21 октября 1843 года 22-летний Рудольф блестяще защитил диссертацию на тему «Воспаление роговицы» и стал доктором медицины.
Вступив в должность, Вирхов дополнительно исполняет обязанности ассистента прозектора Шарите, профессора Фрорипа, предпочитая клинической практике патологическую анатомию. Профессор Фрорип с удовольствием делится своими знаниями с ассистентом и курирует написание им первых научных статей: о флебите и свертываемости крови. В 1846 году Фрорип оставляет должность и рекомендует назначить на нее Вирхова. На это согласна вся профессура Шарите – но за исключением того же профессора Шенлейна, которому не дает покоя давняя обида.
Он впервые ввел демонстрационные курсы для студентов, где на свежих препаратах можно было изучать конкретные клинические случаи
В конце концов все же, после долгого и эмоционального разговора с Фрорипом, он соглашается с назначением, а через некоторое время профессор станет приходить на вскрытия, проводимые Вирховым, а потом и спрашивать совета у молодого прозектора. Когда годы спустя отношения между ними станут и вовсе по-дружески теплыми, Шенлейн с гордостью будет вспоминать, что великий Вирхов когда-то был «его прозектором».
С 1846 года Вирхов начал читать курс лекций по практической патологической анатомии и через год был принят в ученую корпорацию медицинского факультета Берлинского университета. В 1847 году совместно со своим другом, видным ученым Рейнхардтом, он основывает научный журнал «Архив патологической анатомии и физиологии и клинической медицины», известный впоследствии как Вирховский архив, в котором за все время существования издания будут опубликованы сотни работ ученого.
В 1848 году в прусской провинции Верхняя Силезия вспыхнула эпидемия тифа. 18 февраля Министерство народного просвещения командирует прозектора Шарите доцента Вирхова в эпицентр катастрофы, с тем чтобы он подверг ситуацию тщательному научному анализу и представил результаты командировки медицинскому сообществу
Увиденное поражает Вирхова до глубины души. Нищета, голод, необразованность населения Силезии – вот что, считает Вирхов, страшнее самой болезни и во многом ее причина. 15 марта на заседании Общества научной медицины подробный доклад Вирхова произвел эффект взрыва бомбы. Ученый не ограничился статистикой и описанием клинической и патологоанатомической картины заболевания – он честно и безжалостно обвинил власти в том, что люди в Верхней Силезии брошены на произвол судьбы с самого своего рождения, а их жизнь, ввиду отсутствия элементарной опеки со стороны государства, – это лишь существование, недостойное человека. Выводы Вирхова сводились к необходимости кардинального переформирования государственного управления.
С 1846 года Вирхов начал читать курс лекций по практической патологической анатомии и через год был принят в ученую корпорацию медицинского факультета Берлинского университета.
Слова молодого ученого звучат на фоне разгорающейся в Европе и Германии революции. Профессор призывает научное сообщество озаботиться положением бедняков. По его словам, «врачи – естественные защитники бедных, и социальный вопрос попадает в значительной степени в их юрисдикцию». Вирхов говорит о необходимости формирования системы «общественного здравоохранения», в компетенцию которого помимо медицины входили бы забота о стариках, детях, инвалидах, вопросы общественной гигиены и обеспечения должного уровня жизни, в частности жилья и питания. При содействии друга Вирхова – Леубушера – в июле 1848 года выходит первый номер еженедельного журнала «Медицинская реформа», на страницах которого ученый пропагандирует свои идеи.
Ученый описал клеточное строение многих органов и тканей, в частности соединительной ткани. Вирхову же принадлежит известное емкое выражение, что «болезнь – это жизнь, но в измененныхусловиях»
Но, как водится, время революционной романтики быстро сменили годы реакции. Воспользовавшись предвыборной ситуацией, министерство образования в мае 1849 года обвинило Вирхова в незаконной агитации в стенах Шарите и отстранило от должности научного ассистента. Ученый решает оставить заодно и место прозектора. В июне в прощальной статье последнего номера «Медицинской реформы» он с нескрываемым сожалением пишет: «Мы слишком много верили в силу разума перед грубым насилием, культуры – перед пушками; мы осознали наши заблуждения».
Незадолго до конфликта Вирхова с министерством Вюрцбургский университет в Баварии приглашает уже завоевавшего авторитет ученого возглавить кафедру патологической анатомии. Понимая, что в Берлине его реноме как неудобного для власти человека может только навредить работе, Вирхов соглашается на предложение. В Вюрцбурге, далеком от политических баталий, профессор все свои силы отдает преподаванию и исследованиям. Он впервые ввел демонстрационные курсы для студентов, где на свежих препаратах можно было изучать конкретные клинические случаи. Рассматривая патологические изменения во всем организме, будущие врачи делились предположениями о диагнозе, характере заболевания и причине смерти. Вирхов учит студентов «видеть и мыслить микроскопически» – оценивать патологические изменения на уровне тканей.
Вюрцбургский период оказался плодотворным для Вирхова в плане написания им научных работ по патологической анатомии и антропологии: ученый исследует вопросы распространения кретинизма в баварских провинциях. В это же время под редакцией Вирхова выходит «Руководство к частной терапии» – великолепный труд, охватывающий все существующие на тот момент отделы терапии и ставший на многие годы научным пособием для врачей всего мира.
В июле 1848 года вышел первый номер еженедельного журнала «Медицинская реформа», на страницах которого ученый пропагандировал свои идеи.
Правительство Баварии включает Вирхова в комиссию по изучению причин разразившейся в Шпессарте голодной эпидемии. Доклад ученого оказался не столь резким, как его выступление в Берлине по Силезии, но тем не менее ученый вновь утверждает, что «образование, благосостояние и свобода – единственные гарантии длительного здоровья народа».
Спустя семь лет ученому суждено вернуться в Берлин: в 1856 году в университете создана кафедра патологической анатомии, и к тому времени в этом разделе медицины позиция Вирхова стала недосягаемой. Сменилось и руководство министерства образования, потому ничто не мешает ученому продолжить работу на старом новом месте. Вирхов возвращается с обязательным условием: создание на базе госпиталя Шарите Института патологии. Впоследствии при новом институте будет открыт знаменитый патологоанатомический музей, число препаратов в котором через 30 лет достигнет 17 тыс. штук.