19 сентября 1793 года Клебер был разбит вандейцами, возглавляемыми Ф. Шаретом де ла Контри, при Русе. Чтобы спасти свой отряд от полного уничтожения, он приказал батальонному командиру Шевардену: «Возьми 300 гренадеров и защищай эти теснины (между Русе и Гетинье. — Авт.) до конца. Тебя изрубят в куски, но ты спасешь своих товарищей». Храбрый офицер с честью исполнил этот приказ: все 300 гренадеров пали в неравном бою, но выполнили свой воинский долг до конца. Под их прикрытием основные силы отряда Клебера сумели своевременно отступить и оторваться от противника. Когда был смещен генерал Канкло и ряд других генералов, Клебер временно исполнял обязанности командующего всеми республиканскими войсками в Вандее. Во время этого недолгого командования он разбил вандейцев при Шантонне. За эту победу Клебер был произведен в дивизионные генералы. 8 октября 1793 года в Вандею прибыл новый командующий — генерал Лешель (до революции был учителем фехтования), и Клебер сдал командование ему. В сражении при Шоле (17 октября 1793 года) Клебер командовал правым флангом республиканской армии и сыграл решающую роль в достижении успеха. Затем отличился в сражении при Ангрене (17 ноября 1793 года), 23 декабря взял штурмом город Савне и через несколько дней торжественно вступил в освобожденный от многомесячной осады вандейцев Нант. В начале 1794 года Клебер был отозван в Париж и вскоре назначен командиром дивизии в Северной армии. Успешно действовал в боях на реке Самбра, отличился в сражении при Шарлеруа, а затем, действуя уже в составе Самбро-Мааской армии (генерал Ж. Журдан), прославил свое имя в знаменитом сражении при Флерюсе (26 июня 1794 года), где командовал левым крылом французской армии. Развивая достигнутый при Флерюсе успех, Клебер развернул наступление к Рейну. В ходе его он осадил Маастрихт и быстро овладел им, а затем вышел на Рейн.
В кампаниях 1795 и 1796 годов, когда Журдан дважды переходил Рейн и вторгался в Германию, Клебер вновь возглавлял левое крыло Самбро-Мааской армии. Нанес поражение австрийцам при Альтенкирхене (4 июня 1796 года), затем при Фридберге. Обеспечивал с севера осаду Журданом сильной крепости Майнц. Незадолго до Вюрцбургского сражения (3 сентября 1796 года) из-за разногласий со своим командующим был отозван в Париж, где после недолгих объяснений с Директорией, которая также была недовольна Журданом, получил приказ отправиться в Эльзас и разобраться с политическими настроениями своих земляков, внушавших правительству Республики серьезные опасения.
По возвращении в Париж Клебер представил Директории обстоятельный доклад, в котором развеял все ее подозрения в отношении эльзасцев. После этого ему было предложено место в Законодательном собрании Франции, но генерал отклонил это предложение, поскольку государство находилось в таком бедственном положении, что управлять им в этот период никто не решался. Поэтому заниматься законотворчеством при стремительно слабеющей и теряющей власть Директории у него не было никакого желания. От предложения занять пост командующего Рейнской армией Клебер также отказался. В результате он оказался не у дел.
Во время государственного переворота 18 фрюктидора (4 сентября 1797 года) Клебер находился в Париже. Его прямота, резкие высказывания в адрес теряющей доверие народа Директории, критика ее бездарного руководства страной создали ему немало врагов среди правящей верхушки. В числе их оказался даже знаменитый генерал Л. Гош. В результате открытое фрондерство Клебера по отношению к правительству едва не стоило ему ссылки в Кайенну (Французская Гвиана). Ссылка туда означала верную гибель. Из-за неблагоприятных климатических условий и сурового режима содержания смертность там была ужасающей. Вернуться из Кайенны обратно во Францию впоследствии посчастливилось лишь очень немногим. Только благоприятное стечение обстоятельств помогло Клеберу избежать этой участи. Занимавшийся в то время подготовкой своей военной экспедиции в Египет генерал Наполеон Бонапарт обратил внимание на опального генерала. Хотя лично он до этого с Клебером знаком не был, но зато был хорошо осведомлен о его боевых заслугах, так же как и о его неуживчивом характере. Но Бонапарт в то время считал, что военные способности и профессиональное мастерство военачальника важнее отдельных негативных черт его характера. В этом он убедился на опыте командования Итальянской армией. Поэтому он предложил Клеберу принять участие в задуманной им экспедиции. Предложение было с радостью принято. Директория, не знавшая что делать со своенравным и чересчур строптивым генералом (ссылать в Гвиану знаменитого генерала она явно опасалась, эта мера предусматривалась только лишь как крайнее средство, но явного повода для его применения Клебер не давал), облегченно вздохнула и дала Бонапарту свое согласие на его зачисление в штат экспедиционной армии, действуя по принципу: убрать куда угодно, только лишь с глаз долой и как можно подальше. В конце концов, как считала Директория, Египет ничем не хуже Кайенны.
Во время Египетской экспедиции 1798—1801 годов Клебер командовал одной из дивизий экспедиционной армии, возглавляемой Наполеоном Бонапартом. Первым крупным событием после высадки французской армии в Египте (1 июля 1798 года) был штурм Александрии, которая была взята французами 2 июля. Во время штурма Клебер был ранен и в походе Бонапарта на Каир не участвовал, будучи оставлен во главе 2-тысячного гарнизона в Александрии.
Вскоре распространился слух о новом государственном перевороте в Париже. Клебер писал в те дни Бонапарту: «Я решил, генерал, следовать за вами повсюду, последую за вами и во Францию. Я не хочу никому более повиноваться, как вам одному».
Но вскоре отношения между Клебером и Бонапартом стали портиться. Тяготы похода, тяжелые климатические условия и многочисленные невзгоды вызвали сильное недовольство в войсках. Его полностью разделяли не только офицеры, но и генералы. Прямым следствием этого явился поток рапортов об отставке со стороны старших офицеров и даже генералов. В числе недовольных оказался и Клебер, который то и дело менял свое решение об отставке. С большим трудом, благодаря удивительной изворотливости и железной воле, Бонапарту удалось не только удержать войска в повиновении, но и повести их вперед, через песчаную пустыню, на Каир.
Первое столкновение Клебера с главнокомандующим армией произошло в конце 1798 года, во время подготовки Бонапарта к походу в Сирию. Клебер отказался в нем участвовать, сославшись на болезнь. Настоящая же причина изменения отношения Клебера к Наполеону Бонапарту заключалась в интригах некоего Тальена — тайного агента Бурбонов, втершегося в доверие неискушенного в политике Клебера и стремившегося поссорить его с Бонапартом. Но последнему удалось разрушить замысел вражеского агента. Написав теплое и лестное письмо генералу, Бонапарт привлек его на свою сторону и уговорил принять участие в Сирийском походе (февраль — июнь 1799 года), где Клебер с отличием сражался под Яффой (7—8 марта 1799 года), при Сед-Ярре, участвовал в осаде сильной крепости Сен-Жан-д’Акр (март — май 1799 года). Но особенно громкую славу он стяжал в сражении у горы Маунт-Табор (16 апреля 1799 года), когда во главе 2-тысячного отряда выдержал удар 35-тысячной турецкой армии. Отразив все атаки многократно превосходящего в силах противника, которые продолжались в течение 10 часов, Клебер геройски продержался до подхода подкреплений, понеся при этом минимальные потери.
