В мае 1912 года Виллигут был произведен в майоры и к началу войны продолжал тянуть служебную лямку в 47-м пехотном полку. В октябре 1914 года он как офицер штаба ЗО-го пехотного полка принимал участие в боевых действиях против русской армии в Карпатах, то есть на северовосточном участке австро-русского фронта.
После этой изнурительной и кровопролитной, страшной кампании, во время которой он и участвовал в боях, и совершал длительные ночные переходы, ходил в разведку, Виллигут был… переведен в Грац, где отвечал за подготовку резервов для 14-го и 19-го пехотных полков, а также обеспечение указанных частей амуницией.
В начале 1915 года он был отправлен на итальянский фронт, где сменил ряд командных постов между июнем 1915-го и весной 1916 года. И вновь — участие в жестоких, кровопролитных боях. Виллигуту везло — ни одной царапины, но контузия, которую он заработал во время одного артналета, сказалась впоследствии.
В июне 1916 года Виллигут был назначен офицером в резервный округ Зальцбурга и в августе 1917 года получил звание полковника и назначение на один из ответственейших постов. Он отвечал за подготовку маршевых рот, отправляемых на фронт. В начале 1918 года он был и сам отправлен в действующие части.
В ходе войны он был награжден за храбрость и отмечен командованием. Сохранилась характеристика, подписанная фельдмаршалом Даниелем:
„Безукоризненный характер… крайне опытный, добросовестный офицер… способный к командованию полком“, — эту оценку разделяли и другие высшие офицеры.
В мае 1918 года Виллигут был отозван с фронта в Южный Тироль, где служил комендантом сборных пунктов для демобилизованных австрийских солдат в Жолкиеве, что расположен севернее Львова, на Украине.
После почти сорока лет военной службы он был демобилизован 1 января 1919 года и вернулся в Зальцбург. Уже едва ли не на второй день после демобилизации он вернулся к своим довоенным занятиям — к истории, мистике, оккультизму.
Влияние Виллигута на группы мистиков и на СС основывается на его репутации последнего наследника древней линии германских святых, Виллиготисов из Asa-Uana-Sippe, ведущих свой род из бесконечных глубин истории. Виллигут утверждал, что владеет родовой памятью, которая позволяет ему помнить события из жизни его фамилии более чем тысячелетней давности. Трудно установить, когда впервые Виллигут связал себя с этой традицией, предвоенные документы, свидетельствующие об этом, крайне скудны (многие бумаги из его архива за прошедшие две мировые войны просто погибли). Он сообщал, что получает советы и наставления в рунической форме от своего родного дедушки Карла Виллигута (1794–1883), а что посвящением в семейные тайны он обязан своему отцу; это произошло в 1890 году. Серии из девяти языческих заповедей были написаны им в июле 1908 года. Единственным источником языческой традиции перед войной для Виллигута был Теодор Цепль из „Ордена новых тамплиеров“, который, очевидно, знал Виллигута в 1908 году по оккультным кругам Вены; их общими знакомыми были Вилли Талер, кузен Виллигута, его жена Мари Талер, известная актриса, и несколько его „коллег“. Опираясь на это давнее знакомство, Ланц фон Либенфельс после войны поручил Цеплю восстановить контакт с Виллигутом, поскольку слух о его принадлежности к „тайным германским королям“ уже проник в мистическую среду. В соответствии с этим поручением Цепль трижды посещал Виллигута, а в зиму 1920–1921 годов гостил в его доме в Зальцбурге почти два месяца. О своем общении с Виллигутом он подробно доложил в развернутой записке, подготовленной для своих единомышленников. Виллигут рассказывал Цеплю о том, что является наследником древней линии немецких королей, показывал ему… свой герб и фамильную печать в доказательство своих слов. Он уклончиво сообщал, что „его корона хранится в императорском дворце в Гоцларе, а меч-под могильным камнем в Стейнамангере“. Опираясь на видения своей родовой памяти, он описывал религиозные практики, военную организацию и законы древних германцев в терминах, подозрительно близких ранним откровениям Гвидо фон Листа. Помимо этого Виллигут утверждал, что Библия в действительности первоначально была написана в Германии; он связывал ее с ирминистической религией, отличающейся от культа Вотана и во многом противоположной ему; в ней молились германскому богу „Kristu“, впоследствии заимствованному христианской религией и превращенному в Спасителя. Виллигут также одобрительно высказывался о намерении Ланца выпустить вторую серию Остара (Ostara), поскольку это могло бы пролить свет на действительные арийские корни христианства. Когда Цепль уезжал, Вилигут подарил ему поэму, озаглавленную „Немецкая вера“, мистический пиетизм в ней соединялся с надеждой на национальное искупление. На основании этой встречи с Цеплем можно заключить, что доктрина Виллигута представляла собой смесь тевтонского архаизма Листа и арио-христианства Адольфа Иосифа Ланца, выполненную в романической форме. Вполне вероятно, что его идеи о „Kriste“ повлияли на Горслебена в 1920-е годы.
Эти элементы доктрины Виллигута могут быть датированы 1920 годом. Их более поздняя разработка лучше всего обнаруживает себя в многочисленных работах его австрийского ученика Эрнста Рюдигера (1885–1952), с которым он впервые встретился во время войны и с которым сотрудничал все следующее десятилетие. По Рюдигеру, Виллигут приписывал древним германцам историю, культуру и религию такого возраста, который намного превышал общепринятые мнения академических исследователей древней истории. Его хронология начиналась где-то около 228 000 года до нашей эры, в те времена на небе было три солнца, а земля была населена гигантами, карликами и другими, по-видимому, мифологическими существами. Собственно история начиналась для Виллигута в тот момент, когда его предки, Адпер-Вилиготен, помогли установить мир после долгого периода войны, чем и ознаменовали наступление „второй Бозокультуры“, символом которой стало основание города Arual-Jonivallas (Гоцлар) в 78 000 году до нашей эры. Последующее тысячелетие содержит подробное описание племенных конфликтов и массовых переселений на сказочные континенты теософской традиции. Около 12 500 года до нашей эры была провозглашена ирминистская религия Krista, и она стала универсальной верой для германцев до тех пор, пока ее авторитет не был подорван отколовшимися вотанистами.
В 9600 году до нашей эры наступил апогей в непрерывной борьбе двух религий. Балдур-Крестос, священный пророк ирминизма, был распят вотанистами в Гоцларе. Впрочем, пророк скользнул в Азию, и религиозные конфликты продолжались все последующее тысячелетие. Вотанисты разрушили священный ирминистский центр в Гоцларе в 1200 году до нашей эры, но ирминисты построили новый храм в Экстернштайне около Детмольда. Но и он был захвачен вотанистами в 460 году до нашей эры, перед тем как окончательно разграбленным попасть в руки Шарлеманя во время его кампании против языческих саксонцев в IX веке.