был сперва отправлен на лечение в столицу Восточной Пруссии город Кенигсберг, а затем в Мемель, где остановился на частной квартире. Сюда к нему приехала жена с приемной дочерью Каролиной. Лечение длилось долгих пятнадцать месяцев. Врачи извлекли из раны более сорока (!) обломков костей.
Император Александр I, будучи в Мемеле, в конце марта 1806 года посетил тяжело раненного генерала. Можно утверждать, что это свидание положило начало стремительному возвышению Михаила Богдановича по карьерной лестнице военного человека. Государь тогда же поручил излечение раненого придворному врачу – «медицинскому инспектору» Я.В. Виллие.
За отличие в битве при Прейсиш-Эйлау следует пожалование чином генерал-лейтенанта, что «давало виды» на будущее. Русско-прусско-французская война показала полководческие задатки Барклая-де-Толли.
Свое полководческое дарование М.Б. Барклай-де-Толли «утвердил» в сознании своих коллег по оружию и венценосца Александра I в ходе Русско-шведской войны 1808–1809 годов. В апреле 1807 года он назначается командиром 6-й пехотной дивизии, штаб которой находился в Минске. В начавшейся кампании 1808 года дивизия на первых порах оказалась в резерве. В апреле состоялось назначение командующим отдельным передовым корпусом, действовавшим на территории шведской Финляндии.
«Слава ожидала его в Финляндии» – так потом напишут о Барклае-де-Толли. Действительно, именно здесь о нем заговорили как о «состоявшемся» большом военачальнике. Его талант самостоятельного ведения военных операций показали первые бои со шведами у кирхи Йорос.
Неприятель под напором русского корпуса отступает, без боя сдав важный по местоположению город Куопио и Совалакскую область. Барклай-де-Толли закрепиться здесь не успевает. Оставив в городе небольшой гарнизон, он 8 июля с отрядом выступает на соединение с остатками 5-й дивизии генерала Н.Н. Раевского.
Но 11 июля корпусной командир получает тревожное известие: шведы в больших силах напали на гарнизон Куопио. Барклай-де-Толли с большей частью своих сил возвращается в город и 18-го числа разбивает близ него вражеский морской десант.
На этом его участие в кампании 1808 года прекращается. Тяжело заболевший генерал был вынужден уехать в Санкт-Петербург. В столице стал участвовать в заседаниях Военного совета. Выздоровев, М.Б. Барклай-де-Толли вновь отправляется в Финляндию: в феврале 1809 года следует назначение командиром так называемого «Вазского» корпуса, предназначенного к переходу через Ботнический залив на территорию Швеции. Получив назначение, он сразу же выезжает в Або, а оттуда – в Вазу.