Летом 1586 года Бабингтон написал Марии Стюарт, посвятив ее в планы заговора. Шотландка радостно одобрила их и разразилась длинным посланием с инструкциями и советами. Ей казалось, что час осуществить великое «Предприятие» настал. Она доверила письмо «пивовару», не ведая о том, что отправила в его бочонке свой смертный приговор. В начале августа Уолсингем нанес долго готовившийся удар: Бабингтон и его друзья были арестованы, а несколькими днями позже, когда Мария Стюарт под надзором своих стражей отправилась поохотиться, ее бумаги опечатали, а секретарей арестовали. Саму королеву перевезли в новое место заключения. «Волчицу» заманили в ловушку.
Когда правительство сделало официальное заявление о раскрытом заговоре, а затем Бабингтона и его шестерых товарищей вздернули на виселицу, сняли с нее еще живыми и четвертовали, Англия вздохнула с облегчением. Страшная опасность была отвращена. Пока подданные ликовали, возносили молитвы и праздновали избавление, правительство спешно принимало меры предосторожности против возможной католической интервенции: за береговой линией и морем установили наблюдение, в графствах вооружали ополчение. Посвященные слишком хорошо знали, что с провалом Бабингтона опасность далеко не миновала.
Судьба Марии, которую теперь называла «убийцей» даже Елизавета, казалась предрешенной. Однако, предвидя множество проблем с судебным расследованием и вынесением приговора иностранной суверенной государыне, королева написала ей личное послание, убеждая шотландку искренне покаяться и признаться во всех грехах, за что ей обещали жизнь и возвращение в Шотландию. Мария, разумеется, подозревала подвох, и не без оснований, так как ее признание могло быть использовано против нее. В ожидании суда ее перевезли в Норземптон в замок Фотерингей.
Трибунал составили члены Тайного совета, тридцать шесть пэров Англии, судьи и ведущие знатоки права. Два дня длилась их дискуссия с Марией о ее подсудности их суду. В истории не было прецедента, чтобы главу одного государства судили за государственную измену монарху другого. С чисто юридической точки зрения парламентский статут об «Ассоциации» был весьма шатким основанием для такого разбирательства, однако исходившая со стороны Марии угроза для дела протестантизма, государства и национальной независимости Англии была столь велика, что юристы как общего, так и канонического права поступились буквой закона ради того, что они считали духом справедливости. Правда, это относилось только к полномочиям суда. В виновности же Марии никто не сомневался. Показания Бабингтона, ее секретарей, письма — все изобличало шотландку в том, что она была прекрасно осведомлена о планах покушения на Елизавету и испанского вторжения. Мария защищала свою жизнь с истинно королевской твердостью и достоинством, но они едва ли могли перевесить уличающие ее доказательства. Суд единогласно признал ее виновной.
Его решение получило еще более широкую поддержку в парламенте, который собрался 26 октября 1586 года. Настроения парламентариев было нетрудно предсказать: они жаждали крови. И их депутация без промедления отправилась в королевскую резиденцию в Ричмонд просить королеву утвердить смертный приговор. Королева Елизавета вышла к ним навстречу, погруженная в глубокую задумчивость. В своей ответной речи она не сразу вспомнила о Марии. В последние годы она и ее подданные часто бывали не в ладу, парламентарии осыпали ее упреками, а она кричала на них, выведенная из себя. Теперь, как стареющие влюбленные, которые, пережив эмоциональное потрясение и напуганные возможностью потерять друг друга, вдруг неожиданно находят новые нежные слова, королева и парламент вновь обрели единство. Она заговорила о той опасности, что они преодолели вместе. Депутаты были тронуты до глубины души, а многие заплакали, когда она сказала: «Это чудо, что я осталась жива, но я благодарю Господа не столько за это, сколько за то, что за двадцать восемь лет моего правления любовь подданных ко мне не уменьшилась… Только ради этого я хочу жить». Не только риторикой были слова этой пятидесятитрехлетней женщины о том, что «жизнь не так мила ей, чтобы ее страстно желать» (последние десять лет могли в кого угодно вселить taedium vitae — усталость от жизни), и что «она не испытывает ужаса перед смертью» (слишком часто она бывала в двух шагах от нее). «Я знаю, что значит быть подданным и что значит быть монархом, что значит иметь хороших соседей и иногда встречать недоброжелателей. Я встречала измену в тех, кому доверяла, и видела, как добро ни во что не ставят». Все это было чистой правдой: ее предавали и друзья, и возлюбленные, и близкие по крови. Вот и теперь речь шла о предательстве ее кузины, но Елизавета не спешила брать в руки меч правосудия. Она выжидала.
В душе она давно решила, что живой Мария всегда будет слишком опасна для нее, и уже была внутренне готова обречь соперницу на смерть (мало кто в Англии не поддержал бы ее решения). Но Елизавета не могла не предвидеть политических последствий этого шага. Казнь шотландской королевы подстегнула бы католиков, и крестовый поход, которого англичане так боялись, мог все же начаться. Как и в случае с Норфолком, Елизавете необходимо было удостовериться, что требование смертного приговора имеет широкую публичную поддержку, и разделить ответственность за столь важное решение с другими, наконец, просто убедиться, что другого выхода не существует. Парламент настаивал именно на этом. Все возможные гарантии безопасности Елизаветы были обсуждены, и все казались недостаточными, пока Мария жива. Королева раскрыла перед депутатами существо проблемы — международный резонанс казни. Что скажут в мире, какие слухи станут распространять ее враги, «если во имя безопасности собственной персоны королева-девственница сможет пролить кровь, более того, кровь своей родственницы»? Несмотря на настойчивость парламента, она все еще не решалась сказать «да»; выражаясь ее собственными словами, ее ответ на их петиции «был безответен».
И тем не менее каждый ее следующий шаг был проверкой возможной реакции на казнь. В декабре 1586 года она по просьбе парламента разрешила опубликовать текст судебного приговора Марии, еще не подписанный ею. Реакция Лондона была обнадеживающей: город ликовал и бил в колокола. Из Эдинбурга от Якова пришло уведомление о том, что он, конечно, не желает смерти матери, хотя его протестантская вера заставляет его сочувствовать Елизавете. Позднее его посол пояснил позицию своего государя: он был не против, чтобы Марию убрали тихо, как бы случайно, без громких политических спектаклей.
Страсти вокруг королевы Шотландии все накалялись. Сама она не верила в возможность близкой смерти и ждала скорого избавления при помощи Испании или Франции. Страну время от времени будоражили слухи о высадке испанцев на западном или южном побережье. То Девон, то Сассекс поднимались по тревоге в ружье. Наконец 1 февраля 1587 года Елизавета подписала смертный приговор. Она была в неплохом расположении духа, и это еще раз доказывает, что ее не столько тяготила моральная ответственность за пролитие крови, сколько тревожили его политические последствия. Кажется, она взвесила и просчитала все, прежде чем обмакнуть перо в чернила и вывести под приговором свою размашистую, энергичную подпись. Елизавета даже пошутила, обращаясь к новому секретарю Уильяму Дэвисону, замещавшему заболевшего Уолсингема: когда тот узнает, что приговор подписан, «он будет убит горем на месте». Уолсингем в это время, должно быть, молился, чтобы Господь послал его государыне силы подписать роковой вердикт.