Но союз Тимура с правительством Ильяса-ходжи из-за раздоров между кочевниками (язычниками) и оседлыми (мусульманами) длился недолго. Судя по источникам того времени, происходили столкновения между Тимуром и узбекскими племенами, что и вызвало гнев Туклук-Тимурхана, и по его приказанию Тимур должен был умереть. Но приказ какими-то путями попал в руки самого Тимура. Под угрозой нависшей над ним опасности и видя возможность пленения собственными соотечественниками, он решает собрать смелых и решительно настроенных воинов, чтобы выступить против узбеков. Но когда его намерения раскрывают, он вынужден бежать за реку Амударью в сопровождении своего воинского отряда в 60 человек, чтобы укрыться в Бадахшанских горах. Находясь в таком плачевном положении, Тимур начинает скитаться по туркестанским степям, возя с собой свою первую жену, сестру эмира Хусейна, в ожидании счастливого поворота судьбы.
Во время этих странствий он попадает на земли, владелец которых, Али-бек, желая угодить Ильясу-ходже, берет Тимура в плен. Будущий великий эмир оказывается заточенным в подземелье, а точнее в колодце, кишащем насекомыми, в котором вместе со своей женой он проводит, по разным сведениям, от 50 до 62 дней. После чего один из преданных ему людей освобождает его из заточения. Тимур (не будем пока вспоминать о движущих им корыстных мотивах), умеет помнить добро и быть благодарным за верность: позднее этот человек станет министром при его дворе. Во время заточения Тамербек дает себе слово никогда и никого не брать под арест, прежде чем лично не разберется в его деле и не убедится в необходимости и заслуженности подобной меры наказания.
В итоге всех этих перипетий Тимур, сопровождаемый двенадцатью оставшимися воинами, отправляется бродить по степям. Со временем его отряд начинает пополняться, и, укрепив свои силы, Тимур заключает военный союз с правителем Балха и Самарканда эмиром Хусейном. Через несколько месяцев их совместный отряд оказывается в Сеистане. Именно там Тимур получает ранение стрелой в руку, отчего у него на правой руке кости неправильно срастаются, и в правую ногу, которая становится короче левой из-за того, что кость бедра срослась с коленной чашечкой. С тех пор его стали называть – Тимур-Ленгом, или Хромым Тимуром. Интересен факт, что в память Тимура навсегда впечатался образ ранившего его человека и много лет спустя, в 1383 году, в Сеистане, вновь повстречавшись с ним, Тамерлан приказал расстрелять виновника своего увечья из луков.
В 1364 году под натиском войск Хусейна монголы Ильяса-ходжи вынуждены были очистить страну. Хусейн становится правителем Мавераннехра, Тимур возвращается в Кеш. Через два года Тимур восстает против Хусейна и бежит из страны, а еще через два – мирится с ним и получает Кеш обратно.
Несмотря на подобные передряги, время с момента женитьбы Тимура на сестре Хусейна и до 1365 года можно считать периодом наибольшей близости двух воителей. Последующие же пять лет разделили их окончательно, и даже родственные отношения не смогли этого предотвратить.
Ненавидевший Хусейна, а теперь и примкнувшего к нему бывшего советника своего сына, Туклук-Тимурхан не оставляет мысли о мести. Он отправляет к Тимуру тысячный отряд, но тот, попав в хорошо устроенную засаду, почти полностью истреблен. Уже в первых серьезных вооруженных столкновениях ясно видно, насколько правильна позиция Тимура в отборе людей для своего отряда, сколь богатый урожай приносит она в реальных условиях. Зная, что рано или поздно, но выяснение отношений между ним и Ильясом-ходжой непременно состоится, Тимур старается всеми своими действиями приобрести как можно больше сторонников, что ему с успехом удается. Источники говорят, что еще до союза с Хусейном отряд Тимура с 12 оставшихся после бегства от Ильяса-ходжи вырос до 2000 человек. Но даже таких сил было недостаточно для того, чтобы дать достойный отпор вражеской армии, насчитывавшей до 100000 воинов. Поэтому Тимур идет в Кандагар, новыми подвигами увеличивая число своих сторонников, среди которых уже было немалое количество представителей высших сословий. В дальнейшем Амир Тимур скажет, что таким успехом он обязан справедливому и беспристрастному отношению к людям, благодаря чему он «приобретал благосклонность созданий Божьих», что «мудрой политикой и строгой справедливостью» он «удерживал своих солдат и подданных между страхом и надеждой». Скажет о том, что во имя торжества справедливости, которую считал богоугодной, освобождал угнетенных из рук гонителей, что лишь истинное правосудие управляло его решениями, приговор всегда вершился по закону и невиновный никогда не был наказан…
Стремясь завоевать сердца людей, Тимур распространял благодеяния на всех и каждого, независимо от их положения и происхождения, осыпал своих воинов подарками, откровенно сострадал низшим и обездоленным, и его великодушие обеспечивало ему всеобщую людскую привязанность. «Даже мой враг, – говорил полководец, – когда он чувствовал свою вину и приходил просить моего покровительства, получал прощение и находил во мне благодетеля и друга… и если его сердце было еще озлоблено, то мое обращение с ним было таково, что я успевал, наконец, изгладить самый след его неудовольствия».
Безусловно, эти слова слишком хорошо звучат, чтобы быть правдой. Однако в них хочется верить уже просто потому, что великому завоевателю, сохраняя при этом собственное высокое положение, удалось дожить до столь преклонного для той эпохи возраста – 69 лет, а не быть зарезанным, отравленным, удушенным или умерщвленным любым другим способом кем-нибудь из бывших друзей или нынешних врагов. Ни Александру Великому, ни Гаю Юлию Цезарю, ни большинству других мировых лидеров так не повезло…
Имея в своем отряде всего 2 ООО испытанных воинов, Тимуру все-таки пришлось принять бой и выстоять против 20-тысячной армии узбеков (не считая остальных 80000 солдат, которые находились в крепостях). И не просто выстоять, а победить, вынудив Ильяса-ходжу бежать за реку Сырдарью, и хитростью заставить засевших в гарнизонных крепостях врагов покинуть укрепления и уйти следом за своим предводителем, написав комендантам письма с соответствующим приказом от его имени.
В 1365 году вместе с эмиром Хусейном Тимур вынужден был вступить в войну с Туклук-Тимурханом и его сыном – наследником Ильясом-ходжой, который после изгнания не намерен был мириться со своим положением и с большим войском, состоящим преимущественно из узбекских воинов, отправился в Мавераннехр. На стороне Тимура выступили туркменские племена, давшие ему многочисленную конницу.
Битва, вошедшая в историю как «Джанги лой» (Грязевая битва), произошла между Чиназом и Ташкентом. В момент сражения начался сильный ливень. В образовавшейся скользкой, липкой грязи лошади теряли равновесие и падали. Хусейн и Тимур потерпели поражение, что сразу открыло дорогу на Самарканд, который не имел ни укрепленных стен, ни цитадели (кроме того, спасаясь, Хусейн немедленно вывел все свои войска, оставив таким образом население города на произвол судьбы). К счастью для жителей Самарканда, в городе в это время находилась большая группа сербедаров (сербедарское движение было широко распространено в Северо-Восточном Иране, главным образом в Хорасане и Мавераннехре). Они под предводительством Абу Бекра и Мавлян Заде, объединясь с местным населением, выступили на защиту города. Поэтому, когда Ильяс-ходжа напал на Самарканд, ему было оказано яростное сопротивление. Возможно, защитники города, несмотря на всю свою решимость, и не смогли бы удержать оборону под натиском столь мощной армии, но тут неожиданно начался мор среди лошадей противника. Из каждых четырех в живых осталась лишь одна. А что значит для воина, а тем более воина узбекского или монгольского, остаться без коня?.. Ильяс-ходжа ушел, так ничего и не добившись. Воспользовавшись этим, Хусейн и Тимур хитростью захватили город, а войдя в него, казнили всех сербедаров, не без основания видя в них угрозу своему новому «воцарению»… По просьбе Тимура жизнь подарили только Мавлян Заде (из чего можно предположить, что либо у будущего эмира уже была тесная связь с предводителем сербедарского движения, либо он строил на него некие планы: не станем забывать о том, что все благое, сделанное Тимуром, делалось исключительно для его собственного блага).