Остатки старого инвентаря, как и общий характер оборудования, свидетельствовали, что для своего времени эта лаборатория была первоклассной. Н. Н. Зинин пользовался в Медико-хирургической академии большим авторитетом и создал передовую химическую лабораторию, которая и после него, в бытность руководителем кафедры А. П. Бородина, позволяла осуществлять сложные химические исследования. В запустенье она пришла в последующие годы, когда преемник А. П. Бородина — профессор А. П. Дианин по состоянию своего здоровья (у него была ампутирована нога) почти не появлялся в лаборатории.
Сергей Васильевич много труда затратил на то, чтобы привести лабораторию в порядок. Это было нелегко, так как его усилия совпали с годами гражданской войны и разрухи. Но тем больше внимания стремился Сергей Васильевич уделить вопросам химической подготовки слушателей академии — эти знания могли пригодиться тут же, на фронте. И хотя лаборатория была очень плохо снабжена реактивами, не хватало также посуды, занятия шли успешно. Воодушевленные своим профессором, студенты из дома тащили для своих реактивов всякие банки и склянки, начиная от флаконов из-под духов и кончая небольшими бутылочками из-под вина и уксусной эссенции. Сергей Васильевич вникал во все детали лабораторной жизни, и постепенно его усилиями — кафедра была приведена в порядок.
Много труда положил Сергей Васильевич на получение из различных организаций химической посуды и реактивов. Размах у него был очень широкий. Он все любил делать с расчетом на большую работу и надолго.
Взаимоотношения Сергея Васильевича с сотрудниками кафедры установились такие, что казалось невозможным не выполнять его распоряжения и указания, несмотря на то, что он редко повышал голос в общении с подчиненными.
Например, в 1920 году на кафедре при проведении некоторых работ понадобилось много льда для охлаждения легкокипящих веществ. В академии средств для набивки ледника кафедры льдом не было. Сергей Васильевич мобилизовал для выполнения этой работы весь штат лаборатории, причем в ней приняли участие все работники кафедры, начиная с него самого и кончая уборщицей. Во всякой работе Сергей Васильевич требовал четкости, он не только давал поручения и распоряжения, но неизменно проверял, выполнены ли они и как выполнены.
Постепенно Сергей Васильевич воспитал группу помощников, способных поддерживать жизнь кафедры на том высоком уровне, который он считал естественной нормой научной работы. Его взаимоотношения с помощниками характеризовались еще и тем, что Сергей Васильевич не был многословен ни тогда, когда давал распоряжения, ни тогда, когда делал замечания, но это немногословие и сдержанность были очень убедительными и выразительными. На возражения своих помощников, что какое-нибудь поручение нельзя выполнить, что нет материалов, нет мастеров, что неизвестно, куда обратиться, Сергей Васильевич обычно говорил: «А вы узнайте, как это сделать, подумайте сами». А его фраза «это надо сделать» решала все, потому что его помощник убеждался, что нет другого выхода, как выполнить данное поручение, и часто выход находился очень нетрудный. Нужен был только толчок, чужая воля, чтобы преодолеть инертность. Но бывали случаи, что и немалые препятствия приходилось преодолевать. Но в таких случаях так силен был волевой импульс Сергея Васильевича, что и трудное поручение оказывалось выполненным.
Делая замечания, Сергей Васильевич очень часто просто говорил: «нехорошо», и это было так выразительно благодаря своей краткости, что получивший такое замечание предпочел бы самый жесткий разнос.
Вот почему на кафедре общей химии Военно-медицинской академии с момента появления там Сергея Васильевича исследовательская работа, несмотря на ряд препятствий: отсутствие достаточного оборудования, загруженность педагогической работой, голод и холод, — не останавливалась. Отношение Сергея Васильевича к своим сотрудникам в большей мере определялось качеством их исследовательской и педагогической работы и их отношением к науке. Сергей Васильевич, сам находчивый и искусный экспериментатор, очень деликатно и терпеливо относился к неудачам в работе своих учеников, если только эти неудачи происходили не от небрежности и недостаточно серьезного отношения к работе. Громадное воспитательное значение имело то, что Сергей Васильевич сам очень много работал в лаборатории, и то, что для всех было очевидно, что работа для Сергея Васильевича — главное в жизни. Своим глубоким и серьезным отношением к тому делу, которым он был занят, он увлекал и воспитывал своих учеников.
Сергей Васильевич был сдержан в обращении со своими учениками и сотрудниками, и его доброе отношение внешне проявлялось только в особенно трудное время для них. Так, один из сотрудников кафедры — это было в 1919–1920 годы — вместе с престарелой матерью очень страдал от холода. Сергей Васильевич сам принес ему дров, которых у него самого было немного, и он с Анной Петровной приобретал их в обмен на ее картины. Когда одна из препараторов лаборатории, проработав несколько месяцев в лаборатории, заболела туберкулезом, он очень много материально помогал ей и ее родителям.
Сергей Васильевич был требователен не только в исследовательской, но и в преподавательской работе. В первые годы работы в Военно-медицинской академии он не имел в своем распоряжении достаточно подготовленных помощников, и ему приходилось очень много времени тратить на педагогическую работу: он не только читал курсы неорганической химии и органической, но даже принимал коллоквиумы по практическим занятиям по неорганической химии. На экзаменах он требовал от студентов отчетливых знаний в пределах учебников. Некоторым студентам приходилось являться сдавать экзамен по нескольку раз, но в конце концов Сергей Васильевич добивался от них достаточно хорошего усвоения знаний. С течением времени Сергей Васильевич привлек преподавателей к приему от студентов сначала коллоквиумов, а потом и экзаменов по неорганической и органической химии.
Сергей Васильевич не очень любил читать лекции, но всегда внимательно готовился к ним. Лекционному эксперименту он придавал большое значение и требовал, чтобы опыты были обставлены очень тщательно.
В конечном итоге Сергею Васильевичу в этот период не только удалось восстановить лабораторию кафедры общей химии, временно утратившую свою былую славу, но и предпринять в ее стенах новые исследования.
Недостаток электроэнергии не позволял Сергею Васильевичу в лаборатории проводить опыты, требующие круглосуточного применения высоких температур. Казалось, проще всего эти опыты прекратить. Но Сергей Васильевич и тут нашел выход. Он обратился в Совет по управлению городским водопроводом и получил разрешение поставить необходимые для этой работы термостаты на фильтроозонной станции.