Когда кризис миновал, Ретик вновь отложил возвращение в Лейпциг, чтобы набраться сил, проведя зиму в Цюрихе. Там он написал предложение об усовершенствовании трикветрума, поскольку теперь этот астрономический прибор на волне популярности «О вращениях» вновь стал пользоваться спросом. Коперник, судя по всему, «побудил некоторых выдающихся людей заняться наблюдением за движениями небесных тел», замечал Ретик. Он опубликовал свои идеи насчет трикветрума в Цюрихе в феврале 1548 года, но посвятил их «учителям и профессорам отделения гуманитарных наук Лейпцигского университета». В том же месяце, 13 февраля, он написал и им самим, заверив их, что скоро вернется. 16 числа ему исполнилось 34 года, и, возможно, он удивился тому, что дожил до этого возраста. Пасху он встретил в Бадене, купаясь в горячих источниках по совету своего врача, и в конце лета наконец приехал в Лейпциг. Как и в момент возвращения после долгого отсутствия в Виттенберг, теперь на него снова свалились обязанности декана факультета искусств.
Несмотря на тяжесть административной работы и преподавания, Ретик смог восстановить силы. В октябре 1549 года он написал Гизе, чтобы сообщить ему о том, как продвигаются несколько его новых работ, связанных с астрономией. Он надеялся, что его готовившийся к публикации календарь с предсказаниями на ближайший год будет хорошо продаваться и покроет расходы на частные исследования на более серьезные темы. Например, он недавно закончил усовершенствованный современный научный комментарий геометрической классики — «Начал» Евклида — и собирался вскоре издать «Эфемериды: Установление ежедневного положения звезд… Георга Иоахима Ретика согласно теории… его учителя Николая Коперника из Торуни». Он никогда не уставал напоминать читателям, что именно рука Коперника «усовершенствовала механизм этого мира». Как наследник этой традиции, он «не хотел отступать от учения Коперника ни на йоту».
Благодаря возобновленной переписке с Гизе Ретик узнал, что Дантиск умер, уступив место епископа Вармийского своему старому сопернику. Однако Гизе занимал этот высокий пост всего лишь год, пока сам не умер в октябре 1550 года в возрасте семидесяти лет. Его сменил Станислав Гозий (выдвиженец Дантиска), который так рьяно боролся с лютеранской ересью (и даже обратил нескольких важных людей обратно в католицизм), что его сделали кардиналом.
В начале 1551 года Ретик выбрал латинское слово canon (напоминавшее о Копернике, но также означавшее свод законов) для названия своей брошюры Canon doctrinae triangulorum («Таблицы науки о треугольниках»), В ней содержались лучшие на тот момент тригонометрические таблицы, очень помогавшие вычислениям астрономов. Чтобы никто не забыл о связи этой тоненькой книжки с Коперником, Ретик скрепил ее шутливым вступительным диалогом между Philomathes — «любителем математики» и Hospes — его посетителем (hospes по-латыни означает «чужестранец, гость», но также и «несведущий»). Когда Гость спрашивает: «Что за человек этот Ретик?», Филомат отвечает: «Он тот, кто сейчас несет нам плоды из дивных садов Коперника. После своего недавнего возвращения из Италии он решил свободно делиться со студентами математики всем, что узнал от этого высокочтимого старца, а также всем, чему он научился благодаря собственным стараниям, упорству и преданности».
Вопрос «Что за человек этот Ретик?» снова встал весной 1551 года, когда отец одного лейпцигского студента заявил, что профессор совершил «неожиданное, возмутительное и неподобающее христианину» действие против его сына. Искушая этого мальчика, «малое дитя» в глазах его отца, Ретик якобы «поил его крепким напитком, пока тот не опьянел, и затем с помощью силы принудил его к постыдному и ужасному греху содомии».
Закон карал преступников-содомитов «казнью огнем». Был ли Ретик виновен или нет, но он бежал в апреле, до окончания зимней сессии и начала суда над ним. Если верить слухам, он оказался в Праге. Многочисленные письма, вызывавшие его в суд, действительно нашли его там, но Ретик так и не вернулся в Лейпциг. После нескольких месяцев бесплодных маневров университет заочно приговорил его к ссылке на 101 год. Однако в знак признания его талантов и ради сохранения приличий подробности обвинения и судебного решения держались в тайне.
Ретик провел первый (а также, вероятно, и следующий) год в Праге, изучая медицину в Карловом университете. Затем, в 1554 году, он продолжал свое медицинское образование в Силезии. Похоже, он считал медицину идеальным средством обеспечения дохода в отсутствие преподавательской должности и поддержки покровителя. Его отец был врачом, как, впрочем, и Коперник.
«Доктор» Ретик переехал в Краков весной 1554 года. Он выбрал этот город за его географическое положение в трехстах милях прямо к югу от Фрауэнбурга, так что с Коперником его соединял меридиан картографа. Он оставался здесь почти два десятилетия (дольше, чем где бы то ни было еще), занимаясь одновременно старой и новой карьерой. 20 июля он написал бывшему студенту: «Я установил пятнадцатиметровый обелиск в совершенно ровном поле, которое предоставил мне для этой цели чудесный господин Иоганн Бонер. Таким образом, с Божьей милостью, я заново опишу всю сферу неподвижных звезд». При расчете новых, более точных таблиц, которые он собирался опубликовать, требовалось работать с десятимиллиардными долями углов, для чего пришлось нанять пятерых помощников. Заняв себя этими делами в Кракове, Ретик однажды осознал, что ему исполнилось сорок лет и что он, вероятно, ошибся, предсказав свою раннюю кончину. Привычка жить выработалась у него так давно, что в итоге он поверил в возможность достичь старости. Через десять лет, в 1563 году, он «снова взялся за работу Коперника» (имея в виду книгу, а не идейное наследие своего учителя), которую он собирался «пояснить комментарием».
Генрих Петри из Базеля (дальний родственник Иоганна Петриуса) выпустил второе издание «О вращениях» в 1566 году. Вместо разъясняющего комментария Ретика оно включало его оригинальное резюме под названием «Первое повествование». Если Ретик когда-либо чувствовал обиду за отсутствие признания его заслуг в первом издании «О вращениях», то теперь его роль сделалась очевидной.
Однако лица Ретика в книге не появилось, не обнаружено его изображение даже сейчас. Не сохранилось ни одного портрета, эскиза или карикатуры. Несмотря на многочисленные публикации и знакомства, университетские связи, несколько профессий и природное любопытство, приводившее его к столь многим дверям, представления о его физическом облике у нас нет.
В 1572 году Ретик переехал в последний раз — на юг от Кракова в венгерский город Кошице, где его готов был поддержать новый меценат. Ретик упорно продолжал свой великий опус о науке треугольников, но его отвлекали врачебные заботы, тормозили потерянные при различных переездах важные бумаги и устрашали горы вычислений, с которыми еще предстояло совладать. Однажды с ним произошло то, чего он никак не ожидал. Весенним днем 1574 года он открыл дверь нежданному гостю из Виттенберга, который прочел брошюру Ретика о треугольниках («Таблицы») и услышал о его намерении завершить более крупную работу.
