24 марта 1896 г. был произведен в полковники и с 6 марта того же года принял должность штаб-офицера при управлении Туркестанской стрелковой бригады, переименованной в 1900 г. в 1-ю Туркестанскую бригаду. Служивший в те же годы в Туркестане генерал-лейтенант Д.В. Филатьев позже подчеркивал: «...Тогда уже нельзя было не замечать и не оценивать основные черты характера Николая Николаевича: прямота и даже резкость суждений, определенность решений, уменье и твердость в отстаивании своего мнения...»{~3~}
16 июля 1902 г. полковник Юденич был назначен командиром 18-го стрелкового полка, а незадолго до того награжден орденом Св. Анны 2-й степени. С началом Русско-японской войны ему было предложено занять высокий пост дежурного генерала в Туркестанском военном округе, что означало верное производство в генерал-майоры. Но он отказался от этого назначения, стремясь принять участие в военных действиях в Маньчжурии, куда отправлялась 5-я стрелковая бригада, в состав которой входил 18-й полк. Командир бригады генерал М. Чурин, упав с лошади, повредил себе руку. Полковник Юденич, как старший, вступил в командование бригадой и повел ее в первый бой с японцами.
Этот бой вошел в историю как сражение под Сандепу. В нем 13–17 января 1905 г. русские войска успешно проявили инициативу. После того как 14-я дивизия из 2-й русской армии генерала Гриппенберга неудачно атаковала Сандепу 13 января, ее заменила 5-я стрелковая бригада под командой полковника Юденича. Его начальником штаба был тогда подполковник Генерального штаба Александр Владимирович Геруа, впоследствии известный военачальник и военный писатель, уже в эмиграции описавший начало боевой деятельности полковника Юденича{~4~}.
Японцы, ободренные отступлением 14-й русской дивизии, перешли в яростную атаку, нанося главный удар на правый фланг, где сражался 17-й стрелковый полк. Полковник Юденич решил перейти в контратаку и приказал своему начальнику штаба привести на угрожаемый участок 20-й полк. Уже ночью он сам прибыл на правый фланг и вызвал охотников из 20-го полка для движения вперед. В темноте таковых не оказалось. Тогда воскликнув: «Я сам буду командовать охотниками», — полковник Юденич вынул револьвер и двинулся вперед, широко шагая в своей черной папахе. Пример подействовал. За ним двинулись офицеры штаба бригады, а затем и солдаты-охотники. 20-й и 18-й стрелковые полки, развернувшись, дружно перешли в наступление. Японцы не выдержали и начали отступать. Когда до Сандепу осталось не больше 600 шагов, пришел категорический приказ от командира корпуса отойти на исходные позиции, а полковник Юденич, вызванный в штаб корпуса, получил «разнос» за недозволенный «порыв».
Личный пример в сочетании с суворовскими быстротой и натиском сыграл решающую роль через несколько дней, 20 января 1905 г., при атаке на важный опорный пункт японцев на излучине реки Хунь-Хе. 1-я стрелковая бригада (начальник штаба, тогда подполковник Л.Г. Корнилов, будущий Главнокомандующий и вождь Добровольческой армии) искусно наступала по укрытому подступу-оврагу, а 5-я бригада полковника Юденича должна была наступать по открытому полю. Выждав выхода 1-й бригады во фланг японцам, полковник Юденич скомандовал: «Вперед». Сам он шел во главе атакующих. Деревня была взята с маху, невзирая на орудийный, пулеметный и ружейный огонь{~5~}. 4 февраля 1905 г. полковник Юденич был ранен в левую руку, но остался в строю.
Во время Мукденского сражения 18 февраля 1905 г. сильно поредевший 18-й стрелковый полк, который снова принял Юденич (по возвращении в строй генерала Чурина), должен был оборонять редут на подступе к вокзалу. 5-я японская дивизия рвалась к железной дороге, стремясь отрезать отходившие русские войска. В ночь с 21 на 22 февраля многочисленная японская пехота стала обтекать редут. Частый ружейный огонь стрелков не мог остановить японцев. Тогда, ночью, командир полка повел своих стрелков в штыки на японцев. В схватке Юденич, наряду с подчиненными, работал также винтовкой со штыком. Японцы были отброшены. После второй штыковой атаки они бежали. Редут был удержан. Юденич получил ранение в шею (пуля прошла, к счастью, не задев сонной артерии). Но, как написал генерал Геруа, он «поразил-победил».
19 июня 1905 г. полковник Юденич был произведен в генерал-майоры и по излечении от ран назначен командиром 2-й бригады 5-й стрелковой дивизии. Боевой путь полковника Юденича в Русско-японской войне был отмечен высокими наградами. Уже 5 мая 1905 г. он получил золотое оружие с надписью «За храбрость» и с тех пор носил георгиевский темляк на сабле. 25 сентября 1905 г. был награжден орденом Св. Владимира 3-й степени с мечами, а 11 февраля 1906 г. орденом Св. Станислава 1-й степени с мечами. С 21 ноября 1905 г. по 23 марта 1906-го временно командовал 2-й стрелковой дивизией и снова с 23 марта по 3 апреля — 2-й стрелковой бригадой (бывшей дивизией).
По возвращении из Маньчжурии генерал-майор Юденич был назначен 10 февраля 1907 г. генерал-квартирмейстером штаба Кавказского военного округа и с тех пор «стал во главе органа, ведающего подготовкой к войне на отдельном Кавказском театре»{~6~}.
В Тифлисе на Барятинской улице, где поселились Юденич и его супруга Александра Николаевна (урожденная Жемчужникова), они часто принимали у себя сослуживцев. Юденич был радушен и широко гостеприимен. Как вспоминает бывший Дежурный генерал штаба Кавказского военного округа генерал-майор Б.П. Веселовзоров: «Пойти к Юденичам — это не являлось отбыванием номера, а стало искренним удовольствием для всех, сердечно их принимавших»{~7~}.
Это тоже позволило генерал-квартирмейстеру, а затем и начальнику штаба округа ближе узнать своих помощников и подготовить из молодых офицеров Генерального штаба надежных, энергичных сотрудников, привыкших к методам принятия его решений и в то же время обладающих полной инициативой при исполнении приказов на месте.
Произведенный 6 декабря 1912 г. в генерал-лейтенанты, Н.Н. Юденич после недолгого пребывания на должности начальника штаба Казанского военного округа возвращается 23 февраля 1913 г. в Тифлис уже начальником штаба «своего» Кавказского округа. 24 апреля 1913 г. награждается орденом Св. Владимира 2-й степени (в 1909 г. его деятельность была отмечена орденом Св. Анны 1-й степени).
Став начальником штаба округа, генерал Юденич, в частности, добился весной 1914 г. в Петрограде разрешения на создание у себя в штабе самостоятельного оперативного отделения при управлении генерал-квартирмейстера{~8~}.
Руководство этим отделением он поручил молодому 38-летнему полковнику Евгению Васильевичу Масловскому, которого он успел оценить еще будучи генерал-квартирмейстером. В отделение были назначены среди других молодые капитан Генерального штаба Караулов и штабс-капитан Кочержевский. В июле 1914 г. все они участвовали в полевой поездке в Сарыкамыш, во время которой, по указанию генерала Юденича, разрабатывалась операция, согласно которой турецкая армия через Бардусский перевал выходила в тыл русской армейской группе на Эрзерумском направлении и отрезала ее от сообщения с Карсом и Тифлисом.