Органы госбезопасности нуждались в постоянном контроле, поэтому в беседе с Ельциным я и Степашин затронули данный вопрос. Мы стояли на твердых позициях усиления контроля и оказания большего содействия в решении сложных задач со стороны Президента, которому были подчинены все существующие в стране спецслужбы. Когда возникала какая-либо проблема, то на государственном уровне, кроме Ельцина, не с кем было посоветоваться, обменяться мнениями. Среди аппарата помощников Президента не было специалистов, уполномоченных вникать в многогранную деятельность спецслужб. Мы предложили Ельцину ввести должность специального помощника Президента РФ по вопросам национальной безопасности. Ссылались на существовавший зарубежный опыт координации деятельности разведывательных и силовых ведомств: в США — помощник президента по национальной безопасности, в ФРГ — государственный секретарь. На удивление, Ельцин сразу же согласился, бросив фразу: «Может быть, вы назовете мне достойную кандидатуру?» И такая фамилия нами была названа. С созданием ФСК совпало назначение Героя России Юрия Михайловича Батурина помощником Президента РФ по вопросам национальной безопасности.
5 января 1994 года Россия получила новую спецслужбу в стране: Президент утвердил Положение о Федеральной службе контрразведки России. Ельцин одобрительно отозвался об умелой разработке основополагающего документа в самые короткие сроки, которая явилась показателем высокого профессионализма сотрудников ФСК.
Квалифицированные кадры Федеральной службы контрразведки и имеющиеся оперативные наработки позволили сразу перейти к активной оперативно-розыскной деятельности. В начале 1994 года было проведено несколько арестов агентов иностранных спецслужб, что «всколыхнуло атмосферу вокруг конторы», вызвало тревогу спецслужб за рубежом и некоторых отечественных коррупционеров и предателей.
В январе 1994 года, во вторую неделю своего официального существования, ФСК провела операцию по аресту Синцова, руководителя дирекции внешнеэкономических связей «Спец-машиностроения», добыла вещественные доказательства его сотрудничества с английскими спецслужбами. Разведка Великобритании завербовала этого представителя отечественной оборонки во время служебной командировки в Лондон. Основой для привлечения к сотрудничеству российского гражданина явился собранный на него компромат: этот высокий по рангу чиновник при торговле оружием набрал взяток от зарубежных фирм на десятки миллионов рублей. Английская разведывательная служба (СИС) добыла от предателя секретные сведения о тактико-технических характеристиках новейшего вооружения, секретных переговорах по намечаемым поставкам российского оружия в отдельные страны. При обыске у него были изъяты дискеты с секретными сведениями, миниатюрная фотоаппаратура, компьютер со специальными программами для шифровки и дешифровки собранной информации, шифроблокнот для тайнописных агентурных сообщений.
Разоблачение этого шпиона имело для нас весьма важное значение. Спецслужбы России получили данные о современных методах работы разведки Великобритании, агентуру которой даже в советский период контрразведке не удавалось изобличить. Англичане создали, как они считали, самые надежные бесконтактные способы связи зарубежных резидентур со своей агентурой. Изъятая специальная радиоэлектронная аппаратура, микросхемы позволяли сбрасывать агентурные сообщения в течение двух-трех секунд. Запеленговать и расшифровать содержание такой передачи без знания паролей для считывания информации было практически невозможным.
На первом в 1994 году (11 января) заседании Совета безопасности Ельцин зачитал записку ФСК, направленную ему в связи с разоблачением английского шпиона в оборонной отрасли страны. «Ну вот, — обратился Президент к членам Совета безопасности, — органы государственной безопасности мы постоянно реформируем, а они еще и работают».
Знание почерка работы английских спецслужб вскоре способствовало выявлению в российском МИД другого агента английских спецслужб — Обухова, занимавшего должность второго секретаря департамента Северной Америки. Он был «штатным» агентом, ему выдавалось ежемесячное жалованье в размере двух тысяч долларов за передачу документов, с которыми Обухов сталкивался по службе.
ФСК были получены данные о вербовке представителями спецслужбы Швеции российского гражданина «Александра», который ранее был арестован в Швеции за планирование попытки похищения известного бизнесмена с целью потребовать выкуп в размере 10 миллионов долларов США. Во время нахождения под стражей спецслужбы шантажом и угрозами провели вербовку «Александра».
В начале 1994 года в Москве был арестован агент, работавший на германскую разведку. Степашин вспоминал, что оказывалось активное давление из-за рубежа. Ему позвонил государственный министр ФРГ Шмитбауэр и стал интересоваться арестом агента, требовал чуть ли не отчета с российской стороны: «Кто вам дал право? Кого вы арестовали?»
История с арестом агента ЦРУ полковника ГРУ Баранова попортила немало нервов разработчикам из военной контрразведки. Они были совершенно уверены, что он — предатель, но прямых доказательств в ходе разработки не имели. Его взяли в аэропорту «Шереметьево» при посадке в самолет, когда он решил вылететь за границу для восстановления связи с ЦРУ С моей санкции его повезли для выяснения обстоятельств прямо в «Лефортово», где он дал показания начальнику военной контрразведки Алексею Молякову о преступных связях, выдал тайник, шифроблокноты и другие шпионские принадлежности.
В этом же году в результате операций, проведенных органами контрразведки, были разоблачены 22 агента иностранных спецслужб из числа советских граждан, было пресечено около 60 попыток инициативной передачи гражданами России представителям иностранных государств секретных материалов. Это был реальный успех сотрудников контрразведки. Если в последние годы в КГБ иностранная агентура нередко выявлялась благодаря успехам советских разведчиков, проникших в американские спецслужбы, то разоблачения МБ и ФСК изменников из числа российских граждан являлись результатом напряженного труда их сотрудников.
Органы ФСК беспокоили факты нелегального пересечения государственной границы, что стало для России массовым явлением. В течение года выявлено около 250 тысяч нарушений паспортно-визового режима. В условиях незащищенности государственной границы и отсутствия ее с новыми странами многократно повышались возможности зарубежных спецслужб по сбору разведывательной информации, ведению подрывной деятельности.
