27 января 1943 года Черноморская группа войск начала операцию по освобождению Новороссийска и Тамани. В этой операции Черноморскому флоту предстояло огнем корабельной артиллерии способствовать наступлению сухопутных войск под Новороссийском и высадить десант в районе Южной Озерейки, чтобы совместно с 47-й армией освободить Новороссийск. Флоту также предстояло обеспечить морские перевозки вдоль кавказского побережья и прервать неприятельские морские коммуникации [177] .
С конца 1942 года Басистый участвовал в разработке плана высадки десанта под Новороссийском. Он высказывался против десанта у Южной Озерейки, в 30 километрах от Новороссийска, где бухта была открыта для штормов. Вместе с Л.A. Владимирским моряк предложил организовать основную высадку в Станичке, вблизи города [178] . Однако был избран вариант, предложенный штабом флота.
В ночь на 1 февраля отряд кораблей эскадры обстрелял позиции противника под Новороссийском. Но и эта поддержка не помогла войскам 47-й армии прорвать линии обороны неприятеля. Чтобы помочь наступающим, командующий Закавказским фронтом приказал высадить десант ранее, чем войска вышли на запланированные рубежи. Главные силы высаживали у Южной Озерейки, а вспомогательный десант – у Станички, на Суджукской косе. Отряд огневого содействия десанту возглавил вице-адмирал Л.A. Владимирский. Н.Е. Басистый командовал высадкой, в том числе отрядом огневой поддержки из 2 старых эсминцев, 3 канонерских лодок, тральщика и 4 сторожевых катеров. Флаг Басистый поднял на эсминце «Незаможник». Ему предстояло со своим отрядом высадить первый эшелон десанта в районе Южной Озерейки и поддержать его огнем. Высадку намечали на 1.00 4 февраля. Первым вышел из Батуми отряд огневого содействия. Отряд корабельной поддержки выступил из Геленджика вечером 3 февраля. Флагманский «Незаможник» шел во главе отряда. Басистого беспокоили маломореходные суда с десантом. 3 тральщика буксировали плашкоуты-болиндеры с танками. 3 малых буксира, 10 сторожевых катеров, 5 сейнеров, 6 баркасов имели разные скорости и на волнении двигались медленно. Они не успевали подойти к Южной Озерейке вовремя, и Басистый радировал Владимирскому и Октябрьскому с просьбой перенести время высадки. Около полуночи, когда отряд приближался к цели, Владимирский получил просьбу командира высадки отложить начало операции на 1,5 часа. Разномастные суда с десантом не успевали к сроку. Владимирский сообщил об этом командующему флотом, но Октябрьский не изменил план. Корабли маневрировали в море, а авиация нанесла удар по плану. Из-за того, что самолеты-корректировщики улетели ранее, чем отряд огневого содействия открыл огонь, стрельба оказалось малоэффективна. После ухода отряда огневого содействия основная тяжесть легла на корабли Басистого. Противник, предупрежденный авиационным налетом и обстрелом, оказал в районе Южной Озерейки упорное сопротивление. Условия местности позволяли противнику простреливать участок высадки десанта из орудий, расположенных на обратных скатах высот, не доступных для артиллерии эсминцев. Высадили к 6.00 только часть войск. В 6.20 по приказу командира высадки отряд корабельной поддержки начал отход. Десант у Станички, высаженный по плану, прошел успешно, и со временем занятый им плацдарм стал Малой Землей. А войска, высаженные в районе Южной Озерейки, почти все погибли в боях с противником [179] .
Увидев опасность потерять высаженные войска, Басистый принял решение отказаться от продолжения высадки у Южной Озерейки и возвращаться. 6 февраля он с отрядом выступил в море и успешно высадил у Станички 255-ю бригаду морской пехоты. Однако к этому времени противник уже укрепился, и взять Новороссийск не удалось. Позднее на Малую Землю перевезли войска, составившие 18-ю десантную армию [180] .
После неудачи десанта в Москве решили сменить Ф.С. Октябрьского во главе Черноморского флота. 10–28 марта флотом временно командовал Н.Е. Басистый. После на пост командующего вступил Л.A. Владимирский [181] .
Приказом наркома ВМФ Н.Г. Кузнецова от 9 апреля 1943 года контр-адмирала Н.Е. Басистого назначили командующим эскадрой [182] . В марте-апреле 1943 года он был начальником штаба эскадры Черноморского флота. 23 апреля 1943 года флагмана произвели в вице-адмиралы. В апреле-мае 1943 года Басистый исполнял обязанности начальника штаба Черноморского флота. Затем он стал командующим эскадрой кораблей Черноморского флота, которой командовал с мая 1943 по ноябрь 1944 года. Эскадра артиллерией поддерживала фланги войск в обороне военно-морских баз, обеспечивала и проводила высадку оперативных и тактических десантов, защиту морских коммуникаций, уничтожала транспортные средства противника в море. По поручению командующего флотом Басистый организовал подготовку и осуществил захват кораблей румынского военно-морского флота в Констанце. Из состава эскадры 3 корабля получили звание гвардейских, 6 были награждены орденом Красного Знамени. С ноября 1944 по январь 1945 года Басистый являлся начальником штаба флота, с января по апрель 1945 года вторично временно исполнял обязанности командующего Черноморским флотом. С апреля 1945 года он вернулся на должность начальника штаба флота и занимал ее до осени 1948 года. С ноября 1948 по август 1951 года Басистый командовал Черноморским флотом. 11 мая 1949 года его произвели в адмиралы [183] .
В 1946–1950 годах моряки Черноморского флота напряженно учились в море. Осенью 1948 года на флоте проводили большие учения с участием сухопутных войск и авиации. В сентябре 1949 года под руководством Басистого успешно прошло тактическое учение флота во взаимодействии с войсками Одесского военного округа и авиацией [184] .
С августа 1951 года адмирала назначили первым заместителем военно-морского министра (с 3 апреля он был первым заместителем главнокомандующего ВМФ). В ноябре 1956 года моряк был назначен заместителем главнокомандующего по военно-научной работе, в июне 1958 года – военным инспектором-советником Группы генеральных инспекторов Министерства обороны СССР. С сентября 1960 года моряк оказался в отставке [185] .
В отставке адмирал взялся за перо. Из печати вышло несколько его работ: Басистый Н.Е. В боях с белогвардейцами и интервентами на Волге (1918–1919 гг.) // Морской сборник. 1968. № 2. С. 25–31; Он же. Море и берег. М.: Воениздат, 1970; Он же. Незабываемое бывает // Москва. 1970. № 5. С. 171–172.
С 1952 по 1956 года Н.Е. Басистый являлся кандидатом в члены ЦК КПСС. Дважды его избирали депутатом Верховного Совета СССР [186] .
За службу Басистый был награжден 2 орденами Ленина (1942, 1945), 4 орденами Красного Знамени (1937, 1944, 1945, 1948), орденом Ушакова II степени (1944), Кутузова II степени (1945), медалями, американским орденом Морской крест (1943). Скончался Николай Ефремович Басистый 20 октября 1971 года в Москве [187] . Похоронили его на Новодевичьем кладбище, на 15-м месте 2-го ряда 8-го участка, вместе с женой, Тамарой Иосифовной Басистой (1904–1960) [188] .