Не имея возможности восстановить справедливость, прямодушный Ломоносов не считал нужным скрывать свое отношение к противнику.
Осенью и зимою 1742–1743 годов происходит целый ряд столкновений Ломоносова с профессорами и служащими Академии. Еще до назначения следственной комиссии по делу о шумахеровых злоупотреблениях у Ломоносова случались стычки с соседями по дому из немцев, которые сами не всегда отличались «лояльностью» по отношению к русским жильцам. Бывало, что и бесчинствовали по пьяному делу, врываясь в чужие квартиры.
25 сентября 1742 года в поисках пропавшего полушубка Ломоносов толкнулся к своему соседу, академическому садовнику Иоганну Штурму. У того были гости, и шла шумная пирушка. Появление русского «варвара» встретили недружелюбными выкриками. Тут-то он и показал, что такое «варвар» на самом деле. К тому же еще и разъяренный. Пока сам И. Штурм бегал за караулом, Ломоносов со всей «скифской» беспощадностью обрушился на оставшихся: ухватив деревянную болванку, на которую И. Штурм вешал свой парик, он выгнал гостей на улицу (при этом беременная жена И. Штурма должна была спасаться через окно), сокрушил мебель, расколотил зеркало, изрубил шпагой дверь. Порядком избитые, но пришедшие в себя гости «по-тевтонски» организованно ответили ему. Пятеро караульных со старостой, которых привел Штурм, не без труда препроводили Ломоносова на съезжую — с разбитым коленом, помятой грудной клеткой, в крови и кровью харкающего, но рвущегося в бой (правда, потом он несколько дней не мог выйти из дому). Заведенное на него дело не двинулось, ибо 30 сентября началось следствие над Шумахером. Против Ломоносова в эту пору было возбуждено еще несколько дел о «бое и бесчестии», которые не сдавались в архив вплоть до 1780-х годов, когда его уже не было на свете.
Но главные столкновения Ломоносова с Академией начались во время следствия над Шумахером. Назначенный советником Канцелярии (на место Шумахера) Нартов 9 октября включил Ломоносова в число своих помощников «для разбирания вещей». 11 октября академический сторож Глухов рассказал, что во время его дежурств унтер-библиотекарь Тауберт (родственник и соратник Шумахера), «приходя в Канцелярию и старую судейскую, берет разные письма большими связками и носит к себе вверх, в третий департамент, в данную ему каморку». Стало ясно, что люди Шумахера, находившегося под арестом, будут использовать любую возможность, чтобы замести грязные следы своего патрона. (И действительно: 14 октября группа академических служащих во главе с комиссаром Михаэлем Камером сообщила в Следственную комиссию, что Тауберт вновь выносил из опечатанной комнаты письма.)
Вот почему, когда 13 октября Ломоносов выдавал из архива Академического собрания конференц-секретарю профессору Винсгейму (из друзей Шумахера) необходимые тому бумаги, он позволил себе говорить с ним «о разных делах ругательно и с насмешками». Присутствовавшие при этом Камер и копиист Пухорт также не удержались от разных «своевольств». 14 октября Ломоносов с переводчиком Иваном Горлицким «под видом осматривания печатей» помешал Академическому собранию «продолжать свои дела». Люди Шумахера в Академическом собрании инспирировали 3 декабря подачу коллективной жалобы в Следственную комиссию на Ломоносова, Горлицкого, Камера и Пухорта. 31 декабря члены собрания подали еще одну жалобу на них.
На этой стадии конфликт Ломоносова с Академией завершился тем, что 21 февраля 1743 года Академическое собрание запретило ему посещать свои заседания до тех пор, пока Следственная комиссия не вынесет решения по жалобам, поданным на него. Тяжелее наказания и быть не могло: Ломоносова отлучили от наук. Дважды (25 февраля и 11 апреля) он пытался присутствовать в Академическом собрании, и дважды был выдворяем. Не помогло и вмешательство Нартова. 15 апреля в ответ на его запрос о причинах запрета Ломоносову быть на заседаниях конференц-секретарь Винсгейм повторил ему то, что говорилось Ломоносову: до решения Следственной комиссии он присутствовать в Академическом собрании не будет.
Вот тут-то Ломоносов сам пошел на открытый разрыв уже с академиками. До сих пор у него были стычки с академической челядью, которая, хоть и посмеивалась про себя сначала над великовозрастным студентом, потом над 31-летним адъюнктом, но не могла восприниматься Ломоносовым всерьез. Во всех предыдущих столкновениях, как бы тяжело они ни завершались, он всегда мог сказать себе: у меня есть моя наука, которая нужна моей стране; у меня столько всего впереди, что о нынешней невзгоде можно позабыть как о деле нестоящем. После того, как ему запретили посещать Академическое собрание (то есть объявили персоной нонграта4 в самой науке), его, по существу, «прижали к стене», получалось так, что у него и впереди ничего уже не было. В ту пору мир для Ломоносова переворотился, естественный порядок вещей был нарушен: Следственная комиссия, наряженная ведать шумахерово злодейство и воровство, занялась разбором текущих жалоб и неурядиц, то есть не своим, не тем делом...
Знаменитая выходка Ломоносова в Академическом собрании 26 апреля 1743 года была жестом отчаяния загнанного в угол человека, который, сознавая свое профессиональное превосходство над большинством членов собрания, отказавшего ему в уважении, сам отказал ему в собственном уважении. 6 мая в Следственную комиссию поступила новая жалоба на Ломоносова, в которой говорилось: «Сего 1743 года апреля 26 дня пред полуднем он, Ломоносов... приходил в ту палату, где профессоры для конференций заседают и в которой в то время находился профессор Винсгейм, и при нем были канцеляристы. Ломоносов, не поздравивши никого и не скинув шляпы, мимо них прошел в Географический департамент, где рисуют ландкарты, а идучи мимо профессорского стола, ругаясь оному профессору, остановился и весьма неприличным образом обесчестил и, крайне поносный знак самым подлым и бесстыдным образом руками против них сделав, пошел в оный Географический департамент, в котором находились адъюнкт Трескот и студенты. В том департаменте, где он шляпы также не скинул, поносил он профессора Винсгейма и всех прочих профессоров многими бранными и ругательными словами, называя их плутами и другими скверными словами, что и писать стыдно. Сверх того, грозил он профессору Винсгейму, ругая его всякою скверною бранью, что он ему зубы поправит, а советника Шумахера называл вором».
Для правильного понимания этого документа важны такие, например, детали: адъюнкта Трускота Ломоносов «бесчестил» за то, что тот не знает латыни и что его «Шумахер сделал»; о профессоре Винсгейме он говорил, что астрономический календарь, им составленный, никуда не годится и что он, Ломоносов, может сочинить лучше; наконец, студенты, при которых в Географическом департаменте завершилось выступление Ломоносова, были не просто студенты, но его соученики по Славяно-греко-латинской академии, то есть живые свидетели и жертвы шумахерова «воровства». Иными словами, Ломоносов вменял в вину своим противникам в этом конфликте (а один из них, Винсгейм, был ни много ни мало конференц-секретарем Академического собрания) их научную некомпетентность. По внутренней сущности своих претензий, скажем, к Винсгейму он был прав (а ведь именно Винсгейм предлагал при всех Ломоносову покинуть Академическое собрание всякий раз, когда тот после запрета являлся на его заседания). Но юридически «поругание и бесчестие», учиненные Ломоносовым 26 апреля, были все-таки поруганием и бесчестием.