Летопись ни слова не говорит о причинах приезда монахов, отделываясь словами «милостыни ради», которые совсем не означают, что они приехали без денег спасаться в Москву от голодной смерти. Возможно, афонских монахов призвали в Москву совсем не для разбора бесценной библиотеки, о чем говорит «Сказание», а для срочного перевода греческих церковных книг, необходимых для борьбы с популярной в то время на Руси «ересью жидовствующих». Сам Максим Грек в дошедших до нас сочинениях ни слова не упоминает ни о посещении, ни о составе библиотеки Ивана III и его жены Софьи, что в общем-то ничего не значит. О богатствах московских государей было не принято кричать на Москве направо и налево, можно было остаться без головы. Правда, Максим сам писал о том, чем почти девять лет занимался в Кремле: «По грамоте великого князя Василия Ивановича всея Руссии, его же повелением толкование псалтырное исполнено, переводы с греческого языка на руський, и иные богодухновенные книги, растленные от переписчиков, предобрейше исправил, яко же и вам, государям моим, то ведомо есть».
В XIX, да и в XX веке комментаторы перевели слова Максима при посещении им великокняжеской библиотеки как «Государь, такого богатства нет и во всей Греции!», хотя сам Грек указывал в написанном не им «Сказании» только, что книг очень много. В своих сочинениях Максим подтверждал факт существования великокняжеской библиотеки, называя ее книгохранительницей, в которой были и греческие рукописи, однако ничего не говорил о самих книгах.
В 1526 году Максим Грек неосторожно вмешался в московскую политику и был заключен сначала в подмосковный, а затем в тверской монастыри, где его держали в очень суровых условиях. Только через двадцать лет его реабилитировали и перевели в Троице-Сергиев монастырь, где он и умер в 1556 году. Великому князю Василию Ивановичу в конце жизни было не до книг. «Ересь жидовствующих» была побеждена, и переводчики ему были не очень нужны.
Великого князя очень беспокоило то, что у него не было наследника, и все его время и силы забирали скандальный развод с женой Соломонией Сабуровой и вторая женитьба на Елене Глинской, матери Ивана Грозного.
В Кремле после 1526 года Максим Грек больше не работал, однако есть свидетельства о том, что он в 1553 году в монастыре встречался с Иваном Грозным, которому, очевидно, рассказал все, что знал, о библиотеке московских государей.
Монастырские и княжеские библиотеки на Руси действительно называли книгохранительными палатами или казнами, или просто казнами, то есть помещениями, в которых можно было надежно хранить ценности, в том числе книги и архивы. Либерее Ивана Грозного предстояло пережить два страшных пожара Москвы XVI века, и она в них не сгорела, надежно спрятанная под толстыми многометровыми церковными сводами.
«Царственная книга» так писала о страшном пожаре 21 июня 1547 года: «И обратилась буря на град, и загорелся в граде у соборной церкви Пречистой верх, и на царском дворе великого князя кровля, и избы деревянные, и палаты, украшенные златом, и казенный двор с царской казной, и церковь на царском дворе у казны Благовещения златоверхия, в которой деисус письма Андрея Рублева златом обложен, и все с казной великого царя, и оружничья палата, и постельная палата, и конюшня царская, и погреба на царском дворе выгорели все».
Погреба в 1547 году выгорели, но подвалы нет, и ценности были спасены.
В 1571 году Москва была сожжена подошедшей к ней ордой крымского хана Девлет-Гирея, но Кремль в этот раз не пострадал. Еще по приказу Ивана III Кремль от посада был отделен большой площадью, которая позднее стала называться Красной, и огонь от горевшего города на подготовленный к обороне Боровицкий холм дотянуться не смог.
Очень много разговоров велось известными историками многих стран об исчезновении сокровищ Ивана Грозного в 1582 году. Вполне возможно, что перед смертью царь перепрятал все свои колоссальные ценности, в состав которых входила и библиотека московских государей. В те времена украшенные драгоценными металлами и камнями книги могли весить более пятидесяти килограммов, и за некоторые из них можно было купить даже и небольшое княжество. Поскольку сам больной Грозный ночами не таскал тяжеленные сундуки по Кремлю, то в его тайны были посвящены и самые доверенные его люди, среди которых был и телохранитель его наследника Федора Борис Годунов.
В середине XIX века в первом томе «Актов Археологической экспедиции» под названием «Опись царского архива» был издан подлинник этого бесценного официального исторического документа, написанный в 1562–1575 годах разными почерками тогдашней скорописью. Хранившийся в Императорской Публичной библиотеке документ, оригинал которого содержал множество описок, до нашего времени дошел не полностью.
Царский архив до XVII века содержался в нескольких сотнях ящиков, а сами документы были в столбцах (новый документ подклеивался к старому и скручивался в свиток). Опись царского, не личного, а государственного архива, составленная в 1550-х годах тем самым руководителем Посольского и Разрядного приказов Иваном Висковатым, содержала записи, в каком ящике что лежало, то есть перечисляла его содержание.
«Ящик 64. А в нем списки литовские старые, при дьяке при Луке [Семенове], ответ Жигимонтов короля Михаилу Юрьеву, коли был посольством в Литве…
Ящик 139. А в нем книги посолские Литовские, Крымские, Нагайские, Казанские, Немецкие, Астраханские, Турские, при дьяке Иване Михайлове…»
Многие документы были составлены еще в XV веке, во время правления Ивана III. Большинство материалов касались проблем внешней политики, международных переговоров, пограничных дел, многих князей правящего Рюрикова дома, в архиве находились судебники, городовые акты, политические сыскные дела, материалы по ересям, архив боярской думы. Некоторые важнейшие государственные документы, например Государев Родословец, писцовые книги, боярские списки, в архиве не упоминаются, очевидно, были выданы в Разрядный или Посольский приказы, имевшие также и свои архивы. Посольская изба была построена в 1565 году на месте, указанном в Александро-Невской летописи так: «против Ивана святого под колокола».
Книги также упоминаются в описи царского архива, но без указания номеров ящиков: «Литовский Летописец, перевод с Летописца Польского, перевод с Космографии», «Коробья Новгородские, а в них книги латинские».
В XVI веке «коробьями новгородскими» называли большие надежные сундуки хорошей, изящной работы, в которых хранились особо ценные предметы государевой казны. Были ли книги, упомянутые в описи царского архива середины XVI века частью библиотеки московских государей? Возможно.
