Несмотря на то что было уже без двадцати минут полночь, второй манифест тоже был помечен временем «3 часа дня». Одновременно император назначил главой правительства князя Г.Е. Львова, а Верховным главнокомандующим — великого князя Николая Николаевича. В час ночи поезд уже бывшего императора наконец-то выпустили из Пскова в Могилёв — Николай собирался передать дела в Ставке новому Верховному и через несколько дней выехать в Царское Село. В ту ночь бывшего государя впервые увидели плачущим. А в его дневнике появилась запись: «В час ночи уехал из Пскова с тяжелым чувством пережитого. Кругом измена, и трусость, и обман».
Однако на рассвете 3 марта Родзянко потребовал у Рузского и Алексеева не публиковать этот манифест, ссылаясь на якобы начавшийся в Петрограде солдатский бунт, участники которого требуют низложения всей династии Романовых. Алексеев поверил Родзянко и сообщил о новых обстоятельствах главкомам фронтов. В это время участники петроградского переворота без особых трудов уговорили отречься от прав на трон уже великого князя Михаила Александровича. И отрекался он в пользу не кого-либо из родственников, а Временного правительства. Революция развивалась по куда более радикальному пути, чем замышляли российские заговорщики в 1916-м — теперь Россия лишалась не только конкретного императора, но и династии. Но ведь «думцы» во главе с Гучковым хотели «всего лишь» власти и более эффектной модели управления страной, а представители армии во главе с Алексеевым — победы в войне. У их зарубежных «союзников» и покровителей цель была абсолютно иной — полный крах России. И первой ступенькой к этому и должен был стать крах монархии…
3 марта в 20.20 поезд бывшего царя прибыл в Могилёв.
Выйдя на платформу, Николай подошел к Алексееву, обнял его и поцеловал. «Принял Алексеева в вагоне, — записал бывший император в дневнике. — В 9 с половиной перебрался в дом. Алексеев пришел с последними известиями от Родзянко». На следующий день в 10 часов утра состоялся последний доклад Алексеева Николаю II. На нем присутствовали также А.С. Лукомский и В.Н. Клембовский. Последний так описал этот доклад:
«Сколько должно было быть силы воли у Государя, чтобы полтора часа слушать последний раз доклад о великой войне. Ведь Государь, нечего скрывать, относился к боевым операциям не только сознательно, но Он ими руководил и давал определенные указания Михаилу Васильевичу. И все это оборвать, кончить, помимо своей воли, отлично понимая, что от этого, наверно, дела наши пойдут хуже. Я даже задавал себе вопрос: что это — равнодушие или ясно осознанная необходимость порядком кончить свою роль перед своим штабом? Только перед тем, как оставить всех нас, Государь как будто заволновался и голосом более тихим, чем всегда, и более сердечным сказал, что Ему “…тяжело расставаться с нами и грустно последний раз быть на докладе, но, видно, Воля Божья сильнее моей воли”».
Что чувствовал в эти дни Михаил Васильевич Алексеев, глядя в глаза человеку, которому подчинялся столько лет? Раскаивался ли в содеянном?.. Уже задним числом генерал-лейтенант А.С. Лукомский приписывал Алексееву фразу, якобы сказанную им утром 3 марта: «Никогда не прощу себе, что поверил в искренность некоторых людей, послушался их и послал телеграммы главнокомандующим по вопросу об отречении государя от престола». Однако если бы Алексеев на самом деле раскаивался, он никогда не поступил бы так, как поступил 4 марта. В этот день, будучи в Ставке и узнав об отречении брата, Николай написал о своем согласии на вступление на трон сына и передал телеграмму об этом Алексееву для дальнейшей отправки в Петроград. Но Алексеев не только не отправил эту депешу в столицу, но и скрыл ее существование от всех. Генерал положил ее в свой бумажник и только в конце мая 1917 года передал как историческую реликвию А.И. Деникину…
Да и великий князь Александр Михайлович, приехавший в Могилёв 4 марта, никакого раскаяния в поведении генерала не заметил. «Генерал Алексеев просит нас присягнуть Временному правительству, — вспоминал великий князь. — Он, по-видимому, в восторге: новые владыки, в воздаяние его заслуг перед революцией, обещают назначить его Верховным Главнокомандующим… Мы стоим за генералом Алексеевым. Я не знаю, как чувствуют себя остальные, но я лично не могу понять, как можно давать клятву верности группе интриганов, которые только что изменили данной присяге».
7 марта от прикомандированного к Ставке товарища (заместителя) министра путей сообщения Н.М. Кислякова Алексеев узнал, что на следующий день в Могилёв прибудут четыре представителя Государственной думы с целью ареста бывшего императора. Никаких действий в ответ на это генерал не предпринял и даже не сообщил Николаю II о том, что его ждет. Раскаяние?.. Нет, никакого раскаяния Михаил Васильевич в те дни явно не испытывал…
Точнее всего роль Алексеева в ликвидации монархии в России описал 5 марта 1917 года генерал от инфантерии Н.И. Иванов: «Откажись Алексеев осуществлять планы Государственной Думы, Родзянко, Гучкова и других, я глубоко убежден, что побороть революцию было бы можно, тем более, что войска на фронтах стояли и теперь стоят спокойно, и никаких брожений не было. Да и главнокомандующие не могли и не решились бы согласиться с Думой без Алексеева».
8 марта 1917 года бывший император навсегда покинул Ставку. Генерал Н.М. Дубенский вспоминал последнее посещение императором храма: «Многие плакали. Генерал Алексеев, вообще очень религиозный и верующий человек, усердно молился и подолгу стоял на коленях. Я невольно смотрел на него и думал, как он в своей молитве объясняет свои поступки и действия по отношению к Государю, которому он не только присягал, но у которого он был ближайшим сотрудником и помощником в эту страшную войну за последние полтора года. Я не мог решить, о чем молится Алексеев».
Перед отъездом Николай II захотел проститься со своим штабом. В 10.30 в большом зале здания управления дежурного генерала собрались все офицеры и представители из солдат от всех частей и команд штаба — старые вахмистры, фельдфебели и старшие писари. «Государь Император пришел пешком, вместе с генералом Алексеевым, — вспоминал генерал П.К. Кондзеровский. — При входе Его Величества в зал я скомандовал “Смирно, господа офицеры!” и стал на свое место, на правом фланге своего управления. Его Величество, войдя и поклонившись всем, стал посередине и сказал всем теплые прощальные слова; затем сказал несколько слов генерал Алексеев. Мне они оба были хорошо видны, и я ясно видел, как слезы катились по щекам Его Величества. Плакал и генерал Алексеев. Я чувствовал, как какой-то комок подступает к горлу, что могу сейчас разрыдаться; глаза застилал туман. Государь стал всех обходить и прощаться со всеми, протягивая каждому руку и глядя каждому в глаза своим чудным, добрым взглядом… В зале все громче и громче слышались рыдания многих, которые не в силах были сдержаться. Слезы были буквально на глазах у всех.