Положение многих советских евреев резко изменилось в 1930-х годах при Сталине. Здесь важно четко различать политику властей в целом по отношению ко всему населению, и политику, направленную в отношении конкретно евреев. В большинстве случаев советские евреи подвергались тем же, наказаниям, что и неевреи. В 1930 году была закрыта евсекция в партии, наряду с другими национальными партийными секциями, и большинство их руководителей позже погибли в процессе чисток. С окончанием НЭПа пришел конец и большей части независимого еврейского бизнеса и ремесленным мастерским, но это происходило не только с еврейскими предпринимателями. Усиление антирелигиозной кампании в 1929 году привело к закрытию 100 синагог и запрещению соблюдения дня отдохновения у еврейских рабочих; но были закрыты и христианские и мусульманские церкви и мечети, а рабочая неделя были изменена, чтобы предотвратить возможность соблюдать христианское воскресенье86. Евреи, арестованные или заключенные в тюрьму или убитые государством в 1930-х годах, преследовались как контрреволюционеры или реакционные националисты, наряду с миллионами неевреями. В населении ГУЛАГа в конце 1930-х годов евреи в действительности были представлены незначительно по сравнению с общим числом заключенных87. В 1928 году правительство приняло решение создать область специального расселения советских евреев в Биробиджане вблизи отдаленной советско-манчжурской границы в надежде на то, что это отвлечет евреев от мечты об обретении собственной родины и от их стремления в Палестину. Территория была суровой и необжитой, как и любая другая в Советском Союзе; для того, чтобы сделать эту малопригодную для жизни местность более привлекательной здесь была разрешена частная собственность на землю. Однако, вопрос о насильственной депортации или принуждения евреев переселяться в Биробиджан не ставился. Небольшая ручеек поселенцев начал прибывать, но к 1939 году на территории осело всего только 108 000 человек, многие из которых были неевреями, привлеченные перспективой свободного занятия сельским хозяйством. Перепись 1959 года показала, что только 8,8 % населения региона были евреями88.
Эта политика также стала результатом обстоятельств войны, которые спровоцировали режим на более агрессивный антинационализм, в первую очередь в отношении еврейской элиты в Советском Союзе, а затем – еврейского населения в целом, которое, как советские немцы или чеченцы, подпало под подозрение властей по политическим мотивам. Годы войны изменили ситуацию с советскими евреями жестоко и навсегда. В 1939 и 1940 годах Советский Союз получил дополнительно почти два миллиона евреев в Восточной Польше и Прибалтийских государствах. Это были области, где позиции сионизма были прочными, а еврейская культура пронизывала все. За менее чем два года Советской власти независимая еврейская жизнь была сведена почти до нуля: синагоги были закрыты, субботний день отдохновения официально не соблюдался, еврейские магазины и ремесленные мастерские были насильственно преобразованы в государственные кооперативы, а общественные ритуалы иудейской религии и семейной жизни были загнаны в сферу частной жизни и нелегальные молитвенные дома89. Тысячи раввинов, руководителей общин и интеллектуалов были арестованы или депортированы. По некоторым данным примерно 250 000 человек, депортированных из Восточной Польши, были евреями, некоторые из них были беженцами из западных оккупированных немцами частей Польши90. Когда в июне 1941 года началась война, многие евреи, число которых остается неизвестным, бежали из этих районов на восток с отступающими частями Красной Армии, но почти все, кто остался в гитлеровской оккупации, были убиты в процессе последовавшего затем геноцида. Когда Красная Армия вновь вошла в Киев в ноябре 1943 года, она обнаружила всего одного живого еврея. Когда в 1944 и 1945 года в города и деревни, когда-то оставленные ими, наконец, вернулись беженцы, еврейская жизнь в них полностью исчезла.
Во время войны Сталин использовал враждебность немцев по отношению к евреям в собственных целях. В августе 1941 года выдающиеся еврейские интеллектуалы создали собственный Еврейский антигитлеровский комитет, но его независимость и интернационализм показались слишком подчеркнутыми для полного недоверия и приведенного в боевую готовность режима. Два ссыльных польских лидера-еврея были похищены агентами НКВД; один покончил жизнь самоубийством в тюрьме, другой был расстрелян.
В апреле 1942 года для мобилизации сил еврейского сообщества в целях противодействия войне и использования иностранных источников средств для поддержки советских военных усилий был создан Еврейский антифашистский комитет. Номинально его возглавлял известный советский актер Соломон Михоэлс, но в действительности комитет был инструментом режима, за которым постоянно наблюдал неусыпный НКВД. Комитет просуществовал до послевоенного времени, и власти терпели его до тех пор, пока он мог обеспечивать поддержку советского дела за рубежом. Возрождение еврейской идентичности после войны было связанное с созданием государства Израиль в 1948 году. Сталин с осторожностью приветствовал это событие, рассматривая его как способ давления на западный империализм на Ближнем Востоке, но когда стало ясно, что многие советские евреи надеются на возрождение сионизма для подкрепления собственных стремлений к самостоятельному развитию в Советском Союзе, власти развязали новую волну репрессий. Тысячи еврейских интеллектуалов и представителей интеллигенции были арестованы или оказались в заключении по обвинению в «космополитизме» и во взаимоотношениях с иностранными еврейскими общинами. Эмиграция в Израиль была запрещена; за период между маем 1948 года, когда был наложен запрет, и концом 1951 года только четырем пожилым женщинам и одному ветерану инвалиду удалось прорваться через занавес91. Сталинский закоренелый страх перед этнической «пятой колонной», спровоцировавший депортации 1930-х и 1940-х годов, теперь перешел в контекст «холодной войны». Впервые всё еврейское сообщество было заподозрено в том, что оно является агентурой международного американского сионистского заговора. Жертвой тихого убийства, совершенного по прямому приказу Сталина в январе 1948 года стал Михоэлс. Сначала повешенный, затем застреленный агентами НКВД, он лежал на дороге, после того как его переехал грузовик, чтобы симулировать дорожно-транспортное происшествие, после чего его прах проводили с пышными похоронами92. За следующие пять лет, до смерти Сталина в 1953 году, еще тысячи представителей еврейской элиты – врачи, артисты и интеллектуалы, были убиты или отправлены в тюрьмы как шпионы, саботажники или убийцы, работающие на американский империализм. Существуют убедительные, хотя и неполные свидетельства того, что в 1953 году Сталин готовился к массовой депортации советских евреев в наказание за их политическую неблагонадежность и закоснелую «национальную изоляцию»93.