Скорцени прибыл в штаб Гиммлера в Пренцлау только в 20.30. От адъютантов рейхсфюрера он узнал о гневе Гиммлера в связи со своим опозданием. Он приказал доложить о себе и, войдя к Гимлеру, услышал в свой адрес длинную тираду, прерывавшуюся возгласами: "Заставить меня ждать четыре часа! <…> Невероятная наглость! <…> Это явное неподчинение! <…> Разжалую! <…> Полевой суд!.." Скорцени с трудом удалось успокоить Гиммлера и оправдаться, после чего рейхсфюрер пригласил его на ужин. После ужина "человек со шрамами" вернулся в Шведт.
Со слов Скорцени, в февраля 1945 года у него произошел конфликт еще с одним из бонз Третьего рейха — с Мартином Борманом. Обстоятельства этого конфликта таковы. В первые числа февраля к нему из партийной канцелярии пришло требование найти и вывезти с оставленной немцами территории в районе Тшциньско-Здруй важные партийные документы, которые были оставлены там бежавшими партийными чинушами. Скорцени достаточно резко отказал Борману, заявив, что не собирается терять своих людей. Борман сильно разозлился на Скорцени, а после казни струсившего партийного функционера просто его возненавидел. В партийной канцелярии считали, что Скорцени не имел нрава предавать горе-командира военно-полевому суду, так как он находился в юрисдикции суда партийного. Но в последние месяцы войны мнение ранее могущественного Бормана уже мало кого интересовало.
Между тем Грабов переходил из рук в руки. После немецкой контратаки подразделения Скорцени посетил находившийся поблизости рейхсмаршал Герман Геринг. Они вместе посетили позиции защитников Одера.
28 февраля 1945 года Скорцени вызвали в ставку Гитлера. Постаревший Гитлер вручил Скорцени дубовые листья к Рыцарскому кресту и поблагодарил за оборону Шведта. Это была последняя встреча двух нацистов. 3 марта 1945 года Шведт был эвакуирован немецкими войсками. Скорцени в него более не возвращался. Несколько недель обершгурмбаннфюрер Скорцени провел в разрушенном вражескими налетами Берлине, посещая своих друзей и знакомых…
В марте 1945 года Скорцени получил новое задание — уничтожить мост Людендорфа в Ремагене. Как и прежде, другие службы не смогли выполнить уничтожение моста. Скорцени самолетом из Вены направил группу боевых пловцов под командованием унтерштурмфюрера СС Шрейбера на Запад. 17 марта пловцы из Фриденталя вошли в воду, температура которой не превышала 7 °C. Диверсанты были снабжены уже знакомыми нам мини-торпедами. Плывя к мосту, немцы выяснили, что союзники навели рядом с мостом еще два понтонных моста, т. е. взрыв не дал бы ожидаемых последствий даже при полном уничтожении моста Людендорфа. Диверсанты взорвали последний и двинулись к одному из понтонных мостов, но были обнаружены — один был убит, двое погибли от переохлаждения, а остальные были пленены.
Наряду с развертыванием осенью 1944 года истребительных частей СС, в Германии началось создание партизанских частей по аналогии с добровольческими корпусами межвоенного периода, правда, в этот раз инициатива исходила от государства, а вернее — от СС. Почти одновременно обергруппенфюреры СС Карл Хидьдебрандт и Ганс-Адольф Прютцман обратились к Гиммлеру с предложением образовать партизанские отряды. После согласования этой инициативы родилась организация "Вервольф" ("Оборотень"). Если истребительные соединения СС были полноценными воинскими частями, "Оборотни" должны были стать полулегальной организацией. Для руководства созданием и подготовкой "Оборотней" было образовано т. н. "бюро Прютцмана". Начальником штаба бюро стал штандартенфюрер СС Карл Чирши, одновременно возглавлявший организацию "Цеппелин". По мнению ряда исследователей, Чирши сильно повздорил с Отто Скорцени.
Руководство Третьего рейха возлагало большие надежды на участие людей "человека со шрамами" в обучении "Вервольфа", а потому ссора двух эсэсовцев была более чем некстати.
В задачи "Вервольфа" входили теракты против оккупационных сил, лидеров союзных армий и их немецких пособников, саботаж в тылу союзных войск, отслеживание передвижений союзных войск. Бюро развило бурную деятельность по подготовке партизан. Некоторое количество немцев было направлено в диверсионные школы Скорцени. Офицеры истребительных частей СС были направлены в качестве инструкторов в различные территориальные подразделения "Вервольфа". Сам Скорцени был привлечен к инспектированию этих формирований. Таким образом, дуализм ситуации существенно осложнил сосуществование и взаимодействие истребительных соединений СС и "Вер-вольфа". Тогда кто-то из руководителей СС предложил разделить районы действия — Скорцени руководил действиями за пределами Германии, а Прютцман — внутри Германии.
16 сентября 1944 года Гиммлер подписал приказ "За организацию и руководство движениями во Франции, Фландрии, Валлонии, Финляндии, на оккупированном Востоке (также в будущем в Эстонии, Латвии и Литве), Румынии, Тран-сильвании, Болгарии и Греции и на всех других иностранных территориях, оккупированных врагом ответственно Главное управление имперской безопасности (РСХА). В Дании и Норвегии движения Сопротивления подготовлены". В соответствии с этим приказом VI управление РСХА и Скорцени стали ответственными за подготовку партизанской войны.
Стоит сказать, что в этом направлении служба Скорцени начала работать еще в 1943 году. С середины 1943 года руководство РСХА начало работу по созданию диверсионных частей на территории Западной Европы. В отличие от Восточного фронта, где РСХА создало предприятие "Цеппелин", на Западном фронте единой структуры для руководства диверсионно-разведывательной деятельностью создано не было. Различные диверсионные подразделения СС формировались независимо друг от друга, но находились в подчинении у Скорцени. После высадки союзников в Нормандии агентура РСХА и различные воинские формирования СД получили приказ осесть в тылу наступающих англо-американцев и начать партизанскую войну. К концу войны чины и формирования войск СС и СД, действовавшие в тылу союзников, получили собирательное название "коричневые маки". На территории Германии было образовано три диверсионные школы для обучения французов — две подчинялись немцам (в Фрайбурге и Штеттине) и одна французам. В VI управлении был создан реферат "коричневых маков". В состав реферата входила 4 офицера, его главой являлся оберфельдрихтер[49] доктор Шон, ранее возглавлявший расследование в отношении адмирала Канариса и абвера. Стоит упомянуть и движение "белых маков", стихийно образовавшееся во Франции и боровшееся против голлистов.
