В мае 1784 года Федора Федоровича назначили командиром этого линейного корабля, к осени «Св. Павел» прибыл в Севастополь. Морскую подготовку экипажа временно пришлось отложить, город и порт строились, и каждая пара рук была на счету. Команда корабля почти вся оказалась на берегу.
Зато весь 1776 год корабли молодого Черноморского флота провели в непрерывных учениях: экипажи учились выходить на ветер, ставить паруса, распознавать сигналы, метко стрелять. Ушаков сделал все, чтобы его корабль стал лучшим. Флот готовился к встрече императрицы и сопровождавших ее важных персон.
В 1787 году высокие гости воочию убедились: Черноморский флот существует, выучка экипажей кораблей достаточно высока. Екатерина II, весьма довольная произведенным на иностранцев впечатлением, щедро наградила флотских начальников. Федор Федорович Ушаков, фактически руководивший боевой подготовкой всего флота, был произведен в капитаны бригадирского ранга.
Присоединение Крыма к России и создание русского флота на Черном море привели к новому обострению отношений с Турцией. Подстрекаемая Англией и Францией, Высокая Порта 13 августа 1787 года объявила России войну и через месяц начала военные действия на море. Однако блокировать Днепровско-Бугский лиман и с помощью десанта овладеть крепостью Кинбурн турецкому флоту не удалось.
Тем временем командующий Севастопольской эскадрой контр-адмирал граф Войнович вел корабли (3 линейных корабля и 7 фрегатов) к Варне. Перед ним была поставлена задача истребить главные силы капудан-паши, а затем двинуться к Очакову и, действуя совместно с Херсонской эскадрой, добить турецкую эскадру в лимане. План был хорош, но Войнович действовал не лучшим образом. Русская эскадра встала у мыса Калиакрия в дрейф. А далее начался жестокий шторм, разметавший корабли на большом пространстве. Фрегат «Крым» затонул со всем экипажем. «Марию Магдалину» ветром и течением отнесло к Стамбулу, где ее пленили турки. В тяжелейшем положении оказался «Св. Павел», которым командовал Ушаков. Корабль лишился двух мачт, все паруса и такелаж были изорваны. Превратившись в беспомощную игрушку волн и ветра, он оказался у берегов Абхазии.
Ушаков и его моряки сделали почти невозможное: с маленьким парусом на оставшейся мачте судно пришло в Севастополь. Сюда же собралась вся эскадра, за исключением двух кораблей. Но из участия в боевых действиях она выбыла на год с лишним. Предстоял долгий ремонт кораблей. Русский Черноморский флот получил суровый урок.
Лишь 18 июня 1788 года Севастопольская эскадра в составе 2 линейных кораблей, 10 фрегатов и 24 мелких вооруженных судов двинулась в направлении Очакова. Бригадир Ф. Ушаков командовал авангардом – передовым отрядом эскадры. В районе острова Фидониси (теперь о. Змеиный), против устья Дуная, обнаружился турецкий флот. У турок было 17 линейных кораблей, 8 фрегатов и 24 других корабля. Силы были явно неравные. Войнович пал духом и послал Ушакову распоряжение:
– Если подойдет к тебе капудан-паша, сожги, батюшка, проклятого.
Всем кораблям приказано было следовать за авангардом. Так Ушаков оказался командиром всей эскадры.
Капудан – паша Гасан и его английские советники не сомневались в своей победе. Он даже решил не вводить в бой малые корабли. Большие турецкие корабли построились в линию и двинулись на русскую эскадру. Ушаков внимательно следил за действиями противника и утром 3 июля он решительно повел свой отряд на сближение с турецкими судами. Гасан направил три линейных корабля против «Св. Павла», два других и свой флагманский он устремил на два русских фрегата. Турки открыли ураганную пальбу.
Капитаны русских кораблей выполняли приказ бригадира и открыли огонь лишь на дистанции картечного выстрела. И сразу же ясно стало, что Ушаков недаром обучал своих моряков и артиллеристов: они творили чудеса, держа скорость и прицельно поражая ядрами флагманский корабль турок. Капудан-паша вынужден был бежать, еще раньше это сделали другие турецкие корабли. Победа была полная, особенно прекрасная тем, что одержана не числом, а умением.
За отличное руководство кораблями в этом бою Федор Федорович Ушаков был награжден орденом св. Владимира 3-й степени, а через некоторое время за храбрость и мужество в том сражении – орденом св. Георгия 4-й степени.
В марте 1790 года контр-адмирал Ф. Ф. Ушаков возглавил Черноморский флот. Вступив в командование, он энергично принялся готовить флот к активным наступательным действиям. Адмирал разработал и применил на практике глубоко продуманную систему боевой подготовки личного состава, и прежде всего командиров кораблей и комендоров, которых рассматривал в качестве главного звена, обеспечивавшего успех в бою.
Сложились в основном и положения новой тактики морского боя, которые Ушаков с успехом применял в дальнейших боях. Адмирал отказался от обязательного обычая занимать место в линии баталии строго по номерам. Затем впервые в морской военной практике он выделил фрегаты в резервный отряд. Одним из основных принципов его военных действий было – знать, где находится противник, в каком количестве, каковы его намерения. Собрав эти сведения, проанализировав их (ибо нередко это были противоречивые известия), Ушаков к началу операции знал больше о противнике, чем тот о нем.
Одна из главных задач, которая ставилась перед флотом, – не допустить высадки турецких десантов на побережье Крыма. Ф. Ф. Ушаков вел систематическую разведку, используя фрегаты и мелкие быстроходные суда. Ему удалось своевременно обнаружить сосредоточение десантных сил в Анапе. В начале июня русские корабли атаковали турецкие суда, стоявшие под защитой береговых батарей. Однако сжечь турецкую эскадру не удалось из-за отсутствия бомбардирских судов и брандеров.
Правильно определив место и время высадки турецкого десанта, адмирал Ушаков 2 июля 1790 года вывел эскадру из Севастополя. Русская эскадра, заняв удобную позицию, встала на якорь недалеко от Керченского пролива. В составе эскадры было 10 линейных кораблей, 6 фрегатов и около 20 вспомогательных судов (всего 860 орудий).
Ф. Ф. Ушаков не ошибся в своих расчетах. Утром 3 июля со стороны Анапы показался турецкий флот под командованием капудан-паши Хусейна. В его составе было 10 линейных кораблей, 8 фрегатов и 36 вспомогательных судов с десантом (всего 1100 орудий). Турецкие корабли двигались наветренным курсом и в полдень атаковали русскую эскадру, снявшуюся с якоря.
Ушаков разгадал намерения турок. Он усилил свой авангард и создал из нескольких быстроходных фрегатов тактический резерв для использования по обстановке. Подпустив неприятеля на близкое расстояние, русские корабли открыли сокрушительный орудийный огонь, сосредоточив его на флагманском судне противника.