Вернувшийся с фронта Луис снова принял на связь своего агента Сетера, с которым работал вплоть до своего отъезда в Советский Союз. Сетер вскоре после этого тоже выехал в другой штат, и контакт с ним был утерян.
После вербовки Сетера и отъезда на военную службу Коэна в американской программе создания атомной бомбы произошли значительные изменения. Руководитель Института Карнеги и член Высшей группы по вопросам политики при президенте Рузвельте Ванневар Буш начал терять терпение. Различные гражданские комиссии по атомной энергии оказались неэффективными, и он решил их распустить и создать вместо них военный управляющий орган. Согласно его предложениям в августе 1942 года армия США получила задание спроектировать, построить и руководить деятельностью комплекса по разработке и производству атомной бомбы. Проект создания комплекса был поручен генералу Лесли Гроувзу, который построил здание Пентагона. Весь проект в целях маскировки получил название «Инженерный округ Манхэттен». Очень скоро все стали сокращенно называть его проект «Манхэттен».
Во главе команды ученых — наиболее крупного объединения гениев за всю историю науки — генерал Гроувз поставил Роберта Оппенгеймера — физика, выпускника Гарвардского университета, которому едва исполнилось тридцать восемь лет. В поисках места для такого комплекса, удаленного от городской суеты и любопытных взглядов, Гроувз вместе с Оппенгеймером нашли обширное и засушливое горное плато в штате Нью-Мексико. Оно называлось Лос-Аламос (Тополя) по имени соседней школы, которая сама получила это название из-за тополей в близлежащем каньоне. В течение трех последующих лет — с ноября 1942 по октябрь 1945 года — Гроувз осуществлял общее руководство проектом — его строительством, снабжением и обеспечением безопасности, в то время как Оппенгеймер занимался организацией исследовательских работ, научных экспериментов и обеспечением как материальных, так и духовных потребностей приезжающих ученых. Сотрудничество Оппенгеймера и Гроувза было нелегким союзом между миром науки и военными, между индивидуумом и организацией, свободной мыслью и регламентированием, об этом создано большое число книг, очерков и фильмов.
В Америке все, что относилось к этому проекту, охранялось как секрет номер один. Вокруг атомного Центра была возведена стена молчания и уклончивых и вводящих в заблуждение терминов, хотя окрестные жители догадывались, что там что-то происходило. Место под строительство было подготовлено на вершине плато в тридцати милях от Санта-Фе — одного из самых древних городов Старого Запада с населением преимущественно индейского и испанского происхождения, что позволяло легко заметить приезжих.
Взобраться на Холм, как называли это место тамошние жители, можно было только по единственной дороге, пробитой экскаваторами в вулканической породе, пересечь затем индейскую резервацию, снова спуститься и переправиться через реку Рио-Гранде, долго петляя и созерцая величественный вид горного хребта Джемез-Маунтинз. Дважды за милю до комплекса, а затем у самого въезда машины проходили контроль на постах военной полиции, где требовалось предъявить действующий пропуск, а разрешения на въезд регистрировались. Ограда вокруг места расположения комплекса преграждала доступ к нему любому лицу, включая и возможных шпионов…
Сооружение комплекса в Лос-Аламосе завершилось в первые месяцы 1943 года, хотя переделки и ремонты продолжались в течение всего срока его существования. Ученые и члены их семей стали прибывать в феврале — марте и обустраивать свое однообразное и неудобное жилье. Научная работа началась с установочных заседаний и споров, а затем пришла очередь специальных экспериментов. Первые результаты появились в середине года. Таким образом, проект «Манхэттен» в Лос-Аламосе и «Лаборатория-2» в окрестностях Москвы начали функционировать приблизительно в одно и то же время, хотя и с огромной разницей в ресурсах.
Советские секретные службы были информированы о проекте «Манхэттен» с самого зарождения этого замысла и внимательно следили за каждым этапом его развития почти вплотную. Из Нью-Йорка Зарубин направил краткий отчет в Центр:
«Сверхсекретно.
Москва, Центр.
Товарищу Виктору
834/23 от 14 июля 1942 года
Ситуация, создавшаяся в результате вступления США в войну против Японии, заставила правительство и Пентагон предпринять решительные действия по разработке военного аспекта применения атомной энергии. Все лаборатории по расщеплению атомов урана в Нью-Йорке, Беркли, Принстоне и Чикаго начали работать по единому плану с кодовым названием проект «Манхэттен». Правительство возложило ответственность за организацию всех сторон деятельности по проекту на армию.
Много времени ушло на решение вопроса о выборе места нахождения научного центра. В конце концов выбрали место на горном плато под названием Лос-Аламос в штате Нью-Мексико. Эта пустынная местность, равноотстоящая от атлантического побережья, к которому иногда в разведывательных целях подходят германские подводные лодки, и от населенных районов, которые могли бы пострадать от возможных несчастных случаев во время предварительных испытаний. Пока ученые, инженеры и техники размещены во временных строениях рядом с научным центром. Тех, для кого жилье еще не построено, ежедневно привозят на автобусах из города Санта-Фе.
Посторонние лица допускаются в расположение центра только по разрешениям Агентства Уильяма Донована. Всем постоянным обитателям атомного центра, из числа как сотрудников, так и членов их семей, разрешается пересекать границу городка в последнее воскресенье каждого месяца. Вся входящая и исходящая переписка подвергается цензуре. Строго запрещается отправлять письма через почтовые отделения за пределами Лос-Аламоса. Жители обязаны сообщать военной администрации и службе безопасности обо всех их новых знакомых и всех контактах, установленных во время их выездов с режимной территории, а также о лицах, которые ведут разговоры с посторонними людьми о функциях проекта «Манхэттен».
Введенный в центре режим безопасности имеет целью:
— предупредить любые утечки информации об атомном проекте;
— гарантировать, что применение атомной бомбы окажется абсолютно неожиданным;
— сохранить в тайне от советских представительств научные открытия и любые подробности американских планов, а также заводов, которые производят материалы для создания бомбы;
— ограничить осведомленность каждого сотрудника только уровнем его прямых служебных обязанностей — каждый должен знать только то, что касается его прямых служебных обязанностей, и не больше;