Неизбежной была и полемика его с Лейбницем и Вольфом (которого он прямо не называет) по вопросу о «физических монадах», которые Ломоносов в полном соответствии с его общим воззрением считал протяженными, закрывая таким образом путь метафизическому осмыслению частиц. Равно неизбежным стало его выступление против Бойля, считавшего, что увеличение веса при прокаливании металлов происходит за счет присоединения к металлам огненной материи. В § 44 «Опыта теории о нечувствительных физических частицах тел» он подбирался и к «Началам» Ньютона в связи с вопросом о причинах всемирного тяготения, который, как мы помним, был оставлен великим англичанином на усмотрение читателей. «Здесь мы не оспариваем мнения мужей, имеющих большие заслуги в науках, которые принимают кажущуюся силу притяжения как явление, объясняющее другие явления; в этом им можно уступить по тому же основанию, по какому астрономы предполагают суточное движение звезд вокруг Земли для определения кульминаций, восхождений и т. д. Знаменитый Ньютон, установивший законы притяжения, вовсе не предполагал чистого притяжения». То, что Ломоносов готовился к основательному разговору по поводу «Начал» Ньютона, подтверждается его прошением в Академическую канцелярию, написанным 23 июля 1743 года, когда, находясь под арестом, он работал над «Опытом»: «Потребна мне, нижайшему, для упражнения и дальнейшего происхождения в науках математических Невтонова Физика и универсальная Арифметика, которые обе книги находятся в книжной академической лавке».
Такое отношение к научным авторитетам было в диковинку. Когда Ломоносов представил «Рассуждение о причине теплоты и холода», академики по прочтении выразили ему свое неодобрение именно в связи с неучтивым «поношением» признанных имен: «Г-ну адъюнкту было... указано, чтобы он не старался поносить Бойля, весьма знаменитого в ученом мире, выбирая из его сочинений именно те места, в которых тот несколько поддается воображению, и обходя молчанием очень много других мест, в которых он дает образцы глубокой учености. Г-н адъюнкт уверял, что он это сделал без умысла». Академики не учли одного оттенка: Ломоносов нападал не на Бойля (к которому относился с уважением), а на его ошибочные объяснения; и, поскольку он писал не речь о Бойле, а диссертацию о причинах теплоты и холода, он должен был «выбирать из его сочинений именно те места», где Бойль ошибался.
Этическая сторона научного процесса была очень важна. Научный переворот XVI–XVIII веков ущемил многие самолюбия. При таких руководителях науки, как, например, Шумахер, научная полемика (о чем уже говорилось выше) грозила обернуться нескончаемыми дрязгами. Вот почему, начиная с 1740-х годов, Ломоносов не упускал случая, подчеркнуть, что научная критика направлена не на личности, а на убеждения. Спорить надо «в правде», тогда выступление против корифеев будет не пороком, а добродетелью, не «поношением», а отвагой. В этом смысле образцом для подражания Ломоносов считал Декарта: «Славный и первый из новых философов Картезий осмелился Аристотелеву философию опровергнуть и учить по своему мнению и вымыслу. Мы, кроме других его заслуг, особливо за то благодарны, что тем ученых людей ободрил против Аристотеля, против себя самого и против прочих философов в правде спорить, и тем самым открыл дорогу к вольному философствованию и к вящему наук приращению. На сие взирая, коль много новых изобретений искусные мужи в Европе показали и полезных книг сочинили!»
Это из предисловия Ломоносова к переводу «Волфианской экспериментальной физики», выполненному в 1744 году (само же предисловие было написано двумя годами позже, при подготовке книги к изданию). Читая своим студентам, будущим академикам Симеону Кирилловичу Котельникову (1723–1806) и Алексею Протасьевичу Протасову (1724–1796) лекции, он пользовался в качестве пособия книгой Тюммига, в которой физика Вольфа излагалась сокращенно и удобопонятно. Ломоносов, и сам в свое время обучавшийся по ней, решил подарить российскому учащемуся юношеству хороший учебник: «Сия книжица почти только для того сочинена и переведена на российский язык, чтобы по ней показывать и толковать физические опыты». Чтобы дать молодому поколению верные научные ориентиры, а также правильный этический настрой, он и написал предисловие.
Здесь он дал краткий очерк развития нового европейского естествознания за двести лет. Решающее отличие современности от средневековья он видит прежде всего в том, что мыслящий человек судит не об истине по авторитетам, а об авторитетах по истине: «Мы живем в такое время, в которое науки, после своего возобновления в Европе возрастают и к совершенству приходят. Варварские веки, в которые купно с общим покоем рода человеческого и науки нарушались и почти совсем уничтожены были, уже прежде двухсот лет окончились. Сии наставляющие нас к благополучию предводительницы, а особливо философия, не меньше от слепота прилепления ко мнениям славного человека, нежели от тогдашних неспокойств претерпели». В числе таких авторитетов, к мнениям которых слепо «прилеплялись» ученые средневековья, Ломоносов называет прежде всего Аристотеля, а также Птолемея и Гиппарха (II в. до н. э.), Платона и Сократа.
Им противостоят (кроме названного первым Декарта) Лейбниц, Локк, Бойль, Галилей, Кеплер, Гюйгенс, «великий Невтон» и другие ученые, среди которых особо выделен Вольф. Благодаря их деятельности картина мира в корне изменилась: «...ежели бы ныне Иппарх и Птолемей читали их книги, то бы они тое же небо в них едва узнали, на которое в жизнь свою толь часто сматривали». Ломоносов шутливо замечает, что если бы нынешние ученые поступали по примеру Пифагора, однажды принесшего в жертву Зевсу сто быков за геометрическое открытие, то на всей земле, не нашлось бы скота в нужном количестве — так резко шагнула вперед наука со времени Возрождения: «Словом, в новейшие времена пауки столько возросли, что не токмо за тысячу, но и за сто лет жившие едва могли того надеяться».
Главную причину этого Ломоносов видит в новом методе научного творчества: «...ныне ученые люди, а особливо испытатели натуральных вещей, мало взирают на родившиеся в одной голове вымыслы и пустые речи, но больше утверждаются на достоверном искусстве». Следовательно, «в правде спорить» с авторитетами можно, лишь полагаясь на опытные исследования. В противном случае критические выступления против именитых обернутся «продерзостями», а новые идеи — «пустыми речами», то есть главным пороком старой, схоластической науки. «Мысленные рассуждения, — подчеркивает Ломоносов, — произведены бывают из надежных и много раз повторенных опытов».
