Особенно сложным для Шеварднадзе оказались последние три года на посту министра иностранных дел и члена Политбюро, когда его реформистская деятельность на международной арене, повлекшая за собой такие глубокие изменения в мире, протекала на фоне глубочайшего кризиса и мощного национального движения в его собственной стране – Грузии. Это не могло не быть для него источником глубоких нравственных переживаний и сильно влияло на его политические позиции, на тот выбор, который ему приходилось делать постоянно при решении любых вопросов в Политбюро. Главный свой выбор он сделал в декабре 1990 года, когда принял решение об уходе в отставку, и на весь мир прозвучало его предостережение о возможности переворота и установления диктатуры самых реакционных прокоммунистических сил в Советском Союзе. Этот шаг дался ему нелегко. Как признавался сам Шеварднадзе и в разговорах со мной, и в интервью, опубликованном в газете "Московские новости", впервые мысль об отставке с поста министра иностранных дел и об уходе из политического руководства Коммунистической партии Советского Союза возникла у него после трагических событий 9 апреля 1989 года в Тбилиси. И особенно после обсуждения моего отчета по результатам работы парламентской комиссии и выступления главного военного прокурора А. Ф. Катусева на втором Съезде народных депутатов. Как писал сам Шеварднадзе:
"Было установлено, что доклад и оценка комиссии будут приняты без дебатов и лягут в основу постановления съезда. Однако на следующий день, 24 декабря 1989 года, после выступления председателя парламентской комиссии слово было предоставлено главному военному прокурору. Всеми своими положениями и оценками его содоклад разошелся с парламентским докладом. Жертвы трагедии оказались в роли обвиняемых, действия атаковавших митинг сил названы правомерными. Но не один лишь "доказательственный ряд" вызвал мое возмущение – сама атмосфера, в которой он излагался. Ему аплодировали так горячо, с такой нескрываемой мстительной радостью, с какой еще недавно в том же зале встречали шельмование академика Андрея Сахарова. Аплодировали не только депутаты – мои соседи по правительственной ложе. Эти рукоплескания потрясли меня тем, что в них открывалось. Не истину чествовали коллеги – силу и неправду, несправедливость и торжество клановых интересов. "Наша взяла!" – слышалось в овации, устроенной военному прокурору".
Многих тогда после публичного заявления Шеварднадзе об отставке интересовало, на основе чего он пришел к выводу об опасности заговора и военного переворота. Шеварднадзе не смог тогда представить каких-либо документов, изобличающих заговорщиков. В основе его поступка лежала скорее уверенность крупного государственного деятеля, умеющего думать и анализировать происходящее. Его повседневные встречи с генералами, которые не только не хотели перестраиваться и отказываться от прошлого, но спали и видели, как это прошлое возвращается со всеми его привилегиями, с подавлением инакомыслящих, с комфортным политическим и житейским существованием. Именно тогда Шеварднадзе доказал, что для него самого интересы страны, интересы его народа неизмеримо выше его собственных интересов. Именно в эти годы с ним произошла та удивительная метаморфоза, которая вывела его в ряд выдающихся прогрессивных политических деятелей демократической ориентации и принесла ему популярность во всем мире.
Незаурядность личности Шеварднадзе победила в нем его номенклатурное прошлое и ту роль, которую ему навязывала сама жизнь. Именно это позволило ему стать лидером своего народа и возглавить в самое трудное для Грузии время процесс национального возрождения и демократического обновления республики.
Мне довелось не раз встречаться с Шеварднадзе и во время его выступлений в Верховном Совете, и на заседаниях правительства, и во время проведения различных международных конференций и форумов. Были и дружеские встречи в неофициальной обстановке. При обсуждении любого вопроса в любом выступлении его неторопливая, проникнутая чувством собственного достоинства речь, всегда выделялась и обращала на себя внимание простотой и убедительностью аргументов, сдержанностью оценок и высказываний, а также той убежденностью, которая всегда придает особый вес словам.
…Шеварднадзе прилетел в Тбилиси в тот же день, когда вся Грузия замолкла, оглушенная происшедшим. Он сразу же начал встречаться с людьми и из первых рук получил сведения об использовании военными при разгоне митинга газов и саперных лопаток. Впоследствии в интервью журналу "Огонек" Шеварднадзе скажет:
"Когда мы с Разумовским приехали в Грузию, то начали с того, что каждое утро проводили оперативное совещание с участием членов ЦК, правительства, военных, прокурора, представителей КГБ, секретарей райкомов города. Как правило, на совещаниях всегда присутствовал и товарищ Катусев. Уже на втором заседании свидетели стали говорить о применении саперных лопаток против демонстрантов. Помню, спросил всех участников совещания: так ли это? Военные отвечали: никаких лопаток не было. На следующий день я снова задаю вопрос, потому что о лопатках мне уже говорили на встрече в Академии наук. Опять все отрицают, в том числе и военный прокурор отрицает… Только на третий день было сказано, что лопатки – табельное оружие – были и солдаты имели право применить их как средство защиты. То есть в течение двух с половиной дней членам высшего политического руководства мешали установить эту элементарную истину. Руководители операции и люди, которые вели следствие, без зазрения совести лгали. Потом появились слухи, что были применены химические средства. Я сразу задаю вопрос: "Скажите честно: было? Слухи ходят, все спрашивают. Мне надо выступать перед народом. Я же не могу сказать людям, что я не в курсе, все же я член Политбюро". "Какие там химические средства?! – отвечают. – Никаких химических средств не было. Заявляем со всей ответственностью. Все это клевета. Это дезинформация, провокаторы хотят возбудить людей". Я проверил, а на встречах в коллективах люди уже решительно допрашивают меня: "Если вы член Политбюро, то вы должны знать, что происходило. А мы точно знаем, что химические ядовитые вещества применялись". Опять я пытаюсь задать участникам операции и прокурору тот же вопрос. Опять они все отрицают.
Отчетливо помню: встает на заседании бюро министр здравоохранения республики и говорит, что в больницах лежат десятки людей с ожогами верхних дыхательных путей, типичных для случаев химического отравления. Говорит, что врачам нужно знать, что было применено, чтобы знать, как спасти людей, облегчить их страдания.