В своем сочинении «О повреждении нравов в России» князь М.М. Щербатов дает далеко не лестную характеристику этому выскочке и его всесильному покровителю: «Глебов угодник графу Шувалову, умный по наружности человек, соединяющий в себе все пороки, которые сам он, Петр Иванович, имел». Эти двое и сочинили Уложение, которое они наполнили, по словам того же Щербатова, «неслыханными жестокостями пыток и наказаний». Очевидно, родственная связь П.И. Шувалова с руководителем Канцелярии тайных розыскных дел А.И. Шуваловым сыграла здесь не последнюю роль, и автор законопроекта составлял его под своего брата. Елизавета Петровна, уже готовая подписать представленный ей документ, случайно натолкнулась на главу, посвященную пыткам, «ужаснулась тиранству» и повелела переделать Уложение. Тем не менее подобные далеко не лучшие качества Глебова нисколько не отталкивали Петра III, который 25 декабря 1761 г., в день своего вступления на престол после смерти Елизаветы Петровны, назначил своего друга генерал-прокурором Сената. Как генерал-прокурор, Глебов имел возможность оказывать влияние на Петра III. Им составлялись почти все поручения, даваемые императором Сенату, и некоторые из царских манифестов.
Несмотря на близость и дружбу с Петром III, глава Сената верно определил реальную расстановку политических сил и в момент июньского переворота 1762 г. поспешил переметнуться на сторону Екатерины. Подобная изворотливость и беспринципность на некоторое время продлили его карьеру, и Глебов сохраняет свой высокий пост при новой императрице. Только через два с половиной года Екатерина II отстраняет его от должности, назначив генерал-прокурором князя Вяземского.
Однако в начале правления Екатерины II реальные полномочия генерал-прокурора Сената даже расширились. Новая императрица полностью восприняла «сенатскую концепцию» организации политического сыска, доставшуюся ей по наследству от покойного мужа. Согласно ей эта деликатная область государственной деятельности маскировалась от глаз общества вывеской высшего правительственного учреждения империи, каковым являлся Сенат. Своим рескриптом от 2 октября 1762 г. Екатерина предписала генерал-прокурору Сената рассматривать поступающие во вверенное ему учреждение бумаги о «первых двух пунктах», которые прежде должна была расследовать Канцелярия тайных розыскных дел, и по важным делам «определение чинить». Поскольку переметнувшемуся к ней от Петра III руководителю Сената императрица полностью не доверяла, то разбор дел по поводу государственной безопасности она повелела вершить ему не единолично, а совместно с тайным советником графом Н.И. Паниным, который и должен был контролировать эту сферу деятельности генерал-прокурора.
Новый постоянный орган политического сыска, а им стала Тайная экспедиция при Сенате, был образован в декабре 1763 г., когда указом Сенату сенатский секретарь С.И. Шешковский был назначен «состоять по некоторым поручениям от нас... при наших: сенаторе тайном советнике Панине, генерал-прокуроре Глебове». С этого времени С.И. Шешковский становится фактическим руководителем Тайной экспедиции, надолго пережив в служебном отношении генерал-прокурора, своего номинального начальника. Когда в 1763 г. возникает очередное дело, связанное с низложенной Брауншвейгской династией, его расследует уже не специально созданная комиссия, а Тайная экспедиция.
В том же году службе политического сыска пришлось заниматься делом ростовского и ярославского митрополита Арсения Мацеевича. Образованность и волевой характер помогли ему достичь поста митрополита сначала в Тобольске, а затем в Ростове, стать членом Синода. Поскольку у правителей Российской империи стали отчетливо прослеживаться секуляризаторские тенденции, то, ратуя за права своего сословия, Мацеевич подает сначала Петру III, а затем Екатерине II записку, в которой заявляет, что мирским людям нельзя захватывать церковные имения, а наоборот, «Церковь содержать надо без скудности и обиды». Возмущенная императрица приказывает Синоду призвать мятежного митрополита к ответу за оскорбление царского величества и «превратное толкование» Священного писания. Мацеевича заключают под караул в московском Симоновом монастыре. В записке Глебову Екатерина пишет: «Нынешнюю ночь привезли враля, которого исповедывать должно, приезжайте ужо ко мне, он здесь во дворце будет». Помимо Екатерины и генерал-прокурора Сената при «исповеди» присутствовал С.И. Шешковский. Однако митрополит оказался человеком не робкого десятка и смело высказал в лицо государыне то, что он о ней думал. По слухам, «исповедь» кончилась тем, что Екатерина II заткнула уши, чтобы не слышать дерзостей в свой адрес, и велела «закляпить рот» наглецу. После формального суда Мацеевича сослали в Карельский монастырь. Однако вскоре доброхоты из монастырской братии донесли императрице, что бывший митрополит говорил им, что нынешняя власть разграбила православную церковь хуже турок и что «государыня наша не природная и не надлежало ей российского престола принять». Узнав об этом, императрица велела расстричь дерзкого монаха, сослать на вечное поселение в ревельский каземат. Изоляция для узника предусматривалась абсолютная.
Генерал-прокурору Сената и его подчиненному приходилось заниматься разбором самых различных, иногда незначительных мелких дел. Так, например, московский крестьянин Захаров, сказавший о новой императрице в 1762 г.: «Села баба на царство и ничем народ не обрадовала», был наказан плетьми и сослан на каторгу. Туда же отправился и солдат Рябинин, сказавший о Екатерине II: «У нас-де баба и царством правит, нам дает жалованье слабое, а как на что другое, так у нее больше денег идет».
Тем временем над головой самого руководителя Сената сгущались тучи. К недовольству Екатерины II нерасторопным исполнением Глебовым своих служебных обязанностей и ее желанием видеть на посту генерал-прокурора человека, которому бы она полностью доверяла, прибавились сведения о финансовой нечистоплотности главы Сената. Расследование, проведенное в Иркутске, вскрыло грандиозную картину злоупотреблений и хищений, особенно по винным откупам, в которых первое место принадлежало Глебову.
Но опала на этот раз оказалась относительной, и императрица не смогла довести до конца принятое решение. Утратив пост генерал-прокурора Сената, Глебов сумел сохранить за собой должность генерал-кригскомиссара, а в 1773 г., когда возмущение Екатерины II по поводу «иркутского дела» улеглось, он был произведен в генерал-аншефы, затем, в 1775 г., назначен белгородским и смоленским генерал-губернатором. Однако новый виток его карьеры был окончательно пресечен проведенной в следующем году ревизией в Главном кригскомиссариате, выявившей крупные злоупотребления как раз за тот период, когда им руководил Глебов. Для окончательного расследования императрица распорядилась создать специальную комиссию, и незадачливый генерал-губернатор в июне 1776 г. был отстранен от всех должностей и в качестве обвиняемого подвергнут допросам и суду. Следствие длилось достаточно долго, и приговор по делу был утвержден Екатериной II только в сентябре 1784 г. Глебов был признан виновным «в небрежении должности», «исключен из службы», а на его имения был наложен арест. Последние шесть лет жизни бывший генерал-прокурор Сената доживал в своем имении в старой столице на Ходынке и в своей усадьбе в подмосковном селе Виноградове.
