В июле 1998 года за проявление симпатий к Лужкову был уволен Сергей Шахрай. Он не только долгое время исполнял обязанности советника Ельцина по юридическим вопросам, но и возглавлял постоянную Комиссию по разграничению полномочий и предметов ведения между Центром и регионами. Его место занял Путин, в неполные сорок шесть лет ставший внезапно чиновником очень высокого ранга. Кремль фактически поручил ему отслеживать социально-политическую ситуацию в каждом из 89 субъектов Российской Федерации. Но без поддержки сорокалетнего Валетина Юмашева, своего непосредственного руководителя и доверенного лица Березовского, Путину вряд ли бы удалось так близко подобраться к вершине властной пирамиды. Ведь он теперь получил свободный доступ к президенту, объявившему сохранение единства России одной из главных задач. Путин быстро выработал в себе привычку регулярно наведываться с инспекциями на подведомственные территории, установил личные контакты со многими влиятельными не только у себя на родине региональными лидерами и в случае необходимости умело «вправлял им мозги».
За время пребывания в новой должности Путин получил четкое представление об истинном состоянии государственной власти на региональном уровне. Понимая, что без соответствующих административных рычагов невозможно заставить глав исполнительной власти на местах выполнять указания Кремля, он убедил Ельцина предоставить ему широкие полномочия и принялся «набирать кадры» из бывших сослуживцев по КГБ и Санкт-Петербургской мэрии. В мае 1998 года Путин добился назначения начальником Контрольного управления своего сверстника и нынешнего директора ФСБ Николая Патрушева. С 1975 года они вместе служили в облицованном гранитом здании на Литейном проспекте. Потом Патрушев переехал в столицу и в 1994 году возглавил сверхсекретное Управление собственной безопасности ФСБ, то есть занялся выявлением агентов иностранных разведок и предателей в рядах его сотрудников. Позднее он получил повышение и стал начальником управления кадров этой силовой структуры.
Между тем на Россию неудержимо надвигался финансовый кризис, поставивший под угрозу само существование государства. Никогда со времен распада Советского Союза оно не оказывалось в таком затруднительном положении. Российская экономика всецело зависела от экспорта энергоносителей, и низкие цены на нефть на мировом рынке дестабилизировали обстановку в стране. Очевидно, отвечавший в правительстве Кириенко за экономический блок вице-премьер и подчиненные ему министры не слишком разбирались в финансовой политике и толком не представляли себе, как в условиях хронической невыплаты зарплат и пенсий сочетать обеспечение стабильности финансовой системы и латание все более увеличивающихся бюджетных дыр.
Внутренний долг России составлял уже 70 миллиардов долларов. Всего же ей предстояло вернуть иностранным кредиторам и собственным гражданам 200 миллиардов долларов. На обслуживание государственных долговых обязательств предполагалось выделить не менее трети федерального бюджета. К тому же общая сумма долгов российских предприятий превысила объем всей денежной массы. Для увеличения притока капитала в Россию правительство Черномырдина, как уже отмечалось выше, приступило к распространению выпускаемых под совершенно немыслимые проценты пресловутых краткосрочных Государственных казначейских обязательств. После обострения кризиса Центральный банк для предотвращения оттока за границу значительных денежных средств временно повысил доходность этих ценных бумаг до 150% в валюте. Вскоре государство было уже не в состоянии погашать долги по ГКО, превратившихся из источника бюджетного финансирования в его объект и чуть ли не вдвое превысивших реальные доходы от сбора налогов. Золотовалютные запасы Центробанка за шесть месяцев уменьшились с 23 до 15 миллиардов долларов. Уход инвесторов с начавшего рушиться российского фондового рынка больше подходил на бегство. С началом обвального финансового кризиса биржевые котировки таких крупнейших российских компаний, как «Газпром», «ЛУКОЙЛ» и РАО ЕЭС России снизились почти в два раза. Российскому руководству пришлось с горечью признать, что две трети зарубежных инвесторов из ринувшихся в 1997 году в страну были обыкновенными биржевыми спекулянтами, руководствовавшимися исключительно корыстными соображениями и даже не помышлявшими о подъеме производства и экономическом росте.
Наряду с резким сокращением расходов в бюджетной сфере правительство было вынуждено принять также другие непопулярные меры и расторгнуть неформальное «соглашение» с довольно значительной частью российских граждан. Раньше в верхах не только мирились с существованием теневой экономики, но из-за невозможности полностью выполнить социальные обязательства порой даже откровенно радовались столь высокой деловой активности россиян. Правительство могло месяцами задерживать выплаты зарплат, пособий и пенсий, но взамен позволяло людям не платить налоги. Угроза финансового краха заставила исполнительную власть приказать фискальным органам взять на учет все дополнительные источники доходов населения, включавшие в себя различные виды трудовой деятельности в свободное от основной работы время, сдачу жилья в аренду и проценты, получаемые с вложенных в ценные бумаги капиталов и так далее. Стремясь наверстать упущенное, правительство распорядилось в кратчайший срок составить реестр налогоплательщиков и сформировать соответствующую компьютерную базу данных, так как неожиданно выяснилось, что сведениям, полученным от Госкомстата, доверять нельзя. Его председатель был даже арестован по обвинению в манипуляциях количественными показателями в интересах нескольких финансово-промышленных групп. В поисках выхода из экономического тупика власти впервые после ликвидации политического диктата вместе с распадом СССР и крушением коммунистического строя попытались снова прибегнуть к полицейским методам. По приказу нового главы Налоговой службы Бориса Федорова его сотрудники провели обыск и изъятия документов в офисах целого ряда фирм. Кириенко публично пригрозил крупным корпорациям конфисковать их имущество за уклонение от уплаты налогов. В отношении задолжавших бюджету промышленных предприятий предполагалось применить процедуру банкротства. Намерения кабинета министров напрямую задевали интересы могущественных финансовых кланов и региональных баронов, упорно не желавших отдавать в казну значительную часть средств, вырученных от сбора налогов. Однако если прежде девяносто процентов налога с оборота оставалось в регионе, то теперь правительство с помощью президентской администрации увеличило федеральную составляющую этих доходов до пятидесяти процентов.