Этнические польские земли остались под оккупацией Германии. Западная Украина и Западная Белоруссия с населением 12 миллионов человек отходила Советскому Союзу. После этого «в порядке дружественного обоюдного согласия» началось освоение приобретенных территорий. Германия свою часть Польши объявила генерал-губернаторством. Политбюро ЦК ВКП(Б) приняло 1 октября программу советизации западных областей, которая стала неукоснительно осуществляться.
С приходом Красной Армии в Бресте было создано Временное управление — орган власти, который занимался политико-административными, хозяйственными и культурными вопросами. В его состав входили члены Коммунистической партии Западной Белоруссии, представители местного населения и военные. Однако решающую роль в новом аппарате управления играли уполномоченные, прибывшие из восточных районов. Избранное 22 октября Народное собрание Западной Белоруссии провозгласило советскую власть и обратилось с просьбой о включении ее в состав Советского Союза. 1–2 ноября Верховный Совет СССР просьбу удовлетворил.
4 декабря 1939 г. Брест стал одним из областных центров БССР. Одновременно были сформированы областные и городские органы исполнительной власти.
С первых недель установления советской власти в западных областях началась унификация государственного строя и управления, осуществляемая ударными темпами и жесткими командными методами. Были приняты законы о национализации крупной промышленности и банков, на практике допускавшие изъятие мелких ремесленных мастерских и частных домов. Помещичья земля была конфискована, ликвидированы осаднические хозяйства. Эти мероприятия вызывали различную, часто прямо противоположную реакцию, разных общественных слоев и национальностей. Например, раздел земли и национализация крупной промышленности получили одобрение значительной части белорусского населения. Грубые административные действия против церкви и духовенства провоцировали протесты.
Прибывшие вслед за войсками органы НКВД начали аресты крупных чиновников, капиталистов и земельной аристократии. Затем в соответствии с теорией классовой борьбы наступила очередь военных, полицейских, польских поселенцев, «кулаков», деятелей культуры. Одним из первых объектов на территории Брестской крепости, введенных в: строй и заработавших с полной нагрузкой, стали знаменитые «Бригитки». Весной 1940 г. репрессивными органами новой власти при поддержке местных активистов была начата операция по депортации осадников, бывших работников польской администрации, прочих «враждебных элементов» и их семей. По подсчетам современных историков, в 1939–1941 гг. в регионе было репрессировано 10 % населения всех национальностей. Последний эшелон с депортированным отправился из Бреста 21 июня 1941 г.
Армии Белорусского фронта образовали Белорусский военный округ, преобразованный И июля 1940 г. в Западный Особый военный округ. На границе встали 3, 10 и 4-я армии, получившие статус армий прикрытия. Их задачей, согласно военной доктрине, было, опираясь на укрепленные районы, не допустить вражеского вторжения на варшавско-минском направлении и обеспечить мобилизацию и развертывание главных сил Красной Армии. Для выполнения этой задачи нужно было провести огромные по объему работы по подготовке театра военных действий, созданию условий для боевой подготовки и обеспечению боевой готовности войск.
Осенью 1939 г. в округе и в Генеральном штабе разрабатывались варианты постройки укрепленных районов в приграничной зоне. Командование Белорусского округа предложило два варианта: первый — возвести линию укрепленных районов вдоль государственной границы; второй — по рубежу реки Неман, с включением в систему обороны фортификаций крепостей Гродно и Осовец. Второй вариант с чисто военной точки зрения давал ряд преимуществ: укрепленные районы строились вне поля зрения противника, 25–50-километровая полоса местности позволяла создать перед позициями мощное предполье, что обеспечивало задержку продвижения противника и выигрыш во времени для занятия войсками армий прикрытия основных рубежей оборбкы. Однако утвержден был вариант постройки УРов с передним краем по линии государственной границы. В советской историографии этот факт так и не получил вразумительного объяснения. По мнению бывшего начальника штаба армии M. Сандалова: «Решающее влияние на принятие решения о постройке укреплений вдоль новой государственной границы оказала господствовавшая в то время доктрина «ни одного вершка своей земли не отдадим никому», понимаемая высшими военными руководителями в буквальном смысле».
Поскольку в Западной Белоруссии никогда не было такого количества войск, первое время места дислокации советских частей определялись прежде всего наличием казарм и подсобных помещений. В районе Бреста с его «богатейшим казарменным фондом» находились основные силы 4-й армии под командованием комкора В.И. Чуйкова в составе трех стрелковых дивизий и одной танковой бригады. Непосредственно в городе и крепости разместились 6-я Орловская Краснознаменная и 55-я стрелковые дивизии. Зимой 1939/40 г. войска армии главным образом налаживали размещение личного состава и создавали условия для боевой подготовки, т. е. строили конюшни, склады, аэродромы, артиллерийские полигоны, стрельбища, танкодромы и т. п.
Летом 1940 г. началось строительство 62-го Брестского укрепленного района, для чего были привлечены все саперные части 4-й армии и 33-й инженерный полк окружного подчинения. Руководство работами осуществляло 74-е управление начальника строительства. Строительные материалы привозились из Слуцкого и Барановического (бывшего польского) укрепленных районов.
Вынос знамени 125-го стрелкового полка. Осень 1940 г. 165
Долговременные сооружения возводились по восточному берегу Западного Буга непосредственно вдоль границы на виду у немецких пограничных застав. Бетонированные точки и дзоты первой позиции просматривались с немецких наблюдательных пунктов. Причем взаимное расположение укрепленных районов и районов дислокации войск не обеспечивало в случае внезапного нападения противника своевременного занятия укреплений не только полевыми частями, но и специальными уровскими подразделениями. Полоса предполья, вследствие того что сооружения строились по берегу реки, не создавалась. Глупо звучит, но подобное расположение дотов не позволяло даже произвести пристрелку или учебную стрельбу из смонтированных в них орудий. Все вкупе придавало «линии Молотова» бутафорский характер.