В принципе планировалось послать к берегам Кубы две эскадры кораблей — надводную и подводную, но впоследствии от этого отказались.
Решение о готовности начать такую операцию было принято 24 мая 1962 г. на заседании президиума ЦК КПСС и Совета Обороны по докладу министра обороны Родиона Малиновского. Чтобы согласовать операцию и получить «добро» со стороны кубинцев, в Гавану была направлена специальная делегация во главе с Ш. Рашидовым, которая вернулась 10 июня с согласием кубинцев.
До настоящего времени ведутся дискуссии, разумно ли было предпринимать столь масштабную военную операцию, не подкрепив ее международно-правовой базой в виде, скажем, предварительного заключения военного договора между СССР и Кубой. Приходилось слышать впоследствии, что А. И. Микоян и А. А. Громыко робко пытались обратить внимание Хрущева на эту сторону дела, но верх взяло мнение военных о том, что, в случае предварительного обнародования планов проведения операции «Анадырь», американцы не позволили бы осуществить ее и сорвали бы ее на самом раннем этапе, когда они обладали всеми преимуществами стратегического характера, а у Советского Союза не было адекватных условий для контрходов. В итоге ставка была сделана на проведение операции в условиях секретности, а мир должен был узнать о свершившемся факте 25–27 ноября 1962 г., когда планировалось прибытие на Кубу официальной делегации Советского Союза во главе с Никитой Хрущевым для подписания соответствующего договора с Фиделем Кастро.
Среди военных оказался один смелый генерал, А. А. Дементьев, который в то время работал главным советником у Фиделя Кастро. Он возразил Н. Хрущеву, заметив, что сохранить в секрете всю операцию «Анадырь» до конца не удастся из-за открытости будущих ракетных позиций для разведывательных самолетов США. Сидевший на совещании рядом с ним Родион Малиновский, по свидетельству очевидцев, толкал под столом А. Дементьева, пытаясь «вразумить» его, но тот стоял непреклонно и, как оказалось впоследствии, был прав.
Операция «Анадырь» с точки зрения штабной проработки и организации осуществления, безусловно, была весьма успешной. Были приняты меры по зашифровке и легендированию всех погрузочных работ. Например, на борт судов, капитаны которых не знали портов назначения, грузились лыжи, теплая одежда, которые якобы предназначались для войсковых учений в полярных и приполярных районах. Каждому капитану вручались три пакета. Первый они должны были вскрыть при выходе из территориальных вод СССР. В нем содержалось предписание следовать к Босфору. Затем после выхода из Мраморного моря надо было руководствоваться содержимым второго пакета, а в нем говорилось, что надлежит держать курс на Гибралтар. Только после выхода в Атлантику следовало открыть третий пакет, где лежал приказ брать курс на Кубу.
Наверное, американцы могли почувствовать что-то неладное из-за увеличившегося количества советских судов, направлявшихся из портов Черного и Балтийского морей, а также из Мурманска на Кубу. Несколько раз их военные корабли останавливали наши транспортные суда и пытались учинить досмотр, настойчиво требуя ответить на вопрос, куда шли суда и какой груз в трюмах. Но в те годы моряки позволяли себе довольно решительно отвергать такие требования и продолжали следовать, не сбавляя хода, своим курсом.
В течение всего утомительного пути на Кубу личный состав воинских частей находился в трюмах, чтобы не демаскировать операцию. Жарища в чреве кораблей была нестерпимая, температура воздуха достигала 30 градусов. Хотя команда непрерывно поливала палубу забортной водой, духота была страшная. Выходить на палубу разрешалось на короткое время, группами не более пяти-шести человек.
При подходе к Кубе начинались учащенные облеты кораблей американской авиацией. Самолеты проносились на опасно малой высоте. Тогда выходившие на палубу солдаты даже надевали сарафаны и повязывали головы платками. Вот такой был маскарад!
Разгружали суда только ночью. Когда речь шла об обычном вооружении, его еще можно было выдать за сельскохозяйственную технику, но крупногабаритные ракеты, самолеты пришлось вывозить из портов разгрузки также под легендой, что в данном районе проводились маневры кубинской армии. Советские офицеры и сержанты были переодеты в кубинские мундиры и знали по-испански только две ключевые команды: «Аделанте» («Вперед») и «Паре эль коче» («Стоп»).
В основном переброску войск и их размещение на Кубе удалось провести скрытно. И хваленая американская разведка, несмотря на все усилия, не смогла добыть достоверные данные о численности советской группы войск, ее вооружении, огневой мощи. В докладах ЦРУ правительству фигурировали данные сначала о 12 тыс., а затем о 16 тыс. советских солдат, расположившихся на Кубе. Ракеты были обнаружены американской воздушной разведкой только месяц спустя после того, как они были размещены на острове. О том, что наши силы береговой обороны вооружены тактическим ядер-ным оружием, США узнали лишь тридцать лет спустя, когда об этом в январе 1992 года объявили наши военные на трехстороннем семинаре в Гаване, посвященном карибскому кризису.
24 октября 1962 г. с 17.00 американцы начали морскую блокаду Кубы. К этому времени на острове уже находились 42 ракеты Р-12 и одна неполная батарея ракет Р-14, остальные оказались еще в пути и впоследствии были возвращены домой, в СССР. Однако и того ракетного соединения, которое было переброшено на Кубу, оказалось достаточно, чтобы выполнить функцию мощного средства сдерживания.
По сию пору ведутся дискуссии на тему, имел ли право командующий советской группой войск генерал армии Исса Александрович Плиев дать приказ на применение ядерного оружия или такое право Москва оставляла за собой. Свидетельства очевидцев и участников носят противоречивый характер, но можно сказать, что если бы американцы в тех условиях перешли границы разумного и рискнули совершить крупномасштабное нападение на Кубу, то не миновать было большой беды. Вряд ли удалось бы удержаться от защитного контрудара, если бы под огнем противника оказались наши части и соединения. Никто не дал бы убивать себя безнаказанно, как баранов. Американцы понимали это и, когда 27 октября советской ракетой «земля — воздух» был сбит над Кубой американский разведывательный самолет У-2, сами же постарались ослабить впечатление от этого эпизода разговорами, что у кого-то сдали нервы, что произошла ошибка, случайность и т. д. На самом деле приказ о пуске ракеты по самолету был дан заместителем командующего ПВО С. Н. Гречко, а выполнили команду ракетчики первого дивизиона 507-го зенитного полка. Москва и Фидель Кастро были немедленно поставлены в известность о происшедшем. Мотивировка решения была проста: если дать самолету уйти, то он доставит в Вашингтон полные данные о позициях всех развернутых на Кубе ракет. Пуск ракеты был сознательным актом самозащиты. Счастье американцев, что у них не сдали нервы.