Ближайшим помощником П. И. Ягужинского, обер-прокурором Сената, стал Григорий Григорьевич Скорняков-Писарев, выдвинувшийся из среды гвардейских офицеров.
Основное внимание в своей прокурорской деятельности Ягужинский сосредоточил на контроле за повседневной работой Сената, за правильностью и законностью разрешения дел, их своевременным прохождением, порядком в Сенате и т. п. Коллегиальные решения были еще чужды сознанию самолюбивых сановников, которые не привыкли считаться с чужим мнением и уважать его, поэтому в Сенатском собрании зачастую возникали ссоры, крики, брань, а иногда и драки. В связи с этим Ягужинский вынужден был даже написать особое «предложение» Сенату, в котором просил Сенаторов воздержаться от ссор и споров, «ибо прежде всего это неприлично для такого учреждения, как Сенат».
П. И. Ягужинский довольно быстро занял ключевые позиции в государственных делах, играя по существу роль второго лица в империи после Петра I. По выражению русского историка В. О. Ключевского, генерал-прокурор становится «маховым колесом всего управления». Императора вполне удовлетворяла активная деятельность П. И. Ягужинского, и он во всем поддерживал его. Петр I не раз говорил своим приближенным: «Что осмотрит Павел, так верно, как будто я сам видел». 7 мая 1724 года, в день коронации императрицы Екатерины Алексеевны, П. И. Ягужинский был удостоен ордена Св. Андрея Первозванного.
Петр I, всегда жестоко преследовавший сановников за взяточничество и воровство, часто поручал генерал-прокурору Ягужинскому ведение розыска, то есть следствия по делам. В частности, он расследовал дело обер-фискала Нестерова, который был изобличен во взяточничестве и казнен.
Когда дело касалось интересов закона, Ягужинский не боялся противостоять даже членам царской фамилии. Об этом свидетельствует такой случай. Один из служителей царицы Прасковьи Федоровны, вдовы царя Ивана Алексеевича (брата Петра I), Деревнин как-то раз поднял и припрятал у себя оброненное фаворитом царицы Юшковым письмо. Эта пропажа очень обеспокоила царицу, так как письмо было написано ею. Вскоре Деревнин попал под подозрение и его взяли в Тайную канцелярию, где подвергли допросам. Деревнин присвоение письма отрицал, и дело продвигалось медленно, что явно не устраивало царицу. Она решила лично учинить допрос провинившемуся и однажды вечером под видом раздачи милостыни арестантам вместе со своими слугами заявилась в Тайную канцелярию. Там она подвергла колодника Деревнина самым изощренным пыткам и истязаниям. Царица самолично била его палкой, а ее слуги в это время жгли Деревнина свечами. После этого ему облили голову «крепкой водкой» и подожгли. Караульщики едва смогли сбить пламя с колодника. Боясь ответственности за содеянное царицей, которая к тому же и не думала униматься, дежурный офицер сообщил о происшествии обер-прокурору Скорнякову-Писареву, но тот отказался вмешиваться. Тогда офицер разыскал генерал-прокурора Ягужинского. Последний немедленно приехал в Тайную канцелярию. Он отобрал у царицы арестованного и велел направить его под караулом в свой дом. На требования царицы отдать ей Деревнина Ягужинский сказал: «Что хорошего, государыня, что изволишь ездить ночью по приказам. Без именного указа отдать невозможно».
В соответствии с утвержденной Петром I должностью Ягужинский обязан был «смотреть над всеми прокурорами», сидящими в коллегиях и надворных суда х, «дабы они в своем звании истинно и ревностно поступали», а все их «доношения» предлагать Сенату и «инсигновать», чтобы «по ним исполнено было».
Никаких особых личных требований для службы в прокуратуре в то время не устанавливалось. Велено было избирать их «из всяких чинов», но только лучших.
Прокуроры назначались на свои должности Сенатом по предложению генерал-прокурора, но за те или иные проступки они могли быть наказаны лишь Сенатом. Сам же генерал-прокурор и его заместитель, обер-прокурор, были ответственны только перед императором. В указе «О должности генерал-прокурора» на этот счет отмечалось: «Генерал- и обер-прокуроры ничьему суду не подлежат, кроме нашего».
Многие прокуроры сразу же развернули довольно активную работу. Они строго наблюдали за деятельностью учреждений, при которых состояли, обращая внимание на нарушения закона, волокиту, воровство и т. п. Очень интенсивно начал свою деятельность прокурор при Московском надворном суде князь Василий Гагарин. Он направил генерал-прокурору Ягужинскому несколько донесений, в которых указывал, что надворный суд не соблюдает указов о розыске преступников, отчего, по его мнению, «чинится ворам послабление», что председатель суда Тарбеев при слушании дел допускает незаконные действия. По докладу Ягужинского Сенат поручил исследовать эти нарушения президенту юстиц-коллегии Сенатору Матвееву.
Будучи приближенным к императору и пользуясь его полным доверием, Ягужинский оказывал огромную поддержку подчиненным ему прокурорам, всячески выводя их из-под влияния учреждений, при которых они состояли. При случае он находил возможным испрашивать чины и награды для прокуроров, выставляя их перед Петром I как особенно усердных, преданных и честных слуг престола.
При преемниках Петра I П. И. Ягужинский в полной мере познал как взлеты, так и падения. Во время «заговора верховников» был даже обвинен в измене и арестован, но из кратковременного заточения вышел еще более могущественным. Именным указом от 2 октября 1730 года императрица Анна Иоанновна укрепила пошатнувшуюся было прокуратуру, подтвердив, что при Сенате должны быть генерал- и обер-прокуроры, а при коллегиях и других судебных местах — прокуроры, действующие по данной им должности. И далее: «И для того ныне в Сенат, покамест особливый от нас генерал-прокурор определен будет, иметь в должности его надзирание из членов Сенатских генералу Ягужинскому, а в его дирекции в должность обер-прокурора быть статскому советнику Маслову, а прокуроры ж в коллегии и канцелярии, в которые надлежит, определяются немедленно».
Однако это была уже лебединая песня Ягужинского как генерал-прокурора. Вокруг императрицы стали возвышаться другие лица, набирал силу ее любимец Бирон. После нескольких ожесточенных схваток с ним Ягужинский, по свидетельству современников, «с радостью воспринял весть о назначении его послом в Берлин вместо ссылки в Сибирь».
В Пруссии Павел Иванович находился до 1735 года, после чего возвратился в Россию. Он получил графское достоинство и стал кабинет-министром императрицы. Продолжал Ягужинский носить и звание генерал-прокурора, хотя фактически от прокурорских дел уже отошел.
