Вскоре после этого обер-фискал Нестеров был изобличен во взяточничестве и казнен.
Когда дело касалось интересов закона, Ягужинский не боялся противостоять даже членам царской фамилии. Об этом свидетельствует такой случай. Подьячий Василий Деревнин, служивший у царицы Прасковьи Федоровны, вдовы царя Ивана Алексеевича, брата Петра I, нашел оброненное фаворитом царицы и ее главноуправляющим Юшковым письмо. Разобрать в нем он ничего не мог, так как оно было писано специальным цифровым шифром. Но то, что писала его царица, — знал доподлинно. Будучи человеком нечистым на руку, он решил выторговать себе из этого случая максимум выгоды (ведь можно написать донос государю!), поэтому письмо припрятал. Пропажа письма весьма обеспокоила царицу, и Юшков получил от нее хороший нагоняй. Удрученный разносом фаворит в исчезновении письма заподозрил Деревнина, за которым и раньше замечал воровство. Он схватил его и посадил в свою домашнюю тюрьму, но когда подьячего хватились — выпустил, так и не дознавшись о письме. Чтобы не искушать судьбу, Деревнин решил скрыться, но его быстро отыскали и отправили в Тайную канцелярию. Там ему учинили допрос с пристрастием, но безрезультатно, подьячий оказался крепким орешком. Тогда царица Прасковья Федоровна решила самолично допросить арестанта. Поздно вечером, под видом раздачи милостыни колодникам, она вместе со своими слугами прибыла в московскую контору Тайной канцелярии в конце Мясницкой улицы. Зловещие, пугающие жителей Москвы железные ворота Тайной выходили прямо на Лубянскую площадь.
По требованию царицы немедленно доставили Деревнина. Он по-прежнему юлил и выкручивался. Прасковья Федоровна стала нещадно лупить подьячего тяжелой тростью. Затем ее слуги, числом около дюжины, схватили Деревнина и принялись жечь свечами ему нос, уши, глаза, бороду. После этого, связав и положив на козлы, всего исполосовали. Деревнин хоть и орал, но ничего не говорил. Тогда по приказу царицы слуги облили ему голову «крепкой водкой» и подожгли. Подьячий завопил благим матом, караульщики едва сумели сбить с него пламя, однако царица на этом не успокоилась.
Дежуривший в Тайной канцелярии каптенармус Бобровский, видя, что дело приобретает плохой оборот, и понимая, что ответственность за содеянное царицей ляжет на него, срочно направил своего человека с письмом к генерал-прокурору Ягужинскому. Тот немедленно прибыл, отобрал у царицы едва живого колодника и под караулом отправил в свой дом. И когда Прасковья Федоровна потребовала от Ягужинского, чтобы он отдал ей провинившегося подьячего, генерал-прокурор как можно спокойнее произнес: «Что хорошего, государыня, что изволишь ездить ночью по приказам. Без именного указа отдать невозможно». Царица, бросая гневные взгляды на Ягужинского, вынуждена была покинуть Тайную канцелярию. На следующий день Ягужинский вернул изувеченного подьячего в Тайную канцелярию, ведь дело его не было закончено. О происшествии было доложено императору. Слуги царицы, которые по ее указанию истязали Деревнина, были отданы под суд и биты батогами. Главноуправляющего Юшкова сослали на жительство в Новгород.
Генерал-прокурор Ягужинский всегда жил на широкую ногу и тратил огромные суммы на обстановку, слуг, экипажи. У него были лучшие в столице кареты — даже Петр I частенько одалживал их для своих выездов. Государь любил бывать в доме Ягужинского — там было всегда весело. Возможно, именно поэтому царь, прививая российским дворянам европейский «политес», возложил на Ягужинского еще одну обязанность — надзор за проведением так называемых ассамблей.
После смерти императора прокуратура как государственный орган утратила свои позиции. Тем не менее генерал-прокурор, во многом благодаря своему уму и ловкости, сумел сохранить благосклонность Екатерины I. Он одним из первых сановников представил ей записку «О состоянии России», в которой проявил себя истинно государственным человеком — в частности, предлагал ряд мер для «внутренней и внешней целостности государства». Однако прокуратура императрицу волновала мало, Сенат также оказался в тени. На первое место в государстве выдвинулся так называемый Верховный тайный совет, образованный 8 февраля 1726 года, — он-то и управлял всеми делами.
В августе 1726 года Ягужинский назначается полномочным министром при польском сейме в Гродно. Обязанности генерал-прокурора стал выполнять обер-прокурор Бибиков, а затем его сменил Воейков.
При вступлении на престол в 1730 году Анны Иоанновны Ягужинский пережил несколько неприятных моментов. Дело в том, что ряд сановников («верховники») вздумали ограничить власть императрицы. Вначале Ягужинский примкнул к ним и также высказывался за ограничение самодержавной власти монарха. Но затем политическое чутье подсказало ему иной путь, и он решил предупредить Анну Иоанновну о заговоре «верховников». В Митаву, где находилась императрица, было послано доверенное лицо — камер-юнкер Сумароков с письмом и устными наставлениями. Ягужинский писал, что идею ограничения власти монарха предлагает лишь небольшая кучка людей, и давал совет Анне Иоанновне, как ей надобно поступить, когда к ней прибудут посланники от Верховного тайного совета. Однако на обратном пути Сумароков был арестован.
2 февраля 1730 года на совместном заседании Верховного тайного совета, Синода и Генералитета Ягужинский был обвинен в измене, арестован и посажен в Кремлевский каземат. У него отобрали шпагу, ордена, а все бумаги опечатали. Генерал-прокурора подвергли интенсивным допросам. Арест ближайшего сподвижника Петра I наделал много шума в Москве.
Жителям столицы с барабанным боем было объявлено, что Ягужинский арестован за письмо к императрице, содержание которого «противно благу отечества и Ее величества». Со дня на день ожидали, что Ягужинский будет казнен. Однако заговор «верховников» провалился, последовали казни и ссылки, а Ягужинский вновь возвысился.
Именным указом от 2 октября 1730 года Анна Иоанновна восстановила органы прокуратуры в полной силе. «Ныне небезызвестно нам есть, — говорилось в указе, — что в коллегиях и канцеляриях в государственных делах слабое чинится управление и челобитчики по делам своим справедливого и скорого решения получить не могут, и бедные от сильных утесняемы, обиды и притеснения претерпевают». При Петре I же, отмечалось далее, «для отвращения всего этого был учрежден чин генерал-прокурора и ему помощника обер-прокурора при Сенате, а в коллегиях — прокуроров». В указе определялось: «Быть при Сенате генерал- и обер-прокурорам, а при коллегиях и других судебных местах — прокурорам и действовать по данной им Должности».
