Среди первых семи профессоров только что открывшегося университета Владимир Дмитриевич оказался самым молодым – ему исполнился только 31 год, но это не помешало ему сразу же продемонстрировать свои недюжинные организаторские способности, умение убеждать в необходимости принятия того или иного важного решения. Его личная распорядительность и оперативность в доставке оборудования позволили в кратчайшие сроки, уже в конце сентября 1909 года, начать чтение курса физики не «мелового», как говорится, а экспериментального, с демонстрацией всех необходимых опытов.
В. Д. Зёрнов вошёл также в состав строительной комиссии по возведению собственных зданий университета, после чего главным делом его стала забота о Физическом институте, строительство которого началось 30 апреля 1911 года: «Сегодня, – извещал Владимир Дмитриевич жену, – начали земляные работы по институту. […] Начали стройку с первой весенней грозой и дождём. Мюфке говорит – это хорошо: „Святой водой начало работ окроплено”»{26}.
Строительство завершилось в конце 1913 года. В. Д. Зёрнов чувствовал себя самым счастливым человеком: «Институт готов. Вот всё, что мне надо. А институтом я очень доволен. Такой он симпатичный. Мне кажется, он симпатичнее всех зданий, или уж оттого, что мой»{27}.
Здесь же, в Саратове, застали В. Д. Зёрнова и революционные события 1917 года. Он с огромным воодушевлением встретил Февральскую революцию и падение самодержавного строя, но довольно прохладно отнёсся к событиям Октября, не в силах, подобно многим другим представителям старой «буржуазной» интеллигенции, адекватно воспринять идею пролетарской диктатуры. Однако, несмотря ни на какие, даже самые невероятные, перипетии социально-экономической и политической жизни, он продолжал добросовестно исполнять свои обязанности. Возглавив с 5 сентября 1917 года открывшийся в Саратовском университете по решению Временного правительства физико-математический факультет, он старательно собирал для него научно-преподавательский состав: пригласил многих талантливых ученых – физиков и математиков, чьи имена впоследствии прославили отечественную науку: С. А. Богуславского, И. И. Привалова, В. В. Голубева и других.
28 сентября 1918 года В. Д. Зёрнов был избран ректором Саратовского университета. Его ректорство выпало на исключительно тяжёлые в организационном и хозяйственном отношениях годы, проходило в обстановке братоубийственной гражданской войны и полной дестабилизации социально-правовых механизмов, под постоянным нажимом местной администрации, слепо исполнявшей любые распоряжения и предписания новой власти. И только благодаря редкому умению искать и находить приемлемые для всех решения с ролью «первого революционного ректора», на долю которого выпала «ответственная и благодарная задача – преобразовать высшее учебное заведение с одним факультетом в полный университет», Владимир Дмитриевич, по признанию его сослуживцев, «справился с исключительным тактом и успехом, подобрав квалифицированный состав профессоров и преподавателей, наладив учебную и научную работу и организовав сложное хозяйство в тяжёлые годы послевоенной разрухи. Благодаря усилиям Владимира Дмитриевича новый Саратовский университет быстро занял видное место среди высших учебных заведений молодой Советской Республики»{28}.
Вот как вспоминал о том времени сам В. Д. Зёрнов: «Несмотря на очень большие хозяйственные затруднения и сложные взаимоотношения с администрацией, мне удалось без всяких компромиссов довольно благополучно вести университетский корабль, охраняя его независимость, с одной стороны, и не впадая в особые конфликты с общей администрацией, с другой.
[…] За 1919–1920 годы произошли большие изменения в жизни университета: в состав Правления и Совета вошли представители студенческих и городских организаций. Все это совершалось довольно болезненно, но мне удалось провести эти революционные новшества без скандалов и удерживать руководящую роль за основным Советом и Правлением, состоящим из профессоров.
С городскими и губернскими властями – горисполкомом, губисполкомом – отношения были корректные, как между союзными великими державами, а с губоно, пожалуй, даже дружественные…»{29}.
Неожиданную черту в деятельности В. Д. Зёрнова на посту профессора и ректора Саратовского университета подвёл нелепый и трагический случай – арест учёного Саратовской губчека 9 марта 1921 года по подозрению «в контрреволюционной пропаганде». При обыске, проведённом в его квартире 8 марта, «каких-либо документов в качестве вещественных доказательств не изымалось»{30}, тем не менее он был взят под стражу и отконвоирован в губернскую тюрьму № 3, где к тому времени находилось уже немало представителей саратовской интеллигенции. Скоро выяснилась и непосредственная причина ареста. Ею оказалась лекция на тему «Рассеяние энергии и разумное начало в мироздании», с которой «в период с декабря 1920 по март 1921 года Зёрнов В. Д. „по приглашению коллектива верующих кафедрального собора“ трижды выступал перед прихожанами…»{31}.
Вспоминая об этих выступлениях и характеризуя содержание самих лекций, Владимир Дмитриевич писал: «Говорил я прежде всего о том, что наука и вера – две вещи совершенно различные и что естественно-историческая наука не занимается доказательствами бытия Божия, но и не отрицает разумного начала мира. Говорил также о том, что можно вечное бытие мира рассматривать как результат промысла Божия, что многие великие учёные естествоиспытатели были искренно верующими людьми. А закончил я такой мыслью: верующий имеет преимущество перед неверующим – ему легче жить, легче и умирать»{32}. Однако, как верно подметил работавший в те годы в Саратовском университете преподавателем английского языка А. В. Бабин, «это утверждение было опасно для Советской Республики, и лекторы были брошены в тюрьму»{33}.
Важно заметить, что В. Д. Зёрнов никогда и ни при каких обстоятельствах не скрывал своего положительного отношения к вере и религии. Не отказался он от своих убеждений и после ареста. На допросе 31 марта 1921 года Владимир Дмитриевич открыто заявил следователю: «Религию препятствием к осуществлению коммунизма не считаю, в том лишь случае, если её понимать правильно, т. е. как усовершенствование личности. Религия связывает нравственность человека, а потому наука без религии будет однообразна и поведёт к падению нравственного облика человечества. Утверждаю, что мои лекции контрреволюционного характера не имели»{34}.