Во главе всех российских военных ведомств была Военная коллегия, которая назначала главнокомандующего армией. 8 января 1756 года по инициативе канцлера Бестужева-Рюмина была образована «Конференция при высочайшем дворе», ставшая высшим органом государственного управления. Конференция – высший военный совет, ведала всеми вопросами «политики и войны». Членами Конференции стали Бестужев-Рюмин, Трубецкой, Бутурлин, Воронцов и братья Шуваловы. Первые полгода заседания Конференции проходили под председательством императрицы Елизаветы Петровны.
В 1756 году командующий армией был лишен самостоятельности как при ведении военных операций, Так и при осуществлении административно-хозяйственного управления войсками – все определяла и решала Конференция.
Для войны в Восточной Пруссии была сформирована 60-тысячная армия, состоявшая из 6 корпусов. Первые 3 корпуса возглавлял генерал-поручик Василий Лопухин. Вторым корпусом из 15000 человек командовал князь Василий Михайлович Долгоруков. Войска корпуса были расквартированы в разных местах. Кирасирский его императорского высочества, 3-й кирасирский, Сербский конный и Чугуевский полки стояли в Лифляндии и Курляндии, Киевский кирасирский полк – в Пскове, Казанский полк – в Великих Луках, Новотроицкий полк – в Торопце. Венгерский и Грузинский полки были расквартированы около Наренбypra. Корпус Долгорукова был сосредоточен на границе псковских земель в ноябре 1750 года и передан под командование П.А. Румянцева. Генерал-майор Долгоруков получил бригаду – Новгородский, Псковский и Вятский полки.
В мае 1757 года русские войска фельдмаршала С.Ф. Апраксина вступили в Восточную Пруссию и заняли Мемель, Тильзит, Инстербург и Гумбинен. Балтийский флот блокировал побережье Пруссии. Кенигсберг прикрывала 40-тысячная армия фельдмаршал.» Левальда. Русская армия двумя колонами от Ковно и Мемеля начала наступление на Кенигсберг.
Войска соединились у Инстербурга. 19 августа 1757 года при Гросс-Егередорфе состоялось грандиозное сражение, кончившееся победой русской армии. Во второй дивизии Василия Лопухина во главе своей бригады сражался и Василий Долгоруков. У русских погибли 1500 солдат и 3 генерала, были ранены 4500 солдат и 8 генералов. Прусская армия потеряла убитыми 2500 солдат и 5000 ранеными и в беспорядке отступила к Кенигсбергу. Однако Апраксин не стал наступать на Кенигсберг. Русские войска через Мемель и Тильзит отошли на зимние квартиры в Курляндии и Лифляндии. Бригада князя Долгорукова вошла в состав дивизии генерал-поручика Голицына и зимовала во Фрауенбурге, на правобережье Виндавы. Компания 1757 года была завершена в сентябре. Апраксин был снят Конференцией с должности, отдан под суд и посажен в тюрьму, где и умер в 1760 году. За это время прусская армия во главе с Фридрихом разгромила французскую армию под Росбахом, а австрийскую-под Лейтеном.
В октябре 1758 года новый главнокомандующий В.В. Фермор разделил армию на 3 дивизии – генерал-аншефа Броуна, генерал-майора Ивана Салтыкова и генерал-поручика Голицына, состоявшую из 5 бригад-Племянникова, князя Долгорукова, Пальменбаха, Нумерса и Уварова.
В январе 1758 года русская армия с В.В. Фермором взяла Кенигсберг и заняла всю Восточную Пруссию, которая была превращена в русское генерал-губернаторство. Большую помощь армии оказал Балтийский флот – Ревельская эскадра адмирала Люиса и Кронштадская адмирала Мишукова соединились у Пиллау и заняли Мемель, превратив его в опорную базу Балтийского флота и блокировав берега Восточной Пруссии. В боевых действиях участвовал и капитан III ранга А.Н. Сенявин, командуя линейными кораблями «Александр Невский», «Уриил», «Полтава» и «Иоанн Златоуст», позднее, при штурме Кольберга получивший чин капитана I ранга. Русский флот полностью обеспечивал сухопутную армию продовольствием и снаряжением. Благодаря действиям флота Англия так и не выступила на стороне Пруссии против России. Боевые действия Англия вела в Индии и Северной Америке, где одержала победу над Францией.
Стратегическая задача, поставленная перед русской армией в начале войны, была выполнена. В конце января 1758 года Румянцев, Рязанов, Захар Чернышев, Александр Вильбоа и князь Долгоруков были произведены в генерал-поручики. Вновь присоединеные территории надо было удержать, заняв для этого мощную крепость Кюстрин. В начале января русские дивизии генералов Броуна и Голицына вышли из Гумбинена и через месяц заняли города Грауденц и Торн. Отдельный отряд генерал-поручика Долгорукова из 5 полков в марте занял города Ковно и Гродно и немного позднее соединился в Торне с русским обсервационным корпусом, сформированным Шуваловыми и шедшим на театр военных действий из России. В апреле 1758 года русские войска вошли в Силезию, а в мае – в Померанию. 4 августа основные силы русской армии начали осаду Кюстрина, где бригада Василия Долгорукова, снова воевавшая в дивизии Голицына, отличилась вместе со своим князем. Началась почти десятидневная бомбардировка крепости. Крепость стала гореть, сгорели сосредоточенные в Кюстрине огромные запасы сена и зерна-1 миллион 200 тысяч гектолитров. 12 августа к Кюстрину из Силезии подошла прусская армия Фридриха II. Русские войска отошли на правый берег Одера и заняли удобную позицию у деревни Цорндорф. 14 августа произошло кровопролитное Цорндорфское сражение, не принесшее Победы ни 42-тысячной русской, ни 33-тысячной Прусской армиям. Обе армии только убитыми потеряли по 12000 солдат. В русской армии из 21 генералов 5 осталось в строю, остальные были ранены, попали в плен или убиты. Командир 4-й пехотной бригады дивизии Голицына князь Долгоруков был ранен в ногу картечью. По сохранившемуся свидетельству прусского офицера, раненые русские солдаты, оставшиеся на поле боя, были заживо зарыты в ямы вместе с мертвыми. Армия Фридриха ушла в Саксонию, а войска Фермора – к Лансбергу, а потом на зимние квартиры. Василию Долгорукову было поручено привести в порядок Обсервационный корпус, расстроенный после Цорндорфского сражения. За то, что Фермор не воспользовался выгодным положением русских войск после Цорндорфского сражения, он был отстранен. Новым командующим 50-тысячной русской армии в июне 1759 года стал П.С. Салтыков.
В июне 1759 года войска Салтыкова вступили в Брандербург, 12 июля возле деревни Пальциг 40-тысячной русской армией был разбит 28-тысячный прусский корпус Веделя. 31 июля русские войска заняли Франкфурт-на-Одере. Впереди был Берлин. Недалеко от Франкфурта-на-Одере, под Кунерсдорфом, 1 августа 1759 года армия Фридриха II была разгромлена, потеряв 17000 солдат убитыми – 35 процентов – своего состава. Русские войска потеряли 13000 убитыми. «Но до пятого часа победа еще сумнительна была; потом подведены генерал-поручиками Вильбуа и князем Долгоруковым из авангарда Воронежский и Нарвский полки…» Штурмовать Берлин было некем и Салтыков ушел в Силезию, а потом на зимние квартиры – на нижнюю Вислу. Василий Михайлович Долгоруков 18 августа 1759 года был награжден орденом, святого Александра Невского.
