Подготовка к юбилею началась более чем за год. Специально учрежденный Комитет по созданию Музея 1812 года стал собирать экспонаты, связанные с Отечественной войной 1812 г., на Чистых прудах было построено здание для панорамы Ф. А. Рубо "Бородино", открылась для посетителей Кутузовская изба в Филях, а в селе Горки Можайского уезда, по дороге из Москвы на Бородино, был сооружен памятник М. И. Кутузову. Любопытно заметить, что для этого В. Ф. Джунковский за свой счет выкупил у местных крестьян сажень земли в свою собственность, и, таким образом, памятник великому полководцу установлен на земле В. Ф. Джунковского.
В. Ф. Джунковский был главным устроителем Бородинских торжеств. Он наблюдал за сооружением памятников воинской славы на Бородинском поле, строительством дорог и специальной железнодорожной ветки для царского поезда, реконструкцией вокзала, размещением многочисленных делегаций от воинских соединений, принимавших участие в военном параде, депутаций от всех губерний России, заботился об организации их питания, медицинской помощи и проч. Немало сил он потратил на сооружение Музея 1812 года в Инвалидном домике, на благоустройство и украшение всех мест, где проводилось празднество, и, наконец, он обеспечивал безопасность императора, царской семьи и многочисленных высокопоставленных гостей. Во время Бородинских торжеств В. Ф. Джунковский неотлучно находился при императоре, и Николай II по заслугам оценил проделанную им работу и одобрил умелую организацию охраны, которая не мешала царю общаться с народом.
Деятельность В. Ф. Джунковского на губернаторском посту была замечена и высоко оценена императором еще раньше: в 1908 г. он был произведен в генерал-майоры (флигель-адъютантом Свиты B. Ф. Джунковский состоял с весны 1905 г.). Исполняя свои свитские обязанности, В. Ф. Джунковский часто приезжал на дежурства в Петербург, имел свидания с Николаем II и заслужил его расположение. Eгo приглашали к царскому столу запросто, без посторонних и без официальных церемоний. Здесь, во время бесед за чайным столом, Владимир Федорович имел возможность лучше и ближе узнать Николая II и проникся к нему искренней любовью. Императорская чета отвечала ему симпатией и любезным вниманием. Успех Бородинских торжеств отразился на карьере и судьбе В. Ф. Джунковского. 23 января 1913 г. он был назначен на пост командира Отдельного корпуса жандармов и товарища министра внутренних дел, "курирующего", как мы теперь сказали бы, всю политическую полицию империи.
Отдельный корпус жандармов входил в состав Министерства внутренних дел, и министр внутренних дел считался шефом Корпуса. Корпус жандармов (в начале 1913 г. он насчитывал 12 700 человек) был специальным воинским формированием, военные чины которого составляли основу штата жандармско-полицейских учреждений Российской империи. Согласно "Положению о мерах к охранению государственного порядка и общественного спокойствия" от 14 августа 1881 г. во главе Корпуса стояли командир и штаб с отделениями разного назначения. При этом офицеры Отдельного корпуса жандармов, составляющие штат губернских жандармских управлений, охранных отделений, розыскных пунктов, в своей политической и розыскной работе подчинялись Департаменту полиции Министерства внутренних дел. Во главе этого департамента стоял директор, который назначался министром внутренних дел и находился в непосредственном подчинении товарища министра, заведовавшего полицией. В 1913 г., когда В. Ф. Джунковский вступил в должность, министром внутренних дел был незадолго до того назначенный Н. А. Маклаков, а директором Департамента полиции C. П. Белецкий.
Главной задачей Корпуса жандармов, как следует из Положения 1881 г., была охрана государственного порядка и, вместе с ведомством дворцового коменданта, особы императора, членов императорской семьи и высших должностных лиц государства. Для предупреждения и искоренения всяких посягательств на то и другое в каждой губернии существовали жандармские управления, к которым впоследствии прибавились охранные отделения в С.-Петербурге, Москве, Варшаве, а затем и в других крупных городах. В 1907 г. по инициативе директора Департамента полиции М. И. Трусевича были созданы районные охранные отделения (по одному на несколько губерний). Кроме того существовали розыскные пункты и жандармско-полицейские управления железных дорог. Каждое из этих учреждений вербовало секретных агентов, организовывало наружное наблюдение, пользовалось перлюстрацией писем и нередко не брезговало ни провокацией, ни шантажом. Финансировалась эта работа, помимо бюджетных средств, еще и из секретного фонда Министерства внутренних дел, подотчетного лишь самому министру.
Познакомившись с деятельностью своего нового ведомства, В. Ф. Джунковский в первом своем приказе по Корпусу жандармов 6 февраля 1913 г. напомнил своим подчиненным слова императора Николая I, сказанные А. X. Бенкендорфу при учреждении Корпуса жандармов в 1827 г., как "священный завет милосердия, призывавший осушать слезы несчастных" 7. При этом В. Ф. Джунковский выразил надежду, что в офицерской среде Корпуса он встретит "те качества, которыми гордится русская армия, — а именно — дух товарищества, взаимного доверия и благородного прямодушия в отношении к начальникам, друг к другу и к подчиненным" 8.
Яркое и необычное выступление на полицейском поприще нового руководителя вызвало живейший интерес и резонанс во всех кругах общества. В своих воспоминаниях В. Ф. Джунковский подробно и с юмором описывает, как пытались залучить его в свой стан крайние монархисты во главе с князем В. П. Мещерским, приводит отклики оппозиционной прессы, одобрительные и недоверчивые.
Так, П. П. Рябушинский писал в своей газете "Утро России", что "истинно порядочный человек в частной жизни, В. Ф. Джунковский всецело перенес эту порядочность в область служебных отношений", а это явление "в России редкостное" 9. Другой журналист из той же газеты, И. Лопатин, со скептицизмом замечал: "…мы, обыватели, пытаемся угадать, кто кого раньше переделает на свой лад: жандармы своего начальника или начальник — жандармов"10.
В консервативных кругах приход В. Ф. Джунковского в Министерство внутренних дел встретили с большой настороженностью и опаской. Наиболее ярко это отразилось в переписке Д. А. Хомякова с К. Н. Пасхаловым, который для черносотенцев был патриархом и теоретиком одновременно. В своем письме Д. А. Хомяков заметил, что назначение В. Ф. Джунковского "заставляет почесать затылок", поскольку "очень уж ненадежный этот господин, хотя и любимец публики". К. Н. Пасхалов согласился с тем, что выбор "Джунковского в начальники всероссийской полиции действительно побуждает не только устремиться к затылку, но и душу направиться в пятку" 11.